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同样，12台副发动机也拥有偏转线圈和离子通道，形成离子副炮，这种副炮是防御用的。和主炮不同，一台副发动机拥有两个离子通道。离子束向上偏转90度，就成为垂直向上的离子防御炮，向下偏转90度（其实是向上偏转270度），就能向下防御。这个设计是为了日后再太空中航行时，鲲鹏的上下两面也拥有强大的防御武器（可以偏转其他角度，以射击任意目标，除了横向偏转还可以纵向偏转，基本上没有死角。至于侧面，嗯，有离子发动机本身，出射离子直接向敌人吹去就行了）。如果在地球上，可以向上发射离子束用以防空，这样的话就是前所未有的无敌面杀伤防空武器！这一点刘云本来没想过要这样使用，因为地球上的GDI和Nod远远不配当离子炮的敌人，他们的飞机什么的，只需用激光对付即可。但某一天当外星虫族——思金人降临地球后，刘云他们发现这次的敌人远远比《命令与征服3》中强大，这时候鲲鹏的离子副炮终于派上用场了。
下面是鲲鹏的武器系统：
鲲鹏的离子主炮和副炮都已经介绍过，分别是：舰首两门离子主炮，上下面各有12门离子副炮。不过，在真正的星际战斗中，离子炮从来都没法成为主战武器，因为，离子炮有致命缺点——被磁场克制，而且是轻松克制。就像是太阳风，太阳风本身可以看成太阳的“离子武器”，但地球的磁场可以轻松将太阳风挡在大气层外，除了南北两极漏进一些离子形成极光之外，地球的生物几乎不受太阳风的威胁。所以，任何星际战舰，只需给自己加一个强磁场，这个磁场的范围应该越大越好，就能让敌人射过来的离子流轻易偏转。
或许有人说可以提高单个离子能量，让磁场偏转难度增大。但是，在科技水平相当的情况下，你可以产生这个能量的离子，敌人也能产生这样强度的磁场，使之轻松偏转。因为你的战舰要能发射离子炮，本身就有偏转线圈，你自己都能产生这样的磁场，敌人为什么不能呢？所以用磁场克制离子炮难度很小。
不过，如果离子束流极大，而目标很小，磁场强度有限，那么离子束仍然能轻易摧毁这种目标。凡事没有绝对，就像水能克火，火强水弱之时火亦能克水。带电粒子运动时会产生电磁场，粒子有加速度（加速、减速或偏转）时会产生更强的磁场，例如轫致辐射和同步辐射光，这些磁场会影响目标产生的磁场。例如，地球的磁场在太阳风的“吹拂”下会变形，迎向太阳风的一端会压缩，背向太阳风的一端则拉长。如果太阳风足够强，将地球一端的地磁场抵消，那么地球会暴露于太阳风的摧残之下。同理，如果离子炮够强，而目标磁场较弱，那么就能轻松摧毁目标。
这个道理放在鲲鹏身上也是一样，如果敌人也有同样等级的巨舰，那么双方的离子炮都奈何不了对方，除非一方没能量了，磁场护盾撑不起来。但是，如果鲲鹏面对的只是几千吨的小破船，那么离子副炮就能轻松摧毁了。
除了离子炮，鲲鹏还拥有一些激光炮。不过，这些激光炮还远远达不到星际战斗的要求，连副炮都算不上，只能算是防御炮，用来防GDI和Nod的武器而已。凤凰飞船的激光阵列主炮，16门激光炮形成的阵列，能量为1280亿焦，相当于30吨**，这个能量可以充当舰炮而绰绰有余了。但这个能量对于鲲鹏来说，完全不能算巨舰的武器，只能算“单兵武器”。
鲲鹏上的激光阵列主炮的标准配置是100*100，口径25米（凤凰飞船的是4*4，口径1米），能量为80万亿焦，相当于两万吨级小核弹。这个能量和离子炮相比小得可怜，但和常规武器相比已经相当牛了。而且，鲲鹏上的能量几乎无穷无尽（最大可达太阳功率的十万分之一），而且这种激光炮也经过了改进，可以持续发射！那么，这样的毁灭光束扫向敌人，那就是血腥杀戮！
不过，这种激光主炮若是面对同样级别的巨舰的话……嗯，可以让敌人掉血了，不过若想毁灭对方，恐怕得对轰N天才能看见结果。没办法，两百亿吨，而且外壳全是远比地球上任何一种材料都坚固的精金，HP值太高了……所以说这种级别的激光炮完全达不到星际战斗的标准。
这种激光主炮的口径算小的（对于鲲鹏而言），所以鲲鹏的前部安装了16门，上面和下面各安装了64门，两侧各安装了16门。另有数以千计的激光阵列副炮，和凤凰飞船一个级别的，用来防御一些细小东西的袭击——例如导弹、飞机等等。可以说，依靠地球上的任何武器（不包括本身），都无法对付眼前的鲲鹏基地！什么人海战术，都对鲲鹏毫无用处！
