韩国总统府对外交部进行调查的消息传出后，韩国外交通商部长官尹永宽立即召集高级官员紧急开会，他神情凝重地说：“现在气氛相当紧张。（总统发言人）用‘调查’一词是不幸的，我们不是罪犯。”
被调查的有7～8名外交部高级官员，主要是负责美国事务的官员和外交部长官的亲信，其中，外交部北美局局长魏星洛是这次调查的重点对象。他们都被韩国情报机关传讯。
迫于这种情势，尹永宽在1月15日引咎辞职。
在接受尹永宽的辞呈后，卢武铉明确表示：“外交部将有较大的洗牌动作，任何影响贯彻独立思想的人都要受到限制。”
卢武铉表示：“我之所以获选总统，就是主张独立的思想。我尊重每个人都可以有自己的想法，但是作为总统来说，当尊重他人思想却成为执行自己思想的最大障碍时，惟一应该做的就是立刻扫除这种障碍，否则我对不起信任我的韩国选民。”
韩国总统府随即在1月16日举行会议，研究确定新外长人选。在会上，韩国总统府官员认为，新外长人选应该吸取前任下台的教训，全力支持卢武铉政府的“自主”外交政策，奉行独立自主原则，而不再看美国脸色行事。同时，鉴于韩国国内国际局势，新外长还应该精通外交部情况、能够稳定外交部目前人心浮动的局面。
与会人士集中谈论了将总统外交顾问潘基文或韩国驻联合国大使金三勋提升为外交长官的问题，有人还推荐产业研究院院长韩德洙。最后，经过卢武铉的首肯，选定了潘基文。韩国总统府认为，潘基文“能力出色，能够通过对外交通商部的改革和激励，加强和巩固政府的外交政策”。
韩国舆论也普遍欢迎潘基文的到任，他们认为，潘基文不但能够弥合外交通商部和青瓦台之间的裂痕，同时还能维持美韩同盟关系。韩国外交和国家安
全研究所的一名教授指出：“他既不是独立派，也不是联盟派。他对美韩关系的把握最让人放心。”韩国外交通商部的一名高官也认为，潘基文是解决“美韩联盟”危机的最好人选，因为他理解韩国外交在此方面的困境。
《 日本经济新闻 》报道说，在朝核问题和向伊拉克派兵等重要课题堆积如山的情况下，卢武铉起用外交通商部出身的青瓦台外交政策顾问潘基文，意在迅速恢复外交能力。
而对于潘基文的任职，驻首尔的外交人士普遍认为“没有比他更适合的人了”。潘基文被任命为外交通商部长官的当天，美国国务卿鲍威尔亲自致电祝贺：“包括我在内，许多美国人都对您很熟悉，并对您的就任感到高兴。”
潘基文喜欢的运动是登山，而在仕途上他也是一步步攀登上去的，每一步都是那么踏实。其间有坎坷，有风雨，但他坚持不懈，不屈不挠，终于登上了他外交职业生涯的又一个巅峰。
就这样，潘基文在六十岁“耳顺之年”，成为韩国外交的掌门人。这似乎来得晚了点，但也可以说是恰逢其时——作为一个经历过多年外交风云的成熟的外交家，潘基文正可以一展身手。
“金善日事件”（1）
中国有句古语：“祸兮福所倚，福兮祸所伏。”潘基文的命运也充满着这种玄机。2001年，在仕途上青云直上时，潘基文遭遇命运打击，差点“死去”。而这次在就任外长后不久，又发生了一件事，这一事件差点儿断送了新任外交通商部长官潘基文的仕途前程。
这就是“金善日事件”。
34岁的金善日是一名韩国公民，高中毕业后始终在大学读书。他一共读了4所大学，所攻读的专业分别是阿拉伯语、英语、神学和神教学。金善日的父母说儿子的梦想是成为“在阿拉伯服务的传教士”。
金善日在就读外国语大学的第二学期获得了只发给学习成绩排在前10％的学生的奖学金。外国语大学阿拉伯语系讲师黄义甲说：“由于金善日经常问学习阿拉伯语的好方法以及想学阿拉伯语应该去哪些国家，所以我推荐了沙特阿拉伯和叙利亚。”但最后，他为了筹集同步翻译研究生院学费而选择了
伊拉克之行。
金善日作为翻译随佳纳贸易公司在2003年6月到了伊拉克，这家小公司在伊拉克拥有11名韩国职员，主要经营美军基地的洗衣店和商店。
在伊拉克时，金善日住的是地下室，生活比较艰苦。他和家人只通过三次电话。金善日的母亲申英子说，在4月最后一次通话中儿子说要我不要替他担心，他过得很好。我问他危险吗，他说不危险。2004年9月是金善日父亲的七十大寿，他本打算回国祝寿。但没想到的是，当金善日从距巴格达200公里左右的美军基地出发、经过费卢杰时，与一名伊拉克人一起被武装分子绑架了。
