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韦力仁请禁绝神策军的高利贷行为，正说明神策军在这几十年中被腐化的几乎丧失了原有的奋进和勇武的jīng神。要知道，李曜这种后世之人，纵然对工商业十分重视，也不会让军队自己去做生意。
僖宗乾符元年（874年），黄巢之乱爆发，其势发展迅猛。广明元年，黄巢乱军逼近长安。为了抵挡起义军，僖宗只有动用禁军，也就是当时禁军中实力最强的神策军。
“上召宰相议之。豆卢瑑、崔沆请发关内诸镇及两神策军守潼关。壬戌，rì南至，上开延英，对宰要泣下。观军容使田令孜奏：‘请选左右神策军弓弩手守潼关，臣自为都指挥制置把截使。’上曰：‘侍卫将士，不习征战，恐未足用。’令孜曰：‘昔安禄山构逆，玄宗幸蜀以避之。’崔流曰：‘禄山众才五万，比之黄巢，不足言矣。’豆卢瑑曰：‘哥舒翰以十五万众不能守潼关，今黄巢众六十万，而潼关又无哥舒之兵。若令孜为社稷计，三川帅臣皆令孜腹心，比于玄宗则有备矣。’上不怿，谓令孜曰：‘卿且为朕发兵守潼关。’是rì，上幸左神策军，亲阅将士。令孜荐左军马军将军张承范、右军步军将军王师会、左军兵马使赵坷。上召见三人，以承范为兵马先锋使兼把截潼关制置使，师会为制置关塞粮料使，坷为句当寨栅使，令孜为左右神策军内外八镇及诸道兵马都指挥制置招讨等使，飞龙使杨复恭为副使。”
神策军此次出击，号称十万。“朝廷以田令孜率神策、博野等军十万守潼关。”但这十万之数绝非实数，《册府元龟》之《宰辅部·识筒门》说：“朝廷使田令孜率神策博野等军十万守潼关。贼乃自潼关禁谷路入，遂陷京师。时前夏州节度使诸葛爽亦统禁军，闻贼盛，退保栎阳，及黄巢至，乃降、初，田令孜之起神策军也，众号七万。皆长安豪民以货赂求隶六军。不能负矛戟甲恺之重，乃祈于官执事者，厚以直佣两市之负贩者以备其行，其实不过三万人，但饰其旅旋枉鼓而已。及守潼关，贼已他道而入，一时狠狈回至荤下。时百官yù马走，携在中书省，止之曰：‘此必博野军私自还也。’博野军有七千人，则六军之数，时以后发，故谓其自还。携至是惧罪，驰归，仰药而死。”
可见当时出动的军队至多三万。这次潼关之战中，神策军的表现可以说是不堪一击。这与在京城的神策军的士兵来源有很大关系。从此次出征前，神策军的表现便可以看出此次战争的结果。
“张承范等将神策弩手发京师。神策军士皆长安富家子，赂宦官窜名军籍，厚得享赐，但华衣怒马，凭势使气，未尝更战陈。闻当出征，父子聚泣，多以金帛雇病坊贫人代行，往往不能cāo兵。”
以这种战斗素质的神策军与起义军作战，那无疑是以卵击石。战争的过程也充分的表现了这一点。广明元年（880年）十一月十三rì，僖宗将其在神策军中挑选的弩手两千八百人以张承范为将赶赴潼关。十七rì，由于兵额不足，田令孜紧急招募几千人补充兵力。十二月一rì，张承范率领神策军到达潼关，但张承范所率之军和原潼关齐克让的军队都无粮草，士卒均无斗志。而长安方面对于潼关既无援军支援也无粮草运到，张承范对于战局已无一丝信心。十二月二rì，起义军开始进攻潼关，激战一rì，至三rì正午，潼关守军便被击溃，守将王师会自杀，张承范化装潜逃。至此作为长安门户的潼关失守，从起义军开始进攻到潼关失守仅用了一天时间，天险潼关便被攻破，可见神策军这时已完全腐朽，不堪一战了。