这些小激光炮看起来很多，但鲲鹏的表面积数十平方公里，散布下去也没见多少，所以不要喊多（有人说厌恶科幻小说中一艘星际战舰万炮齐发将敌人摧毁的情节，我这里炮的数量是上万了，但那些都是小炮，和同等级别战舰开战一点用都没有，真正有用的是主炮，而这些小炮是用来对付等级低得多的敌人的），等思金人来到地球时，它们虫族的数量优势实在是……到那时刘云甚至发现上万的激光炮都不够用了，还要继续增加！
至于比较常规的武器，比如导弹、轨道炮之类的，刘云并未多装，因为这些武器应该是鲲鹏基地上携带的单位所拥有的，例如凤凰飞船、剑齿虎机甲等等。鲲鹏上没有郑和武库舰那种轨道炮，因为射程2000公里对鲲鹏来说没意思，还不如让携带的郑和舰和凤凰飞船来做。但鲲鹏之上倒是有一个导弹基地，可以发射刘云他们的任何导弹。这个导弹基地的作用是：当鲲鹏携带的军队要登陆时，可以随时提供导弹雨支援。这些都是常规的小导弹，至于星际战斗的导弹，能打同样级别巨舰的导弹，暂时还做不出来，因为没有反重力技术。
以上是鲲鹏浮动基地的武器系统，下面介绍鲲鹏的内部配置：
第五十四章鲲鹏浮动基地（下）
鲲鹏浮动基地长达12千米，宽3千米，高1000米，拥有无比广阔的内部空间，因为太高了，里面可以分成很多层，可以容纳大量的部队，携带百万大军是轻而易举！巨大的鲲鹏基地大致分为五个模块：指挥模块、生产模块、携带模块、储存模块、动力模块。
鲲鹏的头部自然是指挥模块，指挥官和多数高级军官都在这里，相关卫队和其他步兵也大多住在附近。没办法，鲲鹏基地实在太大了，里面空间太多，装个几百万大军都没问题，但一个国家可没有这么多军队装到鲲鹏上去，所以刘云给鲲鹏的标准配置是十万人。其实鲲鹏只需数千人就能发挥全部功能，因为其武器大多是自动化的，整个基地的智能化程度也非常高，许多东西都不需要人来处理。
刘云对鲲鹏基地指挥官的军衔作了规定，至少需要中将，一般是上将，才有资格当这一艘巨舰的舰长。鲲鹏的编制是军区级的，下辖两个舰队和一个陆战队，这两个舰队分别是空天舰队和海军舰队。空天舰队的主力是凤凰飞船（三种，战斗型、运输型和远航型），海军舰队的主力则是郑和舰和各种登陆舰。在这里，航母是根本不需要的，因为鲲鹏本身就是一艘巨无霸航母。而且，由于鲲鹏航行时波浪非常大，所以不会让海军舰队随行，而是躲进内港中，等鲲鹏到达大陆架附近，停止之后舰队才出来。空天舰队则没有限制。
指挥模块的核心是两台中央电脑，这两台都是超级量子计算机，计算性能达到一个十分恐怖的高度，GDI和Nod的顶尖科学家都无法想象。这两台之中一台是常备，另一台是备用，以防意外。中央电脑的功能是控制鲲鹏、指挥船上所有部队、处理战场信息、探测战场和破译敌方信息、储存资料等等。除了这些军事用途，中央电脑的最大功用是——生产和科研。与其说鲲鹏基地只是一个军事基地，不如说是一种“集成一切”的母舰，其功能除了作战，还有生产。达到太空时代的文明通常都有各种各样的母舰，科技等级自然比鲲鹏高得多，他们的母舰几乎可以携带整个文明，让其公民在其中生活、生产、研究和作战，本身就是一座巨型综合城市，同时也是作战平台。他们的战争机器也大多由母舰生产，母舰给他们提供一切。如果他们要星际殖民，同样也靠母舰运送居民和各种殖民工具，降落到目的行星后开始殖民。如今鲲鹏基地也拥有了这些母舰的部分功能，里面拥有刘云他们最先进的生产基地和实验室，在生产新装备的同时，也不断地出新成果。
除了这两台中央电脑，鲲鹏的其他计算机都是量子计算机，而且随便哪一台，拿到外面都能当超级计算机，可见其性能之强劲。
生产模块：
生产模块在鲲鹏基地的前部，共分为三个区域：航天工厂区、战车工厂区、船厂区。这三个区域生产的装备自然是航天装备、陆战装备和海战装备。整个生产模块加起来有三十亿吨重，庞大无比，其生产能力也高得惊人。生产模块的各种纳米核心工厂已经经过息壤的强化，和三年前相比更上一层楼。此外，生产模块还包含了一个巨大的息壤核心，如果鲲鹏能飞入太空，到达其他行星或卫星，如火星和木卫二，那么就可以释放这颗息壤核心，在该星球上扎根，并迅速布满整颗星球的地下，然后地表就可以随心所欲地建造各种东西，如基地、飞船，这样又能造一个殖民地。
