后发表《国共两党抗战成绩的比较》、《共产党抗击的全部伪军概况》的材料，说明中国抗日战争的真实情况。在中国共产党强大的政治攻势面前，九月六日至十三日，国民党召开五届十一中全会，蒋介石在会上不得不表示，中共问题是“一个政治问题，应用政治方法解决”。⒃毛泽东给这个时期的斗争以高度评价，他说：“过去宣传总是不痛不痒，唯独此次打到痛处，故能动员群众压倒反动派气势。”⒄
同时，中国共产党在党内系统地进行了关于国民党统治的本质及如何对待国民党的政策教育，用抗战以来直到眼前的种种具体事实来加以说明。一些原来对国民党抱有幻想的党员，通过这场斗争和党内的政策教育，提高了觉悟。在这些事实面前，经过对照比较，人们对王明所鼓吹并推行的右倾投降主义错误就看得更清楚了。
在这个时期中，王稼祥、刘少奇先后提出“毛泽东思想，便是马克思列宁主义与中国革命运动实际经验相结合的结果”⒅，“应该用毛泽东同志的思想来武装自己”⒆的重要论断，并被党内广大干部所接受。
在这种有利形势下，系统地清算王明的错误路线、统一全党思想的历史条件已经成熟。整风运动按照原定计划转入最后一个阶段——总结党的历史经验时期。
八月三十日，毛泽东在政治局会议上结合蒋介石发动第三次反共高潮的事实指出：国民党的政策是两面政策，抗日和反共，我们对国民党的斗争是以斗争求团结。中央的路线是正确的，王明只要团结不要斗争的路线是错误的。针对王明在一九四一年九月会议以来一直坚持错误，到处宣传中央的路线是错误的，所以毛泽东提议，继续召开政治局会议，讨论抗日时期党的路线问题。⒇
一九四三年九月七日至十月六日，毛泽东主持召开中共中央政治局会议。这次会议是一九四一年九月会议的继续和发展。
从九月七日至九日会议连续开了三天，王明称病没有参加。这三天中，博古、林伯渠、叶剑英、朱德等发了言。他们对抗战以来王明的路线错误开展了严肃的批评，博古又进一步作了自我批评。他说：武汉时期有两条路线，一条是毛泽东为首的党的正确路线——布尔什维克路线；一条是王明在武汉时期的错误路线——孟什维克的新陈独秀主义。这条路线，只看见国民党抗战的一面，忘记了它反动的一面，只看见并夸大它变化的方面，忘记了它不变的方面；对八路军，不敢大胆深入敌后，不敢大胆扩充，华中、华南失去许多机会；对根据地，不建立政权，一切要合国民党的法；对国民党不敢批评；对抗战，强调运动战，忽视游击战，对持久战基本观点是不同意的。（21）针对王明把错误的责任都推给博古，毛泽东在会上插话说：内战时期的错误路线，第一个是王明，第二个是博古。王明是这个路线理论的创造者与支持者，博古等是执行者与发挥者。（22）
在九月十三日的会议上，康生提出：要用历史的方法来检讨王明的投降主义错误，这就是不能孤立地看他抗战时期的问题，而要联系十年内战时期王明主义的来源。他说：过去我们说，“左”的路线应从一九三一年九月二十日决议起，现在看来要重新考虑，因为王明是在四中全会之前就有一个从中国革命根本问题起的比立三“左”的机会主义纲领——《为中共更加布尔什维克化而斗争》的小册子。一九四○年，他不经中央同意，又将这本书印发到延安及各抗日根据地。康生要求在武汉工作过的同志应当对这些情况多多揭发。康生提出的王明的小册子这个问题，受到毛泽东的重视。毛泽东在会议的最后一天说：“九月的会是有收获的，以前许多同志未注意的问题引起了注意，如王明《为中共更加布尔什维克化而斗争》一书。”“现在康生、少奇、恩来等议论，四中全会是错误的，此事大家可以研究。”（23）
在九月十三日的会上，毛泽东也发了言，他指出：从四中全会后，党内有两个宗派，一个是教条主义的宗派，一个是经验主义的宗派。“教条主义是主观主义的第一个形态，经验主义是主观主义的第二个形态。反掉这两个具体东西，党才能够真正的统一。”他说：“教条主义宗派，其思想是主观主义，政治上是投降主义，组织上是宗派主义。”他着重强调：“两种宗派主义，教条主义是主要的”，“所以破坏整个宗派主义，首先应从破坏教条宗派开始。”（24）他的这个发言，对党的历史上许多问题作了深刻的分析，提出教条主义和经验主义是主观主义在党内的两种具体形态是正确的，但其中有一些过激的话，他自己不久作了纠正。如两个宗派的问题，在扩大的六届七中全会上，肯定了毛泽东的提议：“在党的历史上曾经存在过教条宗派和经验宗派，但自遵义会议以来，经过各种变化，作为政治纲领与组织形态的这两个宗派，现在已经不存在了。”
