是小孩子，太后不过是妇道人家，这种狂妄跋扈是和人臣的身分决不能相容的。幸而上天保佑，还有忠臣张居正在，他立即献上奇计，建议采取断然措施解决高拱。1572年夏，有一天百官奉召在宫门前集合。一个宦官手执黄纸文书，这是两位太后的懿旨，也是新皇帝的圣旨。黄纸文书一经宣读完毕，跪在前列的高拱不禁神色大变。他已经被褫去官衔职位，并被勒令即日出京，遣返原籍。按照惯例，他从此就在原籍地方官的监视之下，终身不得离境。张居正在艰危之际保障了皇室的安全，建立了如此的殊勋，其取高拱而代之自属理所当然。
除了首揆以外，张居正又兼管万历的教育事务。小皇帝的五个主讲经史的老师、两个教书法的老师和一个侍读，都是他一手任命的。他还编订了讲章作为万历的教科书，有机会还亲自讲授。
万历皇帝学习的地方是文华殿。1572年秋天以后，他每天的功课有三项内容：经书、书法、历史。学习完经书以后，授课老师可以到休息室小憩，但皇帝本人却并不能那么清闲。这时候就出现了大伴冯保和其他宦官，他们把当天臣僚上奏的本章进呈御览。这些本章已经由各位大学士看过，用墨笔作了“票拟”。在冯保和其他宦官的协助下，皇帝用朱笔作出批示。
中午功课完毕，小皇帝在文华殿进午餐。下半天的大部分时间都可以自由支配，不过他仍然被嘱咐要复习功课，练习书法，默记经史。小皇帝对这种嘱咐丝毫不敢忽视，因为第二天必须背诵今天为他所讲授的经书和历史。如果准备充分，背书如银瓶泻水，张先生就会颂扬天子的圣明；但如果背得结结巴巴或者读出别字，张先生也立即会拿出严师的身分加以质问，使他无地自容。
在1578年大婚之前，万历和慈圣太后同住在乾清宫。太后对皇帝能否克尽厥职和勤奋学习均极为关怀，皇帝的其他行动也经常得到她的指导。至于冯保，当万历还是皇子的时候就是他的伴侣，提携捧抱，兢兢业业地细心照护，所以后来才被称为“大伴”。到这时候，冯保已经摆升为司礼监太监，也就是宫内职位最高的宦官。他经常向慈圣太后报告宫内外、包括皇帝本人的各种情况，慈圣因此而能耳目灵通，万历却因此而渐生畏惧。因为慈圣太后教子极为严格，如果大伴作出对皇帝不利的报告，太后一怒之下，皇帝就会受到长脆的处罚，有时竟可达几个小时之久。
在这样严厉的督导之下，万历的学习不断取得进步。他被教导说，做皇帝的最为重要的任务是敬无法祖，也就是敬重天道，效法祖宗。这种谆谆的教导在万历身上起到的作用很快就为一件事情所证明。当他登极还不满4个月，有客星出于阁道旁，其大如盏，光芒烛地。这颗被今天的天文学家称为Super－nova或Anno1572的出现，在当时被人们看成是上天将要降灾的警告。按照张先生的教导，万历赶紧检讨自己的思想、语言和行动，加以改正，以期消除天心的不快。这次“星变”延续了两年之久，皇帝的“修省”也就相应地历时两年，并且在今后相当长的时间内，他不得不注意节俭，勤勉诚恳地处理政务和待人接物，力求通过自己的努力化凶为吉。
学习的进步更加突出地体现在书法上。慈圣太后和大伴冯保都是书法爱好者，他们对皇帝在这方面的进步时时加以鼓励。万历年方10岁，就能书写径尺以上的大字。有一次，他让张居正和其他大学士观看他秉笔挥毫，写完以后就赏赐给了这些大臣。张居正谢恩领受，但在第二天他就启奏皇帝：陛下的书法已经取得很大的成就，现在已经不宜在这上面花费过多的精力，因为书法总是末节小技。自古以来的圣君明主以德行治理天下，艺术的精湛，对苍生并无补益。像汉成帝、梁元帝、陈后主、隋炀帝和宋徽宗、宁宗，他们都是大音乐家、画家、诗人和词人，只因为他们沉缅在艺术之中，以致朝政不修，有的还身受亡国的惨祸。对于这忠心耿耿的进谏，小皇帝自然只能听从。在1578年之后，他的日课之中就取消了书法而只留下了经史。
物力的节约也在宫内开始。过去一个世纪，每逢正月十五上元佳节，各宫院都有鳌山烟火和新样宫灯，辉煌如同白昼。在张居正的提议之下，这一铺张浪费的项目遂被废止。万历曾想为他母亲修理装潢宫室以表示孝思，张居正却认为各官院已经十分富丽完美，毋须再加修饰。他又针对万历关心宫内妇女喜欢珠玉玩好一事，指出为人主者，应当随时注意天下臣民的衣食，至于珠玉玩好，饥不能食，寒不能衣，不值得陛下亲垂关注。