这里提一下太阳系中适宜殖民的星球，最适合的自然是火星，火星是固体行星，表面是岩石，地下有水，而大气也与地球最接近，现在刘云已经在火星上有基地了，基地内有三千多科研人员在工作，如今他打算把一颗息壤核心移植到火星，建立更庞大的基地，并且迁更多人过去，为以后的星际殖民取得经验。其次则是月球，我们地球的卫星。表面是岩石，地下也有一些水，水量有点少，比火星少得多，但也不错了。而且离地球又近，往返难度很低，也是绝佳的殖民地点。再次就轮到木星和土星的那些巨型卫星了，但在这些卫星上殖民有些困难，挑选最容易的，就是木卫二。木卫二直径三千公里出头，体积挺大，也是固态卫星，主体结构也是岩石，但是，其表面覆盖着一层厚厚的冰盖，厚度达到好几十公里！不得不说，这层冰盖是殖民的一大麻烦，如果想殖民，那么需要凿穿如此深厚的冰层，才能找到矿物来建造基地。如要维持基地，最好能用源源不断的热量融化周围的冰层，使基地周围成为一个小海洋，人们可以在海底基地生活。
有人也许会问，土卫六（泰坦）是太阳系中第二大卫星，拥有厚厚的大气层，大气层下有海洋，是太阳系中最可能孕育生命的星球之一，为什么不适合殖民？实际上，泰坦的大气层厚是不假，有液态海洋也不假，但是，这些大气不是氧气和氮气，而是甲烷，海洋不是水，而是氨水。泰坦的大气层下确实有固体表面，但这个固体表面并非岩石，而是固态甲烷，因为泰坦表面温度太低。其表面还有许多液态甲烷，这些液态甲烷成为表面的“海洋”，会蒸发，会降雨，宛如地球的风云变幻，但这些甲烷无法给人类基地提供合适的原料，只有碳和氢，没有金属和硅酸盐。固态甲烷之下有一层对流冰层，这里的温度提高了，碳氢化合物可以流动，再下面是氨水海洋，这里的温度进一步提高，氨水以液态存在。氨水海洋有好几百公里厚！海洋下面才是真正的岩石表面。如果人类要殖民的话，就要穿透数百公里深的碳氢化合物和氨水形成的固液态复合表层，才能到达岩石表面，这时才能建造基地。但是，在如此深的地下生活，实在是暗无天日，周围是一大堆散发刺激气味的氨水，这可真不是人住的地方。
人类不好殖民，但将来会有一个种族在土卫六（泰坦）上建造了基地，这个种族就是变形金刚。《变形金刚2》中，狂派的堕落金刚一直隐藏在泰坦的岩洞中，岩洞中还在孕育小机器人，但他们缺少能量，新生儿很难存活，所以堕落金刚和威震天要去寻找火种源，又找到一种办法摧毁太阳获取能量。真是难为这些变形金刚了，整天躲在臭气冲天的氨水下面，也不觉得难受。
木星和土星的卫星都有这样的问题——表面被厚厚的冰层覆盖，这种冰层可能是水，也可能是碳氢化合物，冰层给殖民活动带来严重困难。这么说起来，也就火星和月球比较适合殖民了。至于金星，温度太高，大气有毒，又含有硫酸，有腐蚀性，如果没有牛X办法降温和除毒，是不好在金星上殖民的。
总之，鲲鹏浮动基地上的息壤核心就是一个蕴含巨大生产力的“种子”，可供殖民用。
鲲鹏基地的中部是携带模块，和生产模块相连。生产模块生产出来的各种装备，陆战武器、凤凰飞船和海军战舰等，就送到携带区这里储存，并处于战备状态。当然，生产模块里也有储存空间，两百个航天工厂、八十个纳米核心船坞，还有一千二百个战争工厂（战车工厂和机甲工厂统称战争工厂），本身就是储存和维修装备的地方，还有与携带区相连的多层输送通道，也可以临时储存。
携带模块中，上部是航天舰队的区域，中下部则是海军舰队的地盘。凤凰飞船在鲲鹏表面降落，然后进入携带模块上层的航天港。整个鲲鹏基地可以携带一千艘凤凰飞船！这个数量看似很多，实际不过几千万吨罢了，和两百亿吨的总重比起来不算什么。
中部是海军舰队的内港和泊位。泊位是多层的，有各种复杂的水闸，让郑和舰、两栖登陆舰等大型舰只进入，然后进入各层的泊位停靠。但内港只有一层，因为这一层就是海平面。战舰从泊位中驶出来，进入通道，然后水闸控制水位，使之与海平面齐平，最后开放通道，战舰才能从鲲鹏内部驶入大海。整个鲲鹏基地可以携带四百艘十万吨级的舰船