在李焕督导下，国民党迅速调整县、市级党部的人事。过去几乎全由外省人担当的主委，在一年内，换上1/3的本省人出任，还有很多本省人进入中央党部任职。全省举办了一次乾净的县、市级选举，省议会71席议员，国民党赢得61席；15个县长席次，国民党候选人当选了14席。可是党外人士赢得了高雄、台中和新竹的市长。反对派的本省人（包括国民党派任的台北市长高玉树）现在掌控了台湾四大都市的三个，代表“党外”势力普受都会及受过良好教育的台湾人的支持（译者按：当时新竹、嘉义两市都还没有升格为省辖市，此地作者说新竹市长是党外，显然有误）。私底下这些新当选的党外市长痛批国民党掌控一切的制度，可是一就职他们就专注行政管理与建设开发，以及培养本身势力。 不论他们多么仇恨国民党，他们还是按照国民党的规则玩游戏。
蒋经国在60年代中期及末期，开始延揽新时代的未来领袖——在台湾受教育，再留外深造回台的青年才俊，大部分具有美国学位。蒋彦士、孙运璿等官员构成台湾第二代技术官僚，将在事业上一展鸿图，第三代的归台学人担任“政府”公职，不仅参与经济事务，也越来越介入政治策略的咨商。这些年轻的外省籍青年才俊在离开大陆，以难童身份逃到台湾时，只有4至12岁。他们在台湾读完中学、大学，与本省人为邻居兼朋友一起长大，因此得到比较自由派的观感。这些人里面就有经国的两个双胞胎儿子孝严、孝慈，以及耶鲁大学博士钱复。钱复在60年代末期以34岁之龄担任“外交部北美司司长”，也曾担任过陈诚和蒋经国的英文秘书。这一群人当中还有一位生在大陆、长在台湾的本省人连战，他是芝加哥大学的政治学博士。
1969年6月，蒋经国终于承担起全面管理政府的正式领导角色。蒋介石提名他为“行政院副院长”7月，他兼任“国际经济合作委员会主任委员”，及财经会报召集人。蒋经国对提到经合会和财经会报的议题，仔细听取简报，同时反映出他一向的领导作风，与台湾企业界及外国投资人进行一系列会谈，听取他们对经济发展的建言。企业界疾呼简化行政手续，譬如光是进口车就得盖上100个印章。经国答应了！他先发动肃贪运动，准许“司法行政部”年轻的检察官放手追查涉嫌贪污的党、政高级官员。当时最轰动的一件大案是“香蕉案”，导致与宋美龄家族有关系的中央银行总裁（译者按：即徐柏园）去职。
蒋经国在任“行政院长”期间
经济发展平顺，显然没有必要有所更张。1969年的经济成长率是10％。自从1952年以来，台湾经济已经扩张了10倍。台湾每个学童现在都享有九年义务教育，农村越来越富裕，中产阶级也在受到良好教育后快速成长，他们从市场上丰富的消费产品中喜孜孜地采购心爱的商品。
然而，经国在家庭计划这个议题上倒与技术官僚意见相左。李国鼎等高阶经济改革派人士自从60年代中期，就推动政府推行家庭计划，希望把已经位居全世界第二高人口稠密度的台湾之妇女受孕率控制住。1967年11月国民党中央委员会开会，李国鼎力陈人口压力不仅危及全面就业和人均所得的提升，还可能成为社会动乱之源。这个议题引起“激烈辩论”，蒋经国是主要的反对者之一。可能是由他的马克思主义背景出发讲话，他力主一个国家拥有更多的劳动人口，它就会更强大。党内的大保守派和军方人士对他这个观点大有同感，也强烈反对家庭计划，孙中山也曾批评节育是“种族自杀”，相形之下，严家淦和整个技术官僚群都支持家庭计划。蒋介石过去虽然支持孙中山这方面的观点，现在却批准在台湾大量生产分发妇女避孕用“乐普”的计划。台湾的人口成长率终于稳步地下降。
蒋经国对家庭计划的立场也有可能是对保守派做个姿态。大约这个时候，他采取另一个步骤保护他的右侧。他已经花了一段时间，劝“大哥”陈立夫回台湾定居，颐养大年。4月，陈立夫接受邀请，结束他在纽泽西的养鸡场，飞回台北。虽然陈立夫1950年离开台湾是担心经国即将逮捕他，两人显然已尽弃前嫌，陈立夫鼓动立法院和国民大会里的CC派，要支持蒋经国。
12月，台湾举行三年前就答应的“中央民意机关”增额选举。经国允许各候选人史无前例地抨击“政府”，选举受到种种限制、国民党花下巨额竞选经费、国民党掌控媒体等等议题，第一次受到倾向党外的媒体的公开批评。党外候选人“郭大炮”郭国基和黄信介，抗议本省人受到歧视，当局把极大数额岁入拨给军方等等。他们甚至要求直接民选台湾省长，结束“戒严”统治。黄信介更大胆表示，反攻大陆已经无望，如果蒋“总统”继续长久佔著位置，对“国家”不利。郭国基和黄信介都当选“立法委员”，这代表“立法院”里首次出现两位真正的反对党人士（译者按：郭、黄当选的是终身职的增选“立委”，任期比照第一届“立法委员”，可是郭国基当选后，不久即逝世）。
