了首辅自己的地位，他被众口交誉为老成持重，有古君子之风。
他和万历之间的关系也越来越好，概言之，即已经由协调进而为亲密。册封万历的宠妃郑氏为皇贵妃时，他被委为正使之一。申时行又奉派为总揽大峪山今上陵寝的建筑工程，并已到施工之处巡视多次，一次在严寒，一次在酷暑。1587年，他报告一切进行都很顺利。万历龙颜大悦，特赏首辅申先生织有双喜字的锦缎一匹，让他制成新衣，以供阅陵时服用。
在皇帝的心目中既已取得了很高的信用，申先生又能以他高超的劝说能力，委婉地请求今上放弃他禁中内操，即在皇城中训练以宦官编成的军队，并同意不再随便出城巡阅，管束职掌特务的宦官张鲸。这些事情，如果不是申时行采用恰当的方式调停，很可能造成皇帝与百官间的冲突。因为在这些地方文官们有他们坚定强硬的看法，要是他们一定要以道德的名义在御前诤谏，言语冲突之余，万历一动反感，很可能导致一意孤行。申阁老防患于未然，确已尽到从中调济的职责。
反对申时行的则仍称他为妥协，一味只顾目前适用，放弃原则。申时行当然有他的办法答辩。他表示，要是不恢复百官间的彼此信赖，怎么可以使他们大有作为，为皇上推行开明的政治？
管理我们这样一个大帝国，在许多问题上一定是要生罅隙的。张居正以整饬纪律自居，而实际上他是强迫要求各人保证不生罅隙。申时行用恕道待人，又鼓励诚信，就是期望各人自动地各尽其能地补救罅隙。申时行的立论并非没有理由，但是从他四年内在文渊阁执政的纪录上看，其成功的希望至为微小。
推广诚意的方式是经常不断地举行礼仪，讲解“四书”和其他经史，然而最近以来，申时行已经不能劝说万历皇帝出席他应该主持的礼仪，经筵也久被搁置。申先生内心明白，经过张居正事件之后，皇帝对各种告讦、争论和答辩已经不感兴趣，他对一切都取怀疑的态度。因为他从小束发受教，就听说“王者无戏言”，天子应对一切事物认真，更要在一句一语之间，相信亲信人的话。而现在看来，每个人都是说管说，做管做，两不相干，这又何怪乎他怀疑一切？他之所谓“讪君卖直”，就表示他已经知道凡事都有其明暗阴阳。他对廷臣要求他为尧舜之君的说法不加反对，因为这是“四书”中的准则，又是祖先的训示，不容置辩。可是以他的聪明敏感，谁又能够保证他在内心深处，没有把这种要求当成臣下为他设置的羁绊？
皇帝放弃诚意，使申时行至为不安。然而他没有更好的办法，只好自己坚持信心，静待时机的好转。可是无情的时光，究竟还有多少让申时行来安排和等待呢？1587年，即万历十五年的秋天，他作为首辅已四年有半，今后还有四年，他仍为文渊阁的首长。在他不知不觉的用尽了命运为他安排作首辅的全段时间，那么太傅兼太子太师左柱国中极殿大学士申时行即想在文渊阁再多留一天，也是不能为时势所容许的了。
第三章世间已无张居正
张居正的不在人间，使我们这个庞大的帝国失去重心，步伐不稳，最终失足而坠入深渊。它正在慢慢地陷于一个“宪法危机”之中。在开始的时候这种危机还令人难于理解，随着岁月的流逝，政事的每下愈况，才真相大白，但是恢复正常步伐的机会却已经一去而不复返了。
以皇帝的身分向臣僚作长期的消极怠工，万历皇帝在历史上是一个空前绝后的例子。其动机是出于一种报复的意念，因为他的文官不容许他废长立幼，以皇三子常洵代替皇长子常洛为太子。这一愿望不能实现，遂使他心爱的女人郑贵妃为之悒郁寡欢。另外一个原因，则是他在张居正事件以后，他明白了别人也和他一样，一身而具有“阴”、“阳”的两重性。有“阳”则有“阴”，既有道德伦理，就有私心贪欲。这种“阴”也决非人世间的力量所能加以消灭的。于是，他既不强迫臣僚接受他的主张，也不反对臣燎的意见，而是对这一切漠然置之。他的这种消极怠工自然没有公然以圣旨的形式宣布，但在别人看来则已洞若观火。
皇帝决心以顽强的意志和臣僚们作持久的对抗，臣僚不让他立常洵为太子，他也不立常洛为太子，甚至不让常洛举行冠礼以便向翰林院的官员就读。像这样双方坚持达10年之久。
迫于强大的舆论压力，他不得不放弃自己的打算。但是他的屈服是带着仇恨的。皇长子被封为太子，皇三子被封为福王到河南之国，从此皇帝的心灵上就留下了永久的伤痕，他的臣僚也再没有机会能使他按照他们的意志执行他的任务了。皇帝仍然是皇帝，但是再也不愿意做任何事情使他的文官快意。像这样又20年。
