国本草学从药物学向应用植物学发展的标志。有人认为近代植物化学领域中吸附分离法的应用，可能始于《救荒本草》。
《救荒本草》在海内外广泛流传，对于民众生活有重要意义，并得到近现代外国学者们的高度赞扬。李约瑟等认为，朱橚等人的工作是中国人在人道主义方面的一个很大贡献。
朱载堉（1536～1611年），系朱元璋九世孙，仁宗帝六世孙，郑藩王族嫡世。是明代著名的律学家、历学家、数学家。一生撰述了大量音乐、数学著作。其父朱厚烷精通音律学，对朱载堉的影响和启发很大。朱载堉对科学有巨大的贡献，他是我国封建社会一位富有创造性的学者，是明代科学和艺术上的一颗巨星，中外学者尊崇他为“东方文艺复兴式的圣人”。朱载堉和郭沫若一起被列为“世界历史文化名人”。
朱载堉在其父朱厚烷冤案平反后拒绝继承王位 ，过着学者的生活。朱载堉解决了已知等比数列首项、末项和项数，如何求解其他各项的方法，作出了有关等比数列计算法则的总结，并将其成功地应用于求解十二平均律。为了解决繁重的数学运算，他最早运用珠算进行开方运算，并提出了一套珠算开方口诀。朱载堉应用自制的81档双排大算盘，开平方、开立方求出十二平均律的参数，计算结果精确程度达25位有效数字。他还解决了不同进位小数的换算方法。
朱载堉的十二平均律理论传播到欧洲后，为欧洲学术界所惊叹。德国物理学家赫尔姆霍茨说：“在中国人中，据说有一个王子叫朱载堉的，他在旧派音乐家的大反对中，倡导七声音阶。把八度分成十二个半音以及变调的方法，也是这个有天才和技巧的国家发明的。”英国学者李约瑟博士、比利时的马容等，都对十二平均律理论表示了赞叹。
朱载堉在天文学上也有很高造诣。明朝通用的历法是《大统历》，因行用日久，常出差错。万历二十三年（1595年），朱载堉上书皇帝，进献《圣寿万年历》、《律历融通》二书，提请改历。邢云路是明末一位著名天文学家，著有《古今律历考》一书，朱载堉为之作序，序文中称，他曾和邢“面讲古今历事，夜深忘倦”，邢“摘历史紧要处问难”，朱“于灯下步算以答”，二人“携手散步中庭，仰窥玄象。”生动地描写出了他们协力钻研天文的情形。
崇祯年间曾任兵部尚书的熊明遇是明末喜好西学的学者之一，著有《格致草》一书，其特色：“不但对于个别自然现象作了科学的研究与记录，而且更重要的是他有意从这些个别研究中寻找出通则与定理。因此他著作中有不少所谓的‘恒论’‘演说’。如卷一有‘原理恒论’‘原理演说’。” 熊明遇的儿子熊人霖也是西学名家，著有《悬象说》、《地纬》和《函宇通》。熊明遇对明末大思想家方以智的影响也非常大，方以智对自然科学和西学的兴趣，即与熊明遇的启蒙有关。
类似统治阶层研究和支持科学研究的例子还有很多。而满清康熙、乾隆对科学的兴趣只限于个人玩乐，却不愿科学技术在民间传播。
六、传教士在明清中国的境遇对比
明代传教士在中国输入宗教和科学，传播科学并不比宗教少，因为中国人需要科学知识，只谈宗教不能得到士大夫的尊信。清代康熙前期也有传教士，但是他们很少谈科学（除一些天文历法），这是因为汉人不敢接近西洋人，传教士失去士大夫的支持，宗教也就遭到满族统治者的压迫，不能像明末那样顺利发展。 而在当时来华的传教士的科学素养并不比明朝中国的学者高明多少。
16世纪欧洲思想界的主导因素依然是神学，科学依然处于裨女的地位。耶稣会兴办教育的目的也只是让传教士掌握必要的知识以论证上帝的存在。《几何原本》的传播就是很好的例子。《几何原本》最为精彩的地方就在于它严密的逻辑体系，传教士学习《原本》的目的就是为了把这种形式逻辑运用的宗教论证中。在传教士眼里科学仅仅只是一种感悟上帝的手段。正如利玛窦在《中国札记》中所说：“于天主教的信仰奥秘相比，那（科学）真是雕虫小技而已。”利玛窦之后，另一位中国教区的会长龙华民，甚至直接把科学排除到传教士的言行之外。可见，传教士对科技的认识远远没有达到徐光启的水平。
以利马窦和汤若望为例。一开始利马窦为传教而传教，结果到处碰钉，相当不顺利。后来他改变了态度，宣传西方科技，马上就改变了处境，招至大批中国士大夫的亲徕，影响也越来越大。先是瞿太素跟随他，瞿学会并亲手制作了天球仪、星盘。 后来向利玛窦学习数学的人多起来：有知名学者顾起元、知府王泮、著名学者李心斋之子及其两个学生和当时的翰林王肯堂的学生张养默等。
