事情发生的起因是这样的，当时在南方还有永历政府，从事反清运动（后来被吴三桂给镇压了），永历政府派了一个叫宋谦的人到山西来组织起义，此人来到山西后，广泛联系山西反清人士，准备伺机起义，宋谦曾经前来见过傅青主。
本来宋谦和各界人士约好在三月十五日起义，结果他在三月十二日路过武安县的时候，有个捕头发现宋谦骑着骡马，并随身带着弓箭，形迹可疑，就报告了县衙，结果县衙派兵丁在十三日凌晨将宋谦抓获，在严刑拷打下，宋谦变节，共出了起义的一些组织者，这其中就有傅青主的名字，于是河南巡抚（此事发生在晋冀豫交界）上报朝廷，不久，朝廷下令，将宋濂正法（这是个很糊涂的命令），捉拿其他人等。
于是傅青主及其儿子傅眉入狱。
整个案件的过程其实我们能够从普通文献里见到的记载很少，大家历来说法不一，但幸运的是，1963年在北京中央档案馆的清朝档案中发现了“朱衣道人案”的审讯记录和判决题本，这样，我们就看到了真实的情况，对事情有了深入的了解。
傅青主在被捕后，“容色自如”，虽严刑拷打，仍“言语不乱”，显示了大丈夫本色。
在审讯中，傅青主面对审问，从容应对，一口咬定没有参与，拒绝供出其他人，因为知道宋谦已经被处决，所以在应对中提出了一个要求：“若将姓宋的提来，与山（傅青主自己，傅山）杂在乱人中，他若认识得山，山便情愿认罪。”（以上为审讯记录原文）
审讯的人气得脑袋都快爆了，哪位王八蛋下令先把宋谦杀掉的啊（皇上下的令），现在死无对证啊。
没办法，只有严刑拷打，于是大刑伺候！
这个案子的一直牵动到清朝的最高统治者，顺治皇帝几次朱批，指示如何进行审理，可见清政府对此十分重视。
可是，却一直从傅青主的嘴里得不到任何有价值的内容。
最后，傅青主说宋谦来拜访他的时候他拒绝了，没有见面，当时有山西布政司经略魏一鳌正巧来傅青主的家里给他父亲求药方，所以亲眼看见，可以作证。
傅青主就是这么随口一说，其实哪有这事啊？
那么，如果衙门去询问魏一鳌岂不就暴露了吗？
实际上，傅青主心里是有数的，能够在危急关头托身的朋友是谁，他自己心里应该很清楚。
果然，衙门派人到布政司魏一鳌那里询问。
魏一鳌听了，连一点犹豫都没有：“没错儿，当时我就在傅青主的家里，亲眼看见的，他们没有见面。”
什么是真正的朋友？可以将生死相托者方是！
这事儿又被汇报给朝廷，北京那边在八月由皇上下旨，由刑部尚书任俊、都察院左都御史龚鼎孳、大理寺卿尼堪等十五名大臣会审（级别很高了），结果又是搞不出了结论，最后还是告诉下面，严刑逼供！
在遭受酷刑的时候，傅青主还曾经以绝食来进行抗争，他曾绝食九日，可见其不屈的意志！
傅青主是六月份被捕的，期间受尽了折磨，严刑拷打甚至摧毁了他的健康，但始终不曾低头。
他还在监狱里写下了许多诗篇，在诗中，他曾经用坚硬如石的老椿树来比喻自己：“狱中无乐意，鸟雀难一来。即此老椿树，亦如生铁材。高枝丽云日，瘦干能风霾。深夜鸣金石，坚贞似有侪。”其坚毅乐观之气节，令人赞叹！
要是我们自己碰到这种情况不知道会表现如何，您可以设想一下，被日本鬼子抓去了，会经受得住严刑拷打吗？
傅青主不但能，居然在监狱里还有精力给别人讲课（真是服了），他在给一个青年狱友讲忠孝的事情的时候，提到了自己的母亲，其实，傅青主在监狱中最担心的就是自己的老母亲，自己的老母亲已经八十多岁了，还让他跟着自己担惊受怕，实在是心中不忍啊，但是他说忠孝不可两全，想必母亲该会理解自己“责有不得辞”吧。
那么傅青主的母亲此时如何呢？文献载，老人家对傅青主的侄子傅仁说：“你二大爷我已是舍了他了”，老人此时家里已经没有什么人了，儿子和孙子都入了监狱，但老人却对痛苦平静如常，她对傅青主的朋友们说：“道人儿应有今日事，即死亦分，不必救也！”可见，她早已做好了牺牲自己儿子的准备。
那么，难道老人真的是那么的坚强吗？实际上，人心皆为肉长，哪有不痛心之理？别人告诉傅青主，他的母亲“饮食稀少，泪眼肿痛”，背地里“念儿忆孙，不少绝口”！
傅青主听了以后，心如刀割，“热泪浇心”。
到了年根底，由于始终审不出个眉目来，只好先把傅青主的儿子傅眉放回。