和以前的各个朝代相比，本朝的宫廷开支最为浩大。紫禁城占地四分之三方里，各个宫殿上盖琉璃瓦，前后左右有无数的朱门和回廊，宫殿下面的台阶都用汉白玉石砌筑，真是极尽豪华。皇城环绕紫禁城，占地三方里有余。皇城内有驰道和人工开凿的湖泊，以备驰马划船和其他游览之用。建筑物除去皇家别墅之外，还有寺院、高级宦官的住宅。为皇室服务的机构，例如烤饼坊、造酒坊、甜食坊、兵胄坊、马房以至印书藏书的厂库也都集中在这里，使皇室所需的百物，都不必假手于外。各个厂库、寺庙、坊舍均由专任的宦官掌握，共有24个机构，习称二十四监。到万历初年，宦官的总数已逾二万，而且还在不断膨胀。最高级的宦官，地位可与最高级的文武官员相埒。宫女的数字，至少也在三千以上。为这些人的死亡所准备的棺木，一次即达2000口之多。
从本朝创业之君开始，就形成了如下的一种观念，即普天之下，莫非王土，不需要有专门的皇室在园的收入，以供宫廷开支之用。宫廷所需的物品，来自全国税收中划出来的一大部分实物，包括木材、金属等各种原料，也包括绸缎、瓷器等制成品。皇家的开支可以不受限制，官员们却只能在极度节俭的原则下生活，更不必说这些宦官宫女。所以，本朝的官员、宦官的法定薪给都十分微薄。
这种不公平的现象当然不能持久。到14世纪初，大部分的高级官员和宦官都已经过着十分奢侈的生活。尤其是高级宦官更为人所艳羡，他们不但在皇城内筑有精美的住宅，而且根据传统习惯，他们也有相好的宫女，同居如同夫妇。他们没有子女，但不乏大批干儿、侄子、外甥的趋奉，因而也颇不寂寞。至于招权纳贿，则更是题内的应有文章。
一般的宦官也有他们的额外收入。掌管皇家的各个仓库，就是他们的生财之道。各省上缴给皇室专用的实物，必须经过检验，认为质量合乎标准才能入库，否则就拒绝接受，解送实物的人员就会长期滞留在北京而不能回家。实际上，所谓质量并无一定的规格，可以由宦官及其中介人随心所欲地决定。如果解送实物的人员懂得其中的奥妙，赠送中介人以相当款项，中介人扣除佣金后再转手送给宦官，所缴实物就可以被接纳入库。
既然纳贿可以使劣质物品变为优质，所以，除了皇室成员自用的物品以外，以次充好的现象就不断发生。其中受到损害最大的是京军。因为按规定，他们的服装也是由宦官掌管的，以次充好的结果使他们获得的军服质量极为低劣。当时最有权威的仓库中介人名叫李伟，爵封武清伯，他是慈圣太后的父亲，当今皇帝的外祖父。劣质的棉布通过他而进入仓库，再发给军士，就势所必至地引起了无数的怨言和指责。万历皇帝接到臣僚们对此事的控告，亲自拿了一匹这种劣质棉布呈进于慈圣太后之前。太后既愧且怒，表示要按国法处置。这时，大学士张居正施展了他的政治才能，他出面调解，达成了一个保全太后一家面子的协议：李伟毋须向法庭报到，他所受的惩罚是被召唤到宫门外申饬一顿，保证不得再犯。事情告一段落以后，张居正又在冯保的合作下乘机大批撤换管理仓库的宦官，并很自信地向别人表示，这种需索“铺垫费”的陋习业已禁绝。
总的来说，万历即位以后的第一个10年，即从1572年到1582年，为本朝百事转苏、欣欣向荣的10年。北方的“虏患”已不再发生，东南的倭患也已绝迹。承平日久，国家的府库随之而日见充实。这些超出预计的成就，自不能不归功于内阁大学士张居正。这就怪不得张先生偶感腹疼，皇帝要亲手调制椒汤面给先生食用。慈圣太后对张先生也是言听计从。她一向是一个虔诚的信神奉佛的女人，有一次曾准备用自己的私蓄修筑涿州娘娘庙，后来听从了张居正的劝告，把这笔钱改用于修筑北京城外的桥梁。万历皇帝出疹子痊愈以后，太后本来打算在宫内设坛拜谢菩萨的保祐，也由于张居正的反对而作罢。还有好几次，慈圣太后想在秋决前举行大赦，但是张居正坚持以为不可，太后也只能被迫放弃原来的意图。在这些事例中，张居正的主张无疑都很正确，但是这种铁面无私的态度，在以后也并不是不需要付出代价的。