这时，彭德怀等前方负责人不久可以回到延安。九月三十日和十月六日，中央书记处先后举行两次会议决定，中央的会议暂停，等他们到来再开为好，先进行高级干部的学习。总学委仍以毛泽东为主席，刘少奇、康生为副主席，胡乔木为秘书。
十月六日，毛泽东在这次延续一个月的政治局会议的最后一次会上作了关于学习党的路线的发言。他充分肯定了这次会议取得的成绩，并且说：整风学习的目的是打碎两个宗派，教条宗派是头，经验宗派是脚。“这些宗派并无组织系统，但有思想方法、政治路线为纲领。打的方法即是改造思想，以马列为武器，批判自己，批判别人。”教条宗派是经验宗派的灵魂，故克服前者，后者再加马列，事情就差不多了。要发展自觉性，也要适当地将军，内力外力合作，才会有成效。对时局问题，他说：今年国民党搞了第三次反共高潮，“我们的方针是后发制人，不为戎首”。国民党十一中全会和国民参政会骂了我们八个字：“破坏抗战，危害国家”，又拉了一下：“政治解决”。我们“从今天起，对国民党的揭露在《解放日报》一律停止，但阶级教育、反特务斗争继续进行”。（25）
毛泽东讲话后，刘少奇、朱德、周恩来相继发言。刘少奇着重谈党内斗争传统问题。他强调，首先要有自我批评的空气，特别是中央负责同志应该有这种精神准备，随时接受干部和群众的监督与批评；其次，批评只准明枪，不许暗箭，彼此挑拨也是不对的；第三，发言一律称同志，不称首长，以利争论的展开，党内历史有许多不清楚的，要组织几个报告，要留下些文件给后代。（26）从井冈山时期起就和毛泽东患难与共的朱德说，毛泽东是一个“有魄力、有能力，遇到困难总能想出办法”的人。有毛泽东领导，各方面都有发展。照毛泽东的方法办事，中国革命一定有把握胜利。我们这次学习，就要每人学一套本事，主要学好毛泽东办事的本事。（27）周恩来系统回顾了党的历史，分析了党成立以来几次出现路线错误的国际原因和社会根源。他说，在这几次错误中，王明的教条更完备，还有“国际”的帽子，又有米夫做后台，这样才在中央占了统治地位。（28）
作小结时，毛泽东又谈了两点意见：第一，团结问题。他说：我们是要团结的，但办法是要大家觉悟起来，犯路线错误的、犯个别错误的同志觉悟起来，弄清路线的是非，才能真正团结。真正要团结就要展开批评，掩盖分歧的人就是不要团结。第二，党内斗争的方法。他说：这次要避免党的历史上的错误斗争方法。“过去党内斗争没有解决思想问题”，“现在的斗争还是继续整风的精神，惩前毖后，治病救人”。（29）
批判王明的范围逐渐扩大。十月十四日，毛泽东在西北局高干会议上作报告，指出：我们党已经有二十二年三次革命的经验，不能再容许王明路线占领导地位了。他把抗战初期王明错误的特点概括为四条：一、以速胜论反对持久战；二、以一切经过统一战线反对独立自主；三、军事上反对游击战，主张运动战；四、组织上闹独立性，不服从中央。
这时，中共中央书记处从杨家岭迁往枣园，毛泽东的住所也迁到枣国。
枣园，位于延安城的西北面，原是陕北地方实力派高双成的庄园。毛泽东的住处在一座小院中，院内种了许多花草、树木，夏秋时节，花繁叶茂，香气袭人。院子东南角有个八角形的小凉亭。毛泽东工作之余，常到这里读书，看报。每逢过年过节，毛泽东常去看望枣园的乡亲们，并且为老人们祝寿。他称自己是“枣园的居民”。