潼关的失守意味着长安已无险可守，僖宗在田令孜所率的五百神策军保护下于十二月三rì从金光门逃出。所幸的是参加潼关战役的主要是在京城的神策军，驻扎在京西北的神策军镇并未参与。故而禁军还是有一定实力的。“时禁军分镇关中兵尚数万，闻天子幸蜀，无所归，败使人招之，皆往从畋，畋分财以结其心，军势大振。”后田令孜与僖宗幸蜀，在京西北的神策军大多为郑畋收编，成为抗击黄巢的主力。“即授畋检校尚书左仆shè、同平章事，充京西诸道行营都统。时畿内诸镇禁军尚数万，贼巢污京师后，众无所归。畋承制招谕，诸镇将校皆萃岐阳。畋分财以结其心，与之盟誓，期匡王室。”郑畋在凤翔抵挡黄巢，又传檄天下，使勤王之师四至，成为了僖宗在蜀的屏障。随田令孜入蜀的神策军数量很少，故田令孜在蜀地重新招募了神策新军。“时自蜀中护驾，令孜招募新军五十四都，都千人，左右神策各二十七都，分为五军，令孜总领其权。”田令孜在招募新军的同时又对神策军的机构进行了重大变革，将神策军的基础单位变为了是唐末时期一种新的军事结构，每都千人。较先采用这种形式的是宦官杨复光的军队。“时秦宗权叛岌，据蔡州。复光得忠武之师三千入蔡州，说宗权，稗同义举。宗权遣将王淑率众万人从复光收荆襄。次邓州，王淑逗留不进，复光斩之，并其军，分为八都。鹿晏弘、晋晖、李师泰、王建、韩建等，皆八都之大将也。”杨复光所建立的八都立有军功甚多，如击败朱温等，显示出强大的战斗力。田令孜在蜀地看到这种以子弟建军的模式有很强的战斗力，便效仿建立神策五十四都，用以加强自己的势力。田令孜在蜀地所建的神策五十四都就是后来的神策新军，神策新军的组织结构较以前有了很大变化，每都千人，分为左右，左右神策中尉各领二十七都，左右皆以五军统之。
中和三年（883年）杨复光在克复京城后卒于河中。他所建立的八都被神策军所吸收，成为神策新军中的“随驾五都”。《新唐书》之《田令孜传》：“复光部将鹿晏弘、王建等，以八都众二万取金、洋等州，进攻兴元，节度使牛项奔龙州，晏弘自为留后，以建及张造、韩建等为部刺史。帝还，惧见讨，引兵走许州。王建率义勇四军迎帝西县，复以建及韩建等主之，号‘随驾五都’。”田令孜讨伐王重荣失败后，僖宗再次出幸，护驾的正是王建等人。《通鉴》载：
“邠宁、凤翔兵追逼乘典，败神策指挥使杨晨于潘氏，枉鼓之声闻于行宫。田令孜奉上发宝鸡，留禁军守石鼻为后拒。置感义军于兴、凤二州，以杨最为节度使，守散关。时军民杂揉，锋摘纵横，以神策军使王建、晋晖为清道斩祈使，建以长剑五百前驱奋击，乘舆乃得前。上以传国宝授建使负之以从，登大散岭……三月以严遵美为内枢密使，遣王建帅部兵戍三泉，晋晖及神策使张造帅四都兵屯黑水，修栈道以通往来。”