在乎日，皇帝一天要批阅20至30件本章。这些本章都写在一张长纸上，由左向右折为四叶、八叶、十二叶不等，因而也简称为“折”。本章的种类很多，式样、字体大小、每叶字数以及行文口气等都因之而各不相同。但概括说来则可分为两种：其一，各衙门以本衙门名义呈送的称为“题本”。题本由通政司送达官中，其副本则送给给事中办事处，即六科廊房。题本中的内容大都属于例行公事，很少会引起争执。其二，京官以个人名义呈送的称为“奏本”。奏本所呈奏的事项十九在呈奏者的本职之外，例如礼部官员议论军政，军政官员批评礼仪。因为属于个人的批评或建议，所以事先不必通知自己的上级，也不必另备副本。奏本由呈奏者自己送到会极门，由管门太监接受。由于这样，奏本的内容，在皇帝批示并送交六科廊房抄写公布以前，别人是无从知悉的。在全体臣僚中引起震动的本章，往往属于这一类奏本。
万历登极之初批阅本章，只是按照大伴冯保的指导，把张先生或其他大学士的“票拟”改用朱笔批写就算完成了职责。其中有些本章的批示极为简易，例如“如拟”、“知道了”，简直和练习书法一样。而且按照惯例，皇帝仅仅亲自批写几本，其他的批写，就由司礼监秉笔太监用朱笔代劳。这朱笔所代表的是皇帝的权威，如果没有皇帝的许可而擅用未笔，就是“矫诏”，依律应判处死刑。
但即使是这些例行的批语，不到10岁的万历皇帝恐怕还是无法理解它的全部含义的。例如“知道了”，实际的意义是对本章内的建议并未接受，但也不必对建议者给予斥责。这些深微奥妙之处也只有随着他年龄的增长而逐渐加深理解。
重要官员的任命，即人事大权，也是决不容许由旁人代理的。作出这一类决定，总是先由张居正和吏部提出几个人的候选名单，而由皇帝圈定其中之一。万历皇帝虽然年幼，他已经懂得排在第一的是最为称职的人选，只要拿起朱笔在此人的名字上画上一圈就可以体现他的无上权威。他从即位以来就不断受到这样的教育：他之所以能贵为天子乃是天意，天意能否长久保持不变则在于人和。要使百姓安居乐业，他应当审慎地选择称职的官吏；而要选择称职的官吏，他又必须信任张先生。
上述情况表明，张居正在人事任免中起着实际上的决定作用，这就理所当然地招致了不满。在万历12岁的那一年，他几次接到弹劾张居正的本章。有人说他擅作威福，升降官员不是以国家的利益为前提而是出于个人的好恶。有人更为尖锐，竟直说皇帝本人应对这种情况负责，说他御宇三年，听信阿谀之臣，为其蒙蔽，对尽忠办事的人只有苛求而没有优待，这不是以恕道待人，长此以往，必将导致天意的不再保祐。
本朝有一个习惯，以气节自诩的大臣，如果遭到议论攻击，在皇帝正式表明态度之前，自己应该请求解职归田，以示决不摸棱两可，尸位素餐。张居正既然受到直接间接的攻击，他就立即向皇帝提出辞呈，说他本人的是非姑且不论，但有人说他成了皇帝陛下和舆情之间的障碍，他在御前所能起到的作用已被这种议论一扫而光。既然如此，留亦无益。
万历当然不会同意张先生的请求。他向张先生和大伴冯保表示，奏事的人必须受到惩处。张居正于是面奏说，任何人替陛下做事，都免不了作威作福。因为误事的官员必须降黜，尽职的官员必须提升，所以不是威就是福。二者之外，难道还有其他？张居正的慷慨陈辞和冯保的支持加强了皇帝的决心。他于是决定，第一个攻击张居正的官员褫夺官阶，降为庶人。第二个攻击者已经明知朕意，仍然执迷倔强，即是蔑视君上，应该押至午门外，脱去袍服，受廷杖一百下。廷杖是本朝处罚文臣的标准刑具，很多人在受刑时被立毙杖下，幸而得存者也在臀部留下了永久性的伤痕。
这时张居正显示了他的宽容。他恳请对犯官免加体罚，改为流放到边远省份，受当地官吏的监视。这种雅量使万历极为感动，无端遭受别人的攻击，还要代这个人说情，可见他确实是不计个人恩怨，有古大臣之风。然而万历所不会理解的是，权倾朝野的张居正，他的作威作福已经达到了这样的程度：凡是他所不满的人，已经用不着他亲自出面而自有其他的内外官员对此人投井下石，以此来讨好首辅。果然，在几年之后，万历皇帝获悉当日免受杖刑的这位官员，竟在流放的地方死去，其死情极端可疑。
经过这种种争论，加上年事日长，每天攻读史书也可以从中借鉴前代的教训，万历皇帝终于逐渐理解了问题的症结。
本朝的君主制度有一点与历朝不同。以前各个王朝，凡君主年幼，必定有他的叔父、堂兄这样的人物代为摄政，而这恰恰为本朝所不能容许。按照规定，所有皇室的支系，包括皇帝的叔父、兄弟以至除皇太子以外的儿子，一到成年就应当离开京城到自己的封地，谓之“之国”。之国也就是