从十一月十三日至二十七日，中共中央政治局继续举行会议，集中批判王明在十年内战期间和抗战初期的错误。十三日，毛泽东在会上发言，系统地回顾了六届四中全会以来党内斗争的历史，着重批判了王明、博古等：“他们顶着国际和马列招牌，欺骗全党，全党要从这个骗局中解放出来。如果没有很好的步骤和方法是很危险的。”遵义会议“只集中弄清军事路线，因为中央在长征中，军事领导是中心问题。当时军事领导的解决差不多等于政治路线的解决。组织上不久也取消了博古的中央书记而以洛甫代之，因为当时只有如此才能团结我们内部。”他又讲到：一九三七年十二月会议时，王明回国，进攻中央路线，“而我是孤立的。当时，我别的都承认，只有持久战、游击战、统战原则下的独立自主等原则问题，我是坚持到底的。”他强调：一定要学会使用分析的方法，分析具体问题。“综合是分析的结果，分析是综合的手段。统一的东西必须经过分析，发现问题，暴露问题，分析问题，才能有正确的结论。”他说：“教条宗派分化出来的人是应当欢迎的。遵义会议不是稼祥、洛甫分化出来是开不成的。他们二人不管过去怎样，但是做了对党有利的事。”他又说：“所有经验宗派的人，与教条宗派是有区别的，大多数是被欺骗的，不觉悟的。他们常常被教条宗派利用‘共产国际’、‘马恩列斯’的外衣和威逼利诱所蒙蔽，所迷惑。”他在结束发言时说：“我们的目的是揭发路线错误，又要保护同志，不要离开这个方向。”（30）
许多中央领导人在会上也回顾了党内斗争的历史，总结历史经验，并作了认真的自我批评。但王明始终没有到会，会后，李富春代表中共中央向他传达会议精神，并希望他认真考虑，作出检查。十二月一日，王明的妻子孟庆树代笔为王明写了致毛泽东和中共中央的信，表示一九四一年九月底十月初时同毛泽东讲的关于国共关系和中央抗战路线问题的那些意见都是错误的，“现在我再一次地向中央声明，我完全放弃我自己的那些意见”，“我愿意做一个毛主席的小学生，重新学起，改造自己的思想意识，纠正自己的教条宗派主义错误，克服自己的弱点”。（31）这些，其实都是假话。
十二月下旬，毛泽东为中共中央书记处起草了向一些中央局和中央分局发出的关于研究王明、博古宗派机会主义错误的指示，要求他们很慎重地组织这一研究，每一中央分局在所属地区组织一百到二百人左右的高级干部学习和研究两条路线的有关文件。毛泽东强调：“此种研究的性质是整风的深入与高级阶段，其目的是使干部提高认识与增进统一团结，并为将来讨论七大决议作思想准备。”
经过九月以来的紧张学习和对错误路线的深入批判，高级干部中对党的历史上的路线是非已能看清。但是，又出现一些新的偏向。有些过去受过错误打击的干部对那些犯了“左”倾错误的干部也进行过火斗争，使有些人在毫无思想准备的情况下被揪上台去交待问题，有的甚至被轰出会场，一度造成十分紧张的气氛。对党史中的一些重要问题还存在严重争议，主要是：王明、博古等属于党内问题还是党外问题？临时中央和五中全会是合法的还是非法的？怎样处理思想要弄清和结论要宽大的关系？对六大如何估价？党内的宗派是否还存在？对这些问题，毛泽东非常重视。历史经验告诉他，如果这些问题处理不好，还会重复过去犯过的错误，党内也不可能实现真正的团结与统一。
一九四四年二月二十四日，中央书记处会议就上述有争议的问题进行讨论。取得了一致意见。三月五日，毛泽东在政治局会议上谈了书记处会议讨论后的意见，明确地指出：一、党内党外问题。在去年党的路线学习中，有部分同志怀疑王明、博古同志是党外问题，现在确定是党内错误问题。二、合法与非法问题。过去有的同志认为临时中央和五中全会是非法的。现在查到临时中央有共产国际来电批准过，五中全会也经过国际批准，所以是合法的，但选举手续不完备。四中全会是合法的，但政治路线的内容是不好的。三、思想弄清与结论宽大问题。自整风以来，我们的方针就是“治病救人”。我们要强调产生错误的社会原因，不要强调个人责任。因此，组织结论可作宽大些。现在要宣传解释这个方针，使同志们了解实行这个方针的必要。思想要弄清，结论要宽大，对党才有利。对抗战时期的问题也许不在七大上作结论，七大只做四中全会至遵义会议这一段历史的结论。四、不要反对一切。对四中全会至遵义会议这一段历史，也不要否定一切。当时我和博古一起工作，有共同点，都要打蒋介石，分歧点就是如何打蒋介石，就是策略上的分歧。如果把过去一切都否定，就是一种偏向。五、对六大的估计。六大基本上是正确的。六、党内宗派问题。经过遵义会议和六中全会，党内没有宗派了，现在比较严重的问题是山头主义。（32）
毛泽东这些意见得到政治局会议的赞同和批准。四月十二日和五月二日，毛泽东先后在中共中央西北局高干会和中央党校作学习和时局问题的报告，进一步阐述了经政治局通过的这些意见。他在四月十二日