田令孜失势后，杨复恭成为左神策军中尉。神策新军在其领导下保持了较高的效率和战斗力。神策军在杨复恭主政时，其多以假子担任都将、地方刺史，如杨守贞为龙剑节度使；杨守忠为洋州节度使；杨守信为玉山军使；杨守亮为金商节度使等。这时的神策新军对于在京瓷地区的动乱还是有一定的抑制力的。“六月，以扈跸都将杨守亮为金商节度、京歌制置使，将兵二万出金州，与王重荣、李克用共讨朱玫。”在此战中，保銮都将李挺，扈跸都将李茂贞在凤州击败邠州军，这加速了邠州军的分化，使王行瑜在光启三年正月反正诛杀了朱玫。同年六月，神策新军讨伐凤翔李昌符，后以李茂贞为凤翔节度使。
“天威都头杨守立与凤翔节度使李昌符争道，麾下相殴，帝命中使谕之，不止。是夕，宿卫皆严兵为备。己酉，昌符拥兵烧行宫，庚戌，复攻大安门。守立与昌符战于通衡，昌符兵败，帅麾下走保陇州。杜让能闻难，挺身步入侍。韦昭度质其家于军中，誓诛反贼，故军士力战而胜之。守立，复恭之假子也。壬子，以危驾都将、武定节度使李茂贞为陇州招讨使，以讨昌符。”
李晔继位后，由于杨复恭把持朝政，假子布于天下，李晔对其甚为猜忌，对神策军系统也加以分化。龙纪元年，李晔赐杨复恭假子杨守立李姓，改名李顺节。后又提升其为天武都头、领镇海节度使，后加同平章事。以李顺节对抗杨复恭，加以分化神策军内部。同时，李晔对禁军大肆扩充，其人数一度达到十万。但这些军士多为市贩，不能一战。后又借讨伐河东之名将神策军的统军权交由宰相张浚。“张浚帅诸军五十二都及邠、宁、郁、夏杂虏合五万人发京师，上御安喜楼饯之。”但此次出兵，战前换帅，张浚素与神策军毫无瓜葛。杨复恭手下的这批假子怎能为张浚所用，加上对手李克用沙陀jīng骑兵雄天下，故而王师大败，军队损失殆尽。
李晔对杨复恭的猜忌并未因神策军战败而减少。大顺二年，李晔出杨复恭为凤翔监军，杨复恭拒不领命请求致仕。他致仕后李晔认为其谋反，从而引发了神策军内部的火拼。
“乙酉，上御安喜门，陈兵自卫，命天威都将李顺节、神策军使李守节将兵攻其第。张绾帅家众拒战，守信引兵助之，顺节等不能克。丙戌，禁兵守含光门，俟其开，yù出掠两市，遇刘崇望，立马谕之曰：‘天子亲在街东督战，汝曹皆宿卫之士，当于楼前杀贼立功，勿贪小利，自取恶名。’众皆曰：从崇望而东。守信之众望见兵来，遂溃走。守信与复恭拿其族自通化门出，趣兴元，永安都头权安追之，擒张维，斩之。复恭至兴元，杨守亮、杨守忠、杨守贞及绵州刺史杨守厚同举兵拒朝廷，以讨李顺节为名。”
杨复恭出走后，李顺节又骄横过度，出入以兵相随。遭到了当时左右神策中尉刘季述和西门君遂的猜忌，二人将李顺节斩于银台门。其部下天威、捧rì、登封三都大掠永宁坊。景福元年三月，左神策军勇胜三都都指挥使杨子实、杨子迁、杨子钊三人均为杨守亮假子，其知杨守亮必败，遂率其众两万余人降于王建。同年四月，因李顺节的继任者贾德晨对李顺节的死颇有怨言，使得右军中尉西门君遂对其痛下杀手，贾德晨死后，天威军数千骑投奔李茂贞。
从大顺元年开始到景福元年仅三年时间，神策新军便遭受了讨伐河东之败王师损失殆尽；杨复恭致仕使得玉山军与其他神策军火并；天威军李顺节被杀，神策天威、捧rì、登封三都作乱；左神策勇胜三都投降王建；继任天威军都将贾德晨被杀，数千骑投奔凤翔。三年来，神策新军可谓是元气大伤。但李晔此时却要以神策军为主力讨伐李茂贞，这无疑是对神策军毁灭xìng的打击。