利玛窦在中国的传教一开始很不顺利。为此，利玛窦转变了策略，决定采取了曲线传教的方针，先向公众开放图书室、展示地图、宣扬西方科技等，然后再伺机行事。事实证明，此计果然奏效。利玛窦的这些行动不仅吸引了很多平民百姓，而且也招来了很多知识分子。比如当时的知俯王泮和知名学者顾起元等。
……早在徐光启翻译《几何原本》之前15年（这个时期是1592年）已经有人开始作这方面的尝试了。这个急先锋便是瞿太素。但是，显然这次的翻译不是利玛窦主动和有意识的，是瞿太素为自己学习方便和显示自己的才学翻译的。翻译的内容也仅是《几何原本》第一卷。
当利马窦要张养默去传播基督教的时候，张说这纯属浪费时间，他认为以教授数学来启迪中国人就足以达到他的目的了。当张养默曾经想要翻译《几何原本》时，也则遭到利马窦的拒绝。
但利马窦到京城后发现，如果不向中国的士大夫阶层提供西方科技知识，相互交往就消极，来拜望他的人远不如从前。徐光启坚持说“算术者，工人之斧斤寻尺，历律两家旁及万事者，其所造宫室器用也，此事不能了彻，诸事未可易论” ，利马窦这才勉强同意了共同翻译《几何原本》的要求。在翻译的过程中，很多中国最高等级官员和士大夫都参与进来商量研讨，如杨廷筠、李之藻、叶向高、杨廷筠、冯应京、曹于汴、赵可怀、祝宰伯、吴大参。其中叶向高在万历三十六年后曾三次担任明朝最高级别的文官——内阁首辅。
万历32年，利玛窦在给远东耶稣会会长范礼安的信中说：“我们和京中显贵相过从，其中有大学士、尚郎、侍郎和近支宗室等。给他们讲地球位于宇宙的中央、日月蚀的道理。又给他们制浑天仪、地球仪、绘制世界地图，答复他们无数的质问。从此，他们不能再认为西洋人愚昧无知了。”到崇祯9年（1636年），明朝官员士大夫入天主教者有一等大员14人，进士10人，举人11人，生员300人。崇祯13年，明朝宫廷内及皇族宗室奉洗入教者有后妃3人，宫女50人，宦官40余人，皇族140 余人。全国范围内入教的到明末估计可达四、五万人。可见，明末朝野上下已有相当浓厚的崇尚西学、西教的气氛。尽管中西文化的矛盾表现于对待传教士与其传教活动上屡有冲突，但总趋势是西学东渐的程度愈加深入。
利玛窦1610年（万历三十八年）病逝于北京，享年59岁。其生前信徒已达200多人。 按惯例，外国人死后都要移葬澳门。但是中国人为了纪念利玛窦，上奏朝廷，申请赐地、下葬北京。明神宗破例准奏，亲赐安葬祀费，赐北京西郊“二里沟佛寺，房屋三十八间，地基二十亩，畀葬利子”“立石为文记之” ，墓碑由顺天府尹王应麟所立。这年十月下葬时，文武百官都参加了葬礼，非常庄严隆重。意大利耶稣会传教士曾记载，“时有内宦言于相国叶文忠（引者注：即内阁首辅叶向高）曰：‘诸远方来宾，从古皆无赐葬，何独厚于利子？’，文忠公曰：‘子见从古来宾，其道德学问有一如利子者乎？如无论其它，即其译《几何原本》一书，即宜钦赐葬地。’”内阁首辅如此看重《几何原本》，可见明朝统治阶层对科学的重视和不凡的胸襟。
利马窦死后，澳门教会当局借口应以传教为根本，不准传教士散播科学。当熊三拔在徐光启要求合译《泰西水法》时就表现出心不在焉，使徐光启很不满意，说“可以窥见其人”。
利玛窦的成功经历，使传教士们认识到，要想在中国传教成功，必须学习中国的语言文字，并尊重中国人敬天、祭祖、祀孔的礼仪习俗，而“最善之法莫若以学术收揽人心”。于是来华传教士大都是当时西方的饱学之士，在科学上有着较高的造诣，以宣传西方的科学文明作为传教的重要手段。其中规模最大的一次是法国传教士金尼阁于1620年携入的7000部书，“金尼阁远来修贡，除方物外有装潢图书七千余部，……书籍见顿香山澳，俾一朝得献明廷。”这些书籍中，“除吾人图书馆所习有之人文类、哲学类、神学类、教义类及其他名著外，余所搜医学、法学、音乐类书，亦复甚多，而今日所发明之数学书，则可谓应有尽有。”传教士们一面编译出版，一面还与中国学者合作，直接用中文进行著述，向中国传播西方的自然科学知识。西方的先进火器技术就是在这样的背景下开始传入中国的。