韩国时间21日凌晨4点左右，卡塔尔半岛电视台播出金善日被绑架录像带。绑架分子要求韩国政府在24小时内撤出驻扎在伊南部的军队，并答应不再向伊增派部队，否则将杀害人质。
消息传来，金善日的母亲哭断了肠，她哭诉道：“无论如何，国家应该救出他，我只有这么一个儿子。何况无论一个还是两个，首先要救人一命啊！”
韩国政府紧急启动了营救工作。韩国外交部次官崔英镇于21日上午11时召见埃及、沙特等中东地区12个国家驻韩国大使，请求给予帮助。
韩国驻伊拉克大使馆也展开了营救交涉。
潘基文这时为参加亚洲合作对话（ACD），正在中国青岛进行访问。他与美国国务卿鲍威尔和日本外相川口顺子进行协商，而且还接见了中东地区外交部长，请求合作。据悉，潘基文还向川口顺子请教了4月份成功营救在伊被绑架的日本人的协商经验。
在青岛接受 《 联合新闻 》 记者采访时，潘基文说，现在正在动员伊境内有影响力的神职人员、政府人士、部落酋长和美军行政当局等一切可能力量，致力于掌握金善日的关押地点，并谋求与绑匪进行接触。他还表示：“今天半岛电视台将从东京到汉城来，正在研究回国后我亲自通过该电视台表明政府态度，并呼吁释放金善日。”潘基文也不无担忧地说，不知何时能与武装团体接触，他们说的时限似乎已过，这些有可能很快得以确认。
与此同时，以外交通商部本部大使张在龙为首，包括国防部作战次长等6名官员在内的韩国政府协商团前往约旦，专程就释放人质问题与有关方面谈判。韩国媒体报道，韩驻伊使馆方面已得到驻伊美军、伊拉克外交部以及一些宗教组织的帮助，开始与有关方面斡旋。
而在韩国国内，反对向伊拉克派兵的人们也在首尔市中心举行反对派兵烛光集会。
时间到了22日凌晨4点左右，绑架分子提出的24小时期限已到。形势变得十分危急。
22日上午10点，韩国政府协商代表团抵达约旦，开始与韩国驻伊使馆一起同有关方面进行斡旋。当天晚些时候，韩国驻卡塔尔大使、驻伊军队负责人以及执政的开放
国民党两名议员相继通过半岛电视台，直接向当地观众解释韩国向伊拉克派兵的立场，并呼吁绑架者释放金善日。半岛电视台还播出了韩国KBS电视台制作的介绍韩国驻伊军队的专题片。
22日下午，外交通商部长官潘基文返回首尔。当天晚些时候，他在首尔接受了半岛电视台的采访。他敦促立即安全释放金善日，并强调韩国人民一直是伊拉克人民的好朋友。就在潘基文接受采访前，阿拉伯卫星电视台报道称，扣留韩国人质的绑架者延长了最后通牒时限。
但是到了22日晚10时20分，一个令人不安的消息传来：在从巴格达到费卢杰方向、距巴格达35公里的地区发现了一具被推定为东方人的尸体。
23日零时45分，韩国驻伊大使馆通过电子邮件收到照片，证实死者是金善日。
23日9时30分，韩国总统卢武铉发表电视讲话，向全国民众道歉，但同时重申，韩国不会改变向伊拉克派兵的计划。
卢武铉在简短的电视讲话中说：“虽然所有的韩国人和政府都希望并祈祷金善日先生的安全归来，但悲剧还是发生了，对此我感到十分难过和深深的遗憾。”
卢武铉谴责恐怖主义是“对人类的犯罪”，并称韩国政府决心同国际社会一道严厉打击恐怖主义。卢武铉重申，韩国计划向伊拉克派兵不是对伊拉克人或其他阿拉伯人有敌意，而是为了帮助伊拉克进行重建，恢复那里的秩序。
金善日被绑架分子杀害，韩国举国震惊。悲痛之余，人们开始追究有关方面救人不力的责任。
金善日被害后，韩国舆论首先对他在伊拉克何时遭绑架提出了质疑。在21日半岛电视台播放恐怖分子威胁要杀害金善日的录像前，韩国外交通商部对金善日遭绑架一无所知。事后，据金善日所属的驻伊佳纳贸易公司社长金千浩称，金善日于6月17日前后失踪。其实，金千浩试图自己组织营救，隐瞒了金善日早在5月31日便失踪的真相。金千浩的行动使韩国外交通商部等机构失去了了解情况和营救金善日的第一次机会。
关键问题在于另一次可能使金善日获救的机会。美联社6月24日报道说，该社曾获得一盘金善日被武装分子绑架的录像带，并于6月3日由该社首尔分社记者打电话给韩国外交通商部求证。但韩国有关人员接电话后既未核对事实，也未向上级报告。
韩国公众对这一爆炸性新闻感到异常震惊，对韩国外交通商部的质疑和斥责之声一时不绝于耳。韩国舆论认为，外交通商部不仅没有掌握失踪达20天之久的金善日的情况，而且与一次营救金善日的绝佳良机失之交臂。