各种法定的礼仪在照常举行，但是皇帝已经不再出席。高级的职位出缺，他宁可让它空着而不派人递补，使那些文官们除了极少数的人以外已不再有升迁到最上层的希望。臣僚们抗议的奏章不断向他提出，他也不加答辩。因为他知道，只要在奏本上一加朱批，不论是激烈的驳斥还是冷静的辩说，这些未批和原来的奏折都要送到给事中的办公室里传抄公布，这就正好中了那批抗议者的下怀，使他们达到了沽名买直的目的而暴露了自己缺乏雍容的气度。最合适的办法就是把这些可恶的奏本留中，即扣押在宫内不加批示。
于是有良心的官员觉得无法执行他们的任务，只好提出辞呈。万历以同样的态度对付这些辞呈，既不援例慰留，也不准离职。有的官员在忿怒之余径自挂冠而去，吏部建议对他们追捕而加以宪问，万历同样还是置之不理。到他临朝的后期，一个文官自动离职就意味着一个名位已被废革，因为不再有人补缺。
皇帝和他的臣僚熟读诗书，知道经典史籍赞成臣下向无道之君造反。但这无道必须到达桀、纣的程度，即以极端的残暴加之于臣僚和百姓。现在的万历皇帝却并非如此，而且除了不理上述性质的文件以外，他照常批阅其他奏章。也就是说，他的消极怠工，放弃自己的职责，是有所选择的，他自己可以理直气壮地表示，他是在奉行道家“无为而治”的宗旨。对于这种情况，臣僚们是找不到任何经典中的训示来造反的。所以，不满甚至愤激的情绪尽管不断滋长，却始终没有发展成为“诛独夫”或者“清君侧”的内战。
皇帝的放弃职责并没有使政府陷于瘫痪。文官集团有它多年来形成的自动控制程序。每到属牛、龙、羊、狗之年，北京的会试、殿试照旧举行；地方官和京官按时的考核也没有废止。派遣和升迁中下级文官，用抽签的方法来决定。吏部把候补人员的名单全部开列，一个官员除了不得出任原籍的地方官或其父子兄弟的上下级以外，他将要出任什么官职，决定的因素不是他的道德或才智，而是出于与事实无关的一根竹签。对于这些例行公事，皇帝照例批准，大多数情况下则由司礼监秉笔太监代作朱批。
在御字48年之后，万历皇帝平静地离开了人间。他被安葬在他亲自参与设计的定陵里，安放在孝端皇后和孝靖皇后即恭妃王氏的棺椁之间。他所宠爱的贵妃郑氏比他多活了10年。由于她被认定是国家的妖孽，她得不到任何人的同情。这10年，她住在紫禁城里一座寂寞的冷宫中，和她的爱子福王永远睽离。福王本人也是一个祸患，据说万历生前赠给他的庄田共达400万亩。由于成为众人怨望之所集，也没有人敢为他作任何辩解，说这个数字已经被极度地夸大，而且大部田土已折银每年未逾20000两。
奇怪的问题是，皇位的继承问题早已解决，万历皇帝又龙驭上宾，而关于当年延搁立嗣的责任之争，反较问题没有解决的时候更加严重。每当提及往事，就有许多廷臣被卷入，而且舌战之后继以笔战。这时朝廷中的文臣已经分裂为若干派别，彼此间无数的旧恨新仇需要清算，激烈的争论则常常肇始于微不足道的衅隙。万历皇帝几十年的统治，至此已经造成了文官集团中不可收拾的损伤。
皇帝是一国之主，他应当尽心竭力以保持文官集团的平衡。做到这一点是很不容易的，除了公正和不辞劳瘁以外，还需要超出寻常的精明能干。针对文官的双重性格，需要给予物质上的报酬使他们乐于效劳，也要动员他们的精神力量，使他们根据伦理道德的观念尽忠国事。这两项目标的出发点已有分歧，而皇帝能用来达到目标的手段也极为有限，概言之，不出于人事的升降和礼仪的举行。而万历皇帝的所作所为，正与此背道而驰。他有意地与文官不合作，不补官的做法等于革除了最高名位。他们鞠躬尽瘁，理应得到物质上的酬报，升官发财、光宗耀祖，此时都成泡影，使他们的毕生心力付之东流。再者，他又把伦理道德看作虚伪的装饰，自然就不在这方面用功夫。很多把孔孟之道奉为天经地义的文官，至此也觉得他们的一片丹心已经成了毫无意义的愚忠。
表面上的宁静通常是虚幻的。文官集团缺乏应有的和衷共济，反而集中了无数的利害冲突，形成了一个带有爆炸性的团体。在万历皇帝御宇的48年中，特别到了后期，大臣们已经看透了中枢无复具有领导全局的能力，也就不得不以消极敷衍的态度来应付局面。此类态度类似疫气，很快就在文官中流传，使忠于职守者缺乏信心，贪污腐败者更加有机可乘。这种不景气的趋势愈演愈烈，使整个王朝走到了崩溃的边缘。其所以能勉强维持，实在是因为替代的办法尚未找到。而像我们这样庞大而历史悠久的帝国，即使在不利的条件之下，仅凭惯性的作用也可以使这个王朝继续存在若干年月。