这次讨伐凤翔镇的大败，对于神策军来说是一次致命的打击。凤翔李茂贞、邠州王行瑜等看到zhōngyāng权势己荡然无存，其政治野心大大增强，yù行挟天子以令诸侯之事。遂有乾宁二年王行瑜、韩建要求割神策军镇于己之事；王行瑜、李茂贞领兵进京之举。进而发生的凤翔军与邠州军为争夺李晔而进行的战斗中，神策新军被打得措手不及，几乎没发挥作用便被击溃，只有捧rì和护跸二都前来护驾。故而李晔在重组禁军时将军权交由诸亲王手中。
李晔重组神策军并以亲王典军，可见李晔身边已无可信之人，但重组之军又败于李茂贞，仅余两万余人。李晔在此情形之下为华州韩建所欺，驻蹲华州。李晔在华州为韩建所迫，要求解散禁军。李晔此时却丧失了胆气，竟同意了韩建的要求。
“初，帝在石门，数遣嗣延王、通王将亲军，大选安圣、奉哀、保宁、安化四军，又置殿后军，合士二万。建恶卫兵强，不利己，与巨川谋，即上飞变，告八王yù胁帝幸河中，因请囚十六宅，选严师傅督教，尽散魔下兵。书再上，帝不得已，诏可。又废殿后军，且言‘无示天下不广’。诏留三十人为控鹤排马官，隶飞龙坊。自是天子爪牙尽矣。建初惧帝不听，以兵环宫，请诛定州行营将李筠。帝俱，斩筠，兵乃解。”
到了此时此景，李晔真正成了孤家寡人，身边要兵无一名亲卫禁军，唯一能征善战之李筠也被自己处死。神策新军的历史至此也告一段落，这也标志着神策军也即将告别历史舞台。
总的来说，历史上神策军自从天宝十三载（754年）哥舒翰在磨环川设立开始计算，到天复三年（903年）被正式废除，一共经历了149年的历史。在这一百多年的历史中，神策军走过了四个发展阶段，并且在发展的过程中与宦官势力紧密的联系起来，基本上与宦官集团的势力共荣共辱，直至最后的消亡。
第一阶段，神策军初立时期。
神策军最初设立只是一支普通的边军，与唐zhōngyāng没有密切的联系。而此时的宦官势力也只是刚刚开始崛起，对于唐朝的政治、经济和人事等各种权力基本还没有什么控制力。可以说，在这一阶段中，无论是神策军还是宦官集团的势力都处在草创期，而迎接他们的便是两者发展最大的机遇—安史之乱的到来。
第二阶段，神策军与宦官势力开始结合期，从安史之乱神策军中原赴难开始止于唐德宗兴元年间。
安史之乱的爆发对于神策军和宦官势力来说都是一次大的机遇。对于神策军来说，正因为有了安史之乱才得以从边地开进中原，而此时的宦官集团也由于唐肃宗的信任，势力迅速膨胀，在zhōngyāng开始出现了擅权的大宦官。也就是在此阶段，宦官势力开始与神策军相结合。宦官鱼朝恩以监军的方式出现在神策军中，意味着神策军与这位代宗时期的权阉有了实质xìng的联系，而且正因为凭借着与鱼朝恩的关系，神策军才能够进入zhōngyāng成为禁军。故而从神策军成为禁军的那一刻起，就己经深深的印上了宦官集团的烙印。
在这一阶段，由于宦官势力的支持神策军的发展可谓是及其迅速。通过鱼朝恩，神策军完成了从边军到地方藩镇，由藩镇成为zhōngyāng禁军进而再次出镇京西的三级跳式的发展。从战斗力层面看，此时的神策军均是身经百战的士兵，拥有很强的的战斗能力。但此时的神策军与宦官集团的联系还不是十分的牢固，