7月，距提名经国出任“行政院副院长”不久，蒋介石夫妇乘坐的轿车在两辆安全随扈汽车前后保护下，驶上阳明山陡坡，要到现在作为别墅的住处。有辆吉普车急驶下山，越过中线。前导的安全车驾驶紧急踩煞车，蒋介石座车煞不住，撞上它的后头。蒋介石由后座冲撞到驾驶座，饱受惊吓，并没有受重伤。可是车祸之后，他的健康和心智能力就走下坡了。
蒋介石开始有频尿的问题。美方派了陆军一名泌尿科专家来检视，建议蒋介石动摄护腺手术。蒋介石犹豫，宋美龄劝他同意。她依然对美国人有信心。据在场的熊丸医师说，这位美国医生在手术时手都发抖。开刀过程顺利，可是虽然没有直接的併发症，蒋介石从来没有真正复原，原本对党、“国”大事已少管，此后更难得过问了。蒋介石继续接见重要外宾，偶尔也露面公开演讲，但是经国除了名义上之外，已是台湾当局不折不扣的领导人。
过后不久，蒋家又发生一件预料不到的健康危机。蒋经国的长子孝文已经晋陞为台湾电力公司桃园营业处经理，也曾在金门建一座发电厂，内定要调升一家化学厂总经理。但他还是有酗酒的习惯，每次喝醉就会大骂太太。有一个故事说，孝文60年代末有一天在台中某酒吧喝酒，跟人打架，酒吧保鏢把他赶出去。孝文打电话给警备总部中区警备分部司令，命令他把酒吧封了，司令听命照办。蒋经国听到这件事，把司令召到台北，以一向的作风告诉这位司令：“你过去工作备极辛苦，应该休息一下囉！”此君辞职。
孝文的糖尿病现在几乎每个月发作一次。1970年10月15日，在他即将荣升化学厂总经理之前，他又开怀畅饮，当夜就陷入昏迷状况。经国颇以自己把糖尿病遗传给儿子自责，天天到医院探视孝文。他握著儿子的手低声呼唤：“孝文，爸爸来看你，请赶快醒过来”。后来，孝文果然醒过来，但是仍在医院住了近5年，徐乃锦带著女儿友梅陪他住在医院内某栋小房子。
经国的次子孝武当年25岁。他和哥哥一样，出名的爱玩，爱追女人——而且也有糖尿病，只是在喝酒方面比哥哥节制。他曾经到慕尼黑政治学院唸书，结识漂亮的汪长诗，也结了婚。最想讨好父亲的幼子孝勇，由陆军官校预备班毕业，升为正期生。经国感到非常荣耀。蒋家总算有人延续从军的传统。不幸，后来孝勇操课时伤到脚，最后由陆军官校退训，转进台湾大学政治系唸书。
孝严、孝慈两兄弟也在1968年由东吴大学毕业。孝严进入“外交部”1970年派驻比利时期间，与黄美伦成婚。黄美伦是他在东吴大学的同学。婚礼前几分鐘，他才告诉新娘，他是蒋经国的儿子、蒋介石的孙子。黄美伦大吃一惊，觉得很荣耀。翌年，他们的大女儿出世，孝严通知王昇，王昇传回来经国建议给孙女取中文名蕙兰。孝慈由东吴大学毕业后，入伍服役两年，再回到东吴大学，获得法学士学位。
1970年初，美国副总统安格纽（Spiro Agnew）飞到台湾访问一天。他直接赶到日月潭，与蒋介石两度会谈，并与经国进行约两个小时的“工作早餐”。经国交给他一份备忘录，列举中华人民共和国对台湾及澎湖的威胁。安格纽保证美国会遵守承诺，保卫台、澎，可是对金、马地位就闪烁其词。安格纽针对美国对北京的政治意向说了一些话，意在安抚——毕竟安格纽根本就被蒙在鼓里，不晓得尼克松与基辛格正在试探与中共实质和解——他的话其实并没多大意义。
华府依然把台湾当作针对中国的一个非常关键的情报搜集基地——非常关键，指的是美国如果继续把中国当成严重的军事威胁的话。但是在台北与美国之间的政治交往，乃至发展战略伙伴关系的概念，则实质上每个月都在消退。继第七舰队停止在台湾海峡巡弋之后，美国空军开始把配备核子武器的B52轰炸机撤出冲绳，可是美方答应若情势需要时，它们会回到日本。经国下令拨款3000万美元，扩建台湾好几个空军基地的跑道及其他设施，欢迎B52进驻这些基地。可是华府从来没有认真考量此一可能性。