这种气氛，不消说令人悲观。有一部分文官，即以后被称为东林党的人，发愤要力挽狂澜。他们的理想是，精神上的领导力量可以在皇帝的宝座之外建树。他们从小熟读《四书》和朱熹的注释，确认一个有教养的君子决无消极退让和放弃职责的可能，需要的是自强不息的奋斗。这些以君子自诩的人物，不论在朝在野，总是标榜自己的品德，而指斥和他们不合的为小人。其后，这一派中的若干人被任命为吏部和都察院的官员，职司百官的考察和弹劾。在定期的考核中，他们大刀阔斧地斥退他们心目中认为萎靡不振的官员。
这种重振道德的运动，其标榜的宗旨固然极为堂皇，但是缺少了皇帝的主持，其不能成功已在预料之内。皇帝也是人而并非神，即使他的意志被称为“圣旨”，也并不是他的判断真正高于常人。他的高于一切的、神秘的力量是传统所赋予，超过理智的范围，带有宗教性的色彩，这才使成为他的决断人间最大的权威。如果官员们承认他的决断确乎出于他自己而非出于佞幸的操纵，那么即使有欠公允，也可以使大家绝对服从。东林党当然不能具备这样的绝对权威，更何况当日两万名身穿锦袍的文官，作为一个整体，已经丧失了评定善恶的标准，仅凭这几十个自诩为品德优秀的官员，反倒能订出一个大家所承认的标准？这几十个官员尽了很大的力量，要重新建立一种能为别人所承认的道德伦理，结果却事与愿违。反对他们的，也同样地使用了他们治人之道，即用道德伦理的名义组织他们的集团以资对抗。
万历的去世，失去了最后的缓冲因素。互相猜忌的小团体至此公开地互相责难。一连串的问题被提出来了：当初先皇对继承人的问题犹豫不决，在中枢任要职的人何以不慷慨直言？王锡爵身为首辅，居然同意先皇提出的三王并封的主张，即皇长子常洛、皇三子常洵、皇五子常浩同时不分高下地并封为王，这是何居心？要不是大臣们缺乏骨气而作迁就，先皇何至把“国本”问题拖延得如此之久，致使后果难于收拾？据说郑贵妃还有谋害皇长子的阴谋，何以不作彻底的调查追究？这些问题，没有法律上的程序可供参照以找到答案，但是在感情上则带有强烈的煽动性。提出问题的人自己也未必有寻根究底的决心，而只是利用这些问题作为控诉的口实，把食指指向反对者的鼻子，借此在党争中取得主动。
本朝的制度，应当说是不能听任这种党争发展的。我们的司法制度极为简单，缺乏判决争端的根据。即使是技术上的问题送交御前请求决定，也要翻译成为道德问题，以至善或极恶的名义作出断语。在这种具体情况下，只有使全部文官按照“四书”的教导，以忠厚之道待人接物，约束自己的私心，尊重别人的利益，大事化小，小事化无，朝廷才能上下一心，和衷共济。要是官员们口诵经典中的词句，称自己为君子，别人为小人，在道德的掩盖下夺利争权，这就是把原则整个颠倒了。这种做法会导致文官集团的涣散，进而导致我们的帝国无法治理。这不必等到1620年万历的灵枢抬到大峪山下葬的时候才能明白，1587年申时行说的“自古国家未有如此而能长治久安者”，已经把这个道理说得十分清楚了。
但是当日的申时行并没有足够的力量影响舆论，此后的影响则更为微弱。皇位的继承问题发生在他担任首辅的时候，所以很多人都感慨在这紧张的几个年头之内偏偏碰上了这样一个软弱无能的人做了文渊阁的首脑。
1591年申时行被迫去职的时候，舆论对他已经丧失了同情。这原因需要追溯到上一年，即1590年。这一年之初，皇长子常洛只有足岁七岁半，但按中国传统的计算方法，他已经9岁。这时他还没有出阁讲学，给很多廷臣造成了不安，担心他长大以后不能和文官作正常的交往。但是出阁讲学，他又必须具有太子的名义，否则就是名不正言不顺。问题迫在眉睫，所有的京官集体向文渊阁的四个大学士施加压力，要求他们运用自己的声望，促使万历册立常洛为太子。于是，以申时行为首的四个大学士向皇帝提出了辞呈，理由是他们无法向百官交代。皇帝当然也不能接受他们的辞呈，因为他们一去，就不再有人敢接受这个首当其冲