傅青主在后来的诗里描述了傅眉一路狂奔回家的情况：“黄昏奔西村（他们家居住的地方），几死固碾沟（差点掉进沟里）。敲门见祖母，不信是尔不。稍马顷少米，菜向邻家求。明日是年下（除夕），稀粥寒灯篝。老母举一匙，如我进遮羞”。
诗中写到傅眉回家后，老祖母简直不相信是他回来了，马上拿出仅有的一点米，然后向邻居要了点菜，给傅眉做吃的，明天就是除夕夜了，结果祖孙两人在寒冷的屋子里喝点稀粥就算迎接新年了。
每次读到这首诗，我都会泪流满面。
好一位深明大义的老人啊！
傅青主在狱中写了许多英勇不屈的诗歌，实在是非常精彩，各位可以参看1991年出版的《傅山全书》，但是此书早已卖断了货，旧书市场上的价格据说已经炒到三千元一套了，看来深爱傅青主的人很多啊。
估计从各地的图书馆还可以借到。
在审讯实在没有什么结果后，只好在第二年的七月份，由顺治皇帝下旨，把傅青主给释放了。
时人称赞傅青主“浩气如虹贯碧空”。
第90节
日期：2008…7…16 17：13：14
傅青主在出狱以后，曾经去南方做了一次游历，估计他的目的是想考察一下南方反清斗争到底进行得如何了，因为听到的传说太多，今天说那儿起义了，后天又说没有，到底如何呢？傅青主决定亲自去看看。
这次游历的结果是，傅青主看到清朝政府已经几本控制了全国的局势，各地已经几本平静了下来，老百姓已经开始恢复生产了。正所谓，大势已去矣。
这次游历是傅青主生活的一个转折点，从此，他知道武力斗争已经没有任何希望，自己能够做的，只是与清政府不合作而已。
回到山西后，傅青主搬到了太原东山脚下的松庄，因为他不承认满清政府，认为自己是侨居在异国的统治下，所以一直称自己侨居松庄（当时还没有护照之类的说法，所以华侨的身份可以自己封）。
在他侨居松庄的第一年，他的母亲去世了，享年八十四岁。
他在松庄一住就是十多年，在这些日子里，他除了整理一些学术著作，生活中一个比较重要的事情就是为人瞧病，因为此时他的医名已经比较大了，前来求方的人很多。
他在临床中发现，妇女患了病是比较凄惨的，过去人很封建，尤其是妇科疾病都认为是隐私，所以一般都是不好意思讲，等到病重了，治疗的难度也大多了，而妇女在中国社会环境下所承受的压力也较大，生孩子，养孩子，孝敬公婆，伺候老公，都她一个人干了，一般是还没到四十岁呢，就是一个标准的黄脸婆了，有的甚至因疾病而早死。
而且，由于妇女的生理与男子不同，因此，其疾病也有自己的特点。
所以自古有“宁治十男子，不治一妇人”的说法。
在面对这些患者的时候，傅青主的心情是非常难过的，因为他想起了自己早逝的妻子。
为什么治疗妇女疾病的方法如此的少呢？难道妇女就不值得我们去尊重吗？
于是，有着叛逆思想的傅青主开始刻意于妇科病的治疗，并在这一期间写下来流传千古的《傅青主女科》。
说起这本《傅青主女科》真是值得特书一笔啊，这本书对妇科疾病分析得非常透彻，其中的药方也是傅青主经过千锤百炼，最后总结出的，此书之精炼，临床疗效之好，我认为在古代医书中只有张仲景的《伤寒杂病论》能够与之媲美，就在今天，妇科医生很多仍然是用其中的方药来进行加减，全国每天妇科医生开出的傅青主的医方应以千计，我自己就在临床中经常使用傅青主的方子，疗效常在三副内，所以对其推崇异常，经常向同道朋友宣传，有一阵子我们学校小书店的图书打折，《傅青主男女科》（瞧瞧，还搭上一个男科）才卖几元钱，结果我碰上人就对他们讲，价值千金的书啊，才几元钱，还不快去买？结果没多久下来，就人手一册了。
由于傅青主这个人太神秘了，光他的笔名就有几十个，所以在清朝的时候曾经有人怀疑《傅青主女科》是否是他写的，实际上在近世已经没人争论此事了，因为建国后在山西发现了多部傅青主医学著作的遗墨和抄本，经过文物考古专家鉴定，已经得到确认。
值得欣慰的是，随着社会的稳定，家藏文物的人不断献宝，目前有更多的傅青主留下的文物正在被公诸于世。
除了《傅青主女科》，他还在这个阶段写下了很多其他医学著作。