此时，台湾游说团在美国的影响力也大幅衰退。固然，台湾当局还是具有强大的友人（如友台国会议员安排三艘＇译者按，应是两艘潜水艇＇移交给台湾），可是重要的组织如“反对中共加入联合国百万人委员会”等已逐渐乏人支持。越战，以及它给美国社会带来的动盪，使许多美国人预备接受和北京修睦。
1970年春天蒋经国到华府正式访问，试图探究尼克松究竟预备向北京做何让步。美方盛大欢迎这位来自台湾的访客。身为“行政院副院长”的蒋经国，只是“内阁”的第二把手，被安置在通常接待行政首长或国家元首的布莱尔宾馆。东道主认为他们接待的是蒋介石“总统”的继承人。不过，尼克松和基辛格脑海里第一要务是，与北京正在进行中的秘密接触，以及一旦与中国关系突破后，对台湾可能会有什么影响？经国到访前几个星期，国务院才刚把一份报告送交基辛格，它的内容是：美国是否可能与北京达成放弃武力对峙的协议，以及中、美关系改善后的影响。如果美国与毛泽东领导的中国的关系，能照尼克松与基辛格的期望发展，那么他们就希望能缓和台湾的反应，维持台湾的稳定和繁荣。台湾的反应缓和节制，可能紓缓保守派共和党人必然的怒火。
尼克松总统在椭圆形办公室和蒋经国晤谈75分鐘——与一位“副阁揆”晤谈这幺久，并不多见。会谈中，尼克松采用经国本身接见访宾的技巧——多问问题，少表达意见。台湾当局“外交部”次长沉剑虹以译员身份陪同蒋经国与会。沉剑虹说，尼克松“非常注意聆听”蒋经国说话，但是就美国对北京关系“未做任何承诺”。尼克鬆解释，美国与中方的交谈是试探性质，不会影响到美国与台湾当局的友谊。他说：“美国不会拋弃她的盟国和友邦”。
当天晚上在欢迎蒋经国的盛宴上，尼克松举杯致意，重申他的政府决心在国际事务上与台湾当局坚定站在一起。然而，经国心里也明白，美国这番承诺也未必就与美、中关系突然间大有改善互不相容。他也晓得，台湾问题是美、中关系能否突破的关键事实上周恩来在不久之前才透过罗马尼亚传话给尼克松，周恩来重申他的公开谈话立场：“我们之间只有一个问题有待解决——美国佔领台湾的问题”。
为了表示尊重蒋经国，4月22日，基辛格跨过宾夕法尼亚大道亲到布莱尔宾馆与经国晤谈。两人辟室单独会面，以英语交谈了半个小时。据当时担任基辛格中国事务助理的何志立（John Holdridge）说，这是非常罕有的安排——尤其是访宾只是“行政院副院长”。 基辛格向蒋经国问起，如果中、美会谈由华沙易地到华府或北京举行，他会有什么反应？这个问题本身就已经透露双方谈话已经十分严肃认真了。白宫把中、美下一回合的华沙会谈延期到5月20日，以免距蒋经国结束访美日期太近。事后，沉剑虹问经国，基辛格是否传达任何其他重要讯息。经国笑而不答。
蒋经国亦与国务卿罗杰斯（William Rogers）、国防部长赖德（Melvin Laird）等美方高级官员会晤，他们全都向他保证，美国坚定支持台湾当局。蒋经国和美国人打交道的经验没有他父亲丰富，但是他并不天真。尼克松是他见过的第四位美国总统。更重要的是，蒋经国在评估世界趋势时比他父亲更宏观、更客观。即使不在此行之前，也必定在此行之后，他比大多数美国观察家看得更清楚，美国与中共首次同时看到，双方建立良好关系，彼此互利。
与基辛格晤谈两天，蒋经国来到纽约，预备向东亚美国工商协进会（East Asian American Council of merce and Industry）发表演讲。蒋经国一行及随扈的美国秘密勤务局保鏢、警察，在中午过后不久抵达富丽堂皇的广场大饭店。经国看到“台独联盟”约25个留学生守在饭店门口附近，高举标语，喊著抗议口号。他从轿车下来，步上台阶，当他正要推开大旋转门时，门旁大理石柱后跳出两个持枪男子。其中一个开了枪，纽约市警局一名便衣眼明手快，把枪推开，子弹从经国头上飞过。这位便衣和随行的军事副官温哈熊（译者按，温是蒋的办公室主任），把刺客抱住，制服在地上。其他的安全人员也抓住另一个共犯。
经国稍微停了一下，看看现场的混乱，然后就进入大厅，坐电梯到餐会会场。几分鐘后警察追上他，报告一切已经掌握住，把抢下来的枪给他看看。蒋经国表示，希望和企图行兇的刺客谈谈。警方认为不妥。经国就泰然自若向来宾发表演讲，隻字不提几分鐘前他差点遭谋杀。回到下榻的旅馆后，他打电话回台北给方良，叮嘱她不必担心。当天夜里行程表排的是华侨团体盛大欢迎晚会。经国的助理和安全人员都劝他不要出席，纽约警