而看德国传教士汤若望在中国的境遇。汤若望在明朝的时候著述颇多，他参与编写翻译的著作有《远镜说》、《主制群征》、《坤舆格致》、《浑天仪说》五卷、《西洋测日历》一卷、《民历补注释惑》一卷、《大测》二卷、《星图》八幅、《恒星表》五卷、《交食历指》七卷、《测食说》二卷、《测天约说》二卷、《新法历引》一卷、《历法西传》、《主制群徵》二卷、《古今交食考》一卷、《学历小辩》一卷、《恒星出没》、《交食表》等等，其中涉及天文历法的，基本上都是包含在《崇祯历书》内，或和《崇祯历书》有关。明末汤若望还撰写了对西洋火炮的整个制造工艺的《火攻挈要》一书。
然而在满清统治下“从1644年到1663年，汤若望再没有创造性的著述。”
崇祯十二年，天主教传教士毕方济直接向崇祯帝上奏富国强兵四大策：“一曰明历法以昭大统，一曰辨矿脉以裕军需，一曰通西商以官海利，一曰购西铳以资战守。”崇祯帝以开明的态度准奏。但很快明亡，没有起到作用。
满清统治者与明朝不同，将西方科学技术全部拒绝，这和明末士大夫积极学习西方的态度有天壤之别。对待耶教从理论上的驳斥变为政治上的严禁，是一种倒退。如1805年（嘉庆十年）满清禁止西方人在华刻书，传教和设立学校。
七、其它科技成就的部分列举
1。天文、气象
十四世纪中叶的《白猿献三光图》载有132幅云图，并与天气变化联系起来，绝大部分与现代气象学原理一致。欧洲到西元1879年才出版只有16幅的云图。
嘉靖年间，万户进行世界上最早的火箭升空试验，不幸牺牲，成为人类载人飞行先驱，为纪念其为科学献身精神，现在月球和火星有以其名字命名的环形山。
1609年伽利略用望远镜观测天象的消息很快传到了中国。1618年传教士邓玉函已把小型望远镜带到中国。1618年汤若望与李祖白合译《远镜说》，对伽利略的发现和发明做了介绍。在徐光启主持编译的《崇祯历书》中有《测量全义》（1631年），其第十卷为《仪器图说》，其中首次出现词汇“仪器”，表明科学仪器的制造和研究，被有意识地提到日程上来了。1629年徐光启上疏“急用仪象十事” 第10项即为请求装修3架天文望远镜，用来观测行星和该年9月9日的日食，这是中国官方仿制天文望远镜的开始，距1609年伽利略创制望远镜观察天文现象，仅隔了20年。
1631年（崇祯四年）10月25日，徐光启和历局人员“于历局测日食，用镜二具，一在室中，一在露台。两处所测食分俱得一分半（径分十分）”，经换算得“一分四十二秒，正合于所算食分矣”（汤若望译撰《交食历指？新法算书》）。这是中国天文机构首次用望远镜观测日食。在徐光启的主持下，11月8日又用这种仪器观测月食。此后，望远镜的使用遂成为惯例。……
在徐光启等人宣传西方科学技术，利用望远镜观测日月食方法的影响下，崇祯皇帝也开始利用望远镜等天文仪器，并用其观测过1638年（崇祯十一年）13月20日的日食（李约瑟《中国科学技术史》第四卷天学）。另外，在崇祯二年（1629年）防御后金军队进攻时，徐光启就曾使用过望远镜窥敌。徐光启引进了西洋的新工具望远镜，引进了利用观测月食测定地理经度的先进方法，并利用望远镜获得了一系列新发现：如木星的卫星、月亮的环形山等，使我国传统天文学开始纳入世界近代天文学发展的轨道。
2。物理、化学
1596年，李时珍在《本草纲目》中记载了176种无机药物的化学性质以及蒸馏、蒸发、升华、重结晶、沉淀、烧灼等技术。
孙云球制造放大镜、显微镜等几十种光学仪器，并著《镜史》（已佚）。
明代的钱币“永乐通宝”（1403～1424年）有的含锌高达99％。欧洲到18世纪才开始冶炼锌。
“明代炼钢技术也有新的发展，嘉靖时已发明了‘苏钢’冶炼法，现代冶炼专家周志宏说：‘（苏钢冶炼法）在国外还没有类似发明，显然是一种创造性的发明……整个过程适合现代的冶金原理，不用坩埚而创造出一种淋铁氧化的方法而使渣铁分开，成为比较纯的工具钢。这是中国古代先进炼钢工人的智慧结晶’。” “同时还发明了生铁淋口法，运用生铁水淋灌工具刀口，使工具有钢的锋刃，也是明朝人民的独特创造。”
徐光启在准备《农政全书》的手稿《造强水法》中记录了以绿矾（硫酸亚铁）与硝为原料制造酸的工艺过程，并说以金属加入后“皆成水；惟黄金不化水中，加盐则化” 。因能溶解金属而把它称为“强水”，此名称长期在民间沿用。
1627年扬州刊印由邓玉函口授、王征笔录的《远