在他的诗作里，我们可以看到傅青主这一时期的写作状态，如：“一缕沉烟萦白牖，先生正著养生书”（摘自《青羊庵》，先生是指他自己）、“江泌惜阴乘月白，傅山彻夜醉霜红”（摘自《红叶楼》），可见他经常通宵达旦地写着医学著作。
当然，您别以为傅青主整天都在写医学著作，那就错了，傅青主的博学是我们无法想像的，首先说他的书法，此时他的笔风已经由原来的雍容华贵一变成为了狂傲和洒脱，其气势之恢弘，其对章法之藐视都达到了令人动容的地步，尤其是他的草书作品，更是让人看了心旌摇荡，更有摄人的气魄。
我经常向人讲做事的境界问题，而书法是最能体现此中之道的，做事有“术”和“道”的区别，有“术”的人已经很不错了，可是他们会经常发现自己再也无法提高了，怎么努力都无济于事，这个时候，如果他能够获得更高的境界，进入“道”的层次，那么他就会获得突破性的进展。而现在很多人写草书，都是沉醉于“术”的层次，事先安排好运笔的路线，然后慢慢地按照设计线路书写，这样的作品，总是在二流中，而真正达到了一定境界的书家，则根本不是这样写的，他们完全是自己先进入酣畅淋漓的状态中，然后挥笔而就，据说唐代张旭在写狂草的时候，经常是喝了酒，自己兴奋得大呼小叫，然后一蹴而就。这种作品，才是真正的能够震动人心、气势磅礴的作品，让他自己再写第二遍都不可能。你再来看傅青主的作品，亦多如此。
因为，他已经达到了那种意在笔先，无拘无束的境界。
书法界公认，傅青主是中国最后一位草书大师，从此以后，如此大师，再也没有出现过。
有的人说在二十世纪八十年代又出现了许多草书大师，在我看来，根本没有。
因为，书“道”的功夫在笔墨之外，在人生的境界中。
顺便说一句，傅青主某些书法作品现在看起来（比如《啬庐妙翰》手卷中的楷书），绝对是后现代主义作品，放在今天风格前卫的美术馆中展出，仍然绝对前卫。
他和他儿子傅眉的某些画也是，我乍一看吓了一跳，这不是典型的印象派画作吗？
傅青主在学术研究方面则认为“古学不可废”，因此他把研究各种古学都当作自己的任务，他提倡“经子平等”，在注解、训诂、考据的基础上，开始进行批注、评注、校改，他打破独尊儒术的概念，对诸子百家一同研究，开创了研究子学的一代风气，子学研究从他那里开始繁荣起来。
总之，他所作的学问我难以用简单的语言来概括，各位知道他是一位在学术的各个方面都有巨大建树的人就可以了。
有人会提出这样的问题：这位涉猎的范围如此的广泛，能样样都精吗？
这个问题我也曾考虑过，因为我也没有达到那种境界，所以只好猜想（实在是没有办法啊，请各位原谅），但是我们会发现，这个世界上有许多大师，会同时在几个领域里都独占鳌头，因此我猜想学问之间是互通的，是互相促进的，可能在一个领域达到了至高的境界，也会使人更容易理解其它领域的问题。大家也帮着想想，是不是这么回事儿。
由于傅青主的学问太大了，所以前来拜访的人络绎不绝，全国各地的许多学术精英都前来拜访，进行学术交流，其中比较有影响的比如著名大思想家、学者顾炎武，这位是当时学术界的一大牛人，也是学贯天人，他也是极重民族气节，一生反清，同时学问渊博，在音韵、训诂、考据方面是一代大师，他和傅青主两人一见如故，从此成为了一生的好朋友，这两位大学究在一起，那可真叫一绝，他们俩说话估计您旁边可能都完全听不懂，因为全是典故，听上去就跟江湖黑话似的，在《十七史商榷》中记载，有天傅青主叫顾炎武起床，说了句“汀茫久矣！”顾炎武一愣，继而才恍然大悟，原来古音中“天”就读做“汀”，“明”就读做“茫”，也就是“天亮很久了”的意思，人家大学究的说法就是不同。
两人在一起还写了大量的诗，各位别以为古人写诗很费精力，其实就和我们发帖子一样，随手写的，特快。这两人写的诗拿来，可能大家基本都看不懂，也都是满篇的典故，看来学问太大了也有毛病啊！
当然，这样也有一点好处，就是他们在商量反清复明的事情的时候，就是弄一个清廷的密探在身边，这位密探伸多长的耳朵也听不懂，怎么也要个教授级的密探才能听个大概。
这二位后来还为了给反清复明提供方便，就创造了一种转运资金的方式，就是票号，这就是后来横行天下的山西票号的开始，没有想到，两位大学究的一个点子，竟创造了日后的票号