在舆论的强大压力下，韩国总统卢武铉24日破例要求监察院调查外交通商部在处理金善日被绑架问题时是否失职。监察院随后还将调查对象扩大到国防部、国家情报院和国家安全保障会议。后三个部门同样因对金善日遭绑架茫然不知而遭到公众指责。国家情报院误将绑架金善日和绑架日本人质视为同一组织所为，当金善日已被杀害后，国家安全保障会议仍向卢武铉报告他有希望获释。26日，执政的开放国民党和在野的大国家党达成协议，决定动用国会的国政调查权，对营救金善日的时机被错过一事进行调查，以追究有关部门的责任。刚刚上任才半年的潘基文面临巨大压力。他理解舆论和人们的心情，也对未能挽救同胞的生命感到内疚。他现在要做的，就是尽力处理好善后事宜，至于自己的仕途命运，那就看总统和国民的最后决定了。
6月26日，在伊拉克被恐怖分子斩首的韩国人质金善日的遗体由大韩航空公司的一架飞机从阿联酋的迪拜运抵韩国仁川国际机场。潘基文神色凝重，与遇难者的姐姐一道在机场等候。当金善日的棺木被手持突击步枪、身着白色制服的韩国警察荣誉卫队护送出来时，潘基文心情沉重地向遇难者默哀。在仁川机场举行悼念仪式后，金善日的遗体由军用飞机运至釜山，被安置在釜山医院殡仪馆。
国会也从7月30日开始举行历时四天的听证会，调查政府在处理这一事件中的作为，包括潘基文在内的外交、国防、安保等众多政府要员纷纷到会接受质询。国会方面在公布的调查报告中指出，不管调查结果如何，政府都没有理由逃脱保护在境外的韩国国民的责任。报告还对政府在营救金善日过程中的作为表示遗憾。有舆论认为，这份报告无疑给韩国政府施加了更大的压力，使政府不得不做好预防措施，防止类似的悲剧重演。
韩国政府也发表声明，劝诫国民不要去伊拉克等地旅行，并要求所有在危险地区的韩国人尽快归国或者撤到安全的邻近国家。
韩国外交通商部长官潘基文和国防部长官尹光雄在8月份举行了联合记者招待会，这在韩国是相当不同寻常的。两位长官在联名发表的声明中表示，目前任何人在伊拉克都无法得到安全保障，因此韩国政府劝诫国民不要赴伊旅行。如果韩国国民一定要去人身安全得不到保障的国家，就应积极配合韩国政府有关方面的管理，防止再次发生不幸事件。声明同时重申韩国政府准备继续向伊拉克派兵，帮助伊拉克重建。
另外，针对
伊拉克持续恶化的治安状况，韩国外交部举行了由外交通商部长官潘基文主持的局势讨论会。外交通商部称，类似的讨论会今后将每周举行3次。
金善日事件最终没有导致潘基文丢掉乌纱帽。潘基文在这一事件中显示了出色的危机处理能力。他处变不惊，一方面采取积极措施处理后事，安抚遇害者家属，另一方面对外表示将重整外交部，最后，设立了一个24小时的求助热线，海外的韩国人可以通过它随时随地寻求到帮助。潘基文也巧妙地与媒体沟通。公众的愤怒终于得以平息，而潘基文也赢回了公众的尊重。
这次事件还连带了一幅画的命运。金善日事件发生后，韩国外交通商部一再受到各方谴责，结果该部办公楼一层的一幅骏马图成了“替罪羊”。
这幅骏马图从建立外交部大厦开始就挂在墙上，名叫《 跳跃 》，长12米，宽2。5米，描画了20多匹马向不同的方向奔跑的场面。据在外交部流传的传言，画中的马给人一种惊慌不知所措的印象，这令人联想起因金善日事件受到谴责的外交部的现状。
有关骏马图的传言惊动了外交通商部长官潘基文，他在记者招待会上表示：“虽然是闲话，但外交部像最近这样如此长时间地受到国民谴责，还是我35年公职生涯以来的头一次。在这种情况下，最近出现了挂在一层的画有问题的传言，这令我们头疼不已。”潘基文表示：“由于马奔跑的方向各自不同，外交部似乎找不到方向，应该用秩序井然的画代替这幅画。”据说，韩国外交通商部曾考虑撤掉该画，但因该画是行政自治部的财产，所以未能随意处置。
后来，外交通商部在此画前布置展示了《 朝英修好通商条约 》、《 海牙世界和平会谈三密使 》、 《 停战协议书 》等13件主要历史资料的座台，以压倒这一骏马图的“不良”气势。
韩国有记者给潘基文取了一个绰号叫“泥鳅”，说他善于逃避问题。而美国《 时代 》 周刊则称潘基文为“特富