疵孛芟騬ì本疏通，后于1895年1月14rì正式派户部侍郎张荫恒、湖南巡抚邵友濂为全权大臣，并请美国国务卿科士达为调解人，赴rì求和。当时rì军正在猛攻威海卫，由于军事上的胜利，它的侵略胃口非常大，气焰极为嚣张，它觉得使清zhèngfǔ无条件投降的机会还未到来，因此借口“全权不足”，将清zhèngfǔ的这两位求和代表侮辱一番，驱逐回国。
rì本虽然在战场上连战连捷，但毕竟财力有限，战争带来的巨大消耗进一步加重了rì本民众的负担，自1894年底以来，rì本不少地方都爆发了农民暴动，社会动荡不安。所以rì本首相伊藤博文于2月2rì向清zhèngfǔ提出了和谈的要求。但rì方公开指定要李鸿章充当全权代表，并向清zhèngfǔ提出，必须以割地、赔款为“议和”条件，否则就无需派代表前往rì本。这时慈禧等人十分害怕战争继续下去，为了求得停战，决心不惜任何代价达成和议。于是1895年3月，赶忙按照rì本的旨意，改派李鸿章为头等全权大臣，带着美国前任国务卿科士达为顾问，前往rì本与rì本首相伊藤博文、外务大臣陆奥光宗进行谈判。3月20rì双方在chūn帆楼会见，正式开启了和谈。
在和谈的同时，rì军出动军队和军舰，攻占了台湾门户澎湖。4月17rì，李鸿章代表清zhèngfǔ与rì本签订丧权辱国的《马关条约》，条约中规定割让辽东半岛和台湾、澎湖给rì本，并赔偿rì本zhèngfǔ军费白银二万万两。
《马关条约》签定的当天晚上，清zhèngfǔ签约割台的消息就通过台北的外国洋行很快传遍全岛。台湾巡抚唐景崧立即发电清廷询问实情。第二天，群众齐聚台湾省巡抚衙门，台湾士绅、工部主事丘逢甲代表台湾民众起草了反对割台的电文：“和议割台，全台震骇。自闻jǐng以来，台民慨输饷械，不顾身家，无负朝廷。列圣深仁厚泽二百余年以养人心士气，正为我皇上今rì之用，何忍一旦弃之？全台非澎湖之比，何至不能一战？臣等桑梓之地，义与存亡，愿与抚臣誓死守御。设战而不胜，请俟臣等死后再言割地，皇上亦可以上对祖宗，下对百姓。如倭酋来收台湾，台民惟有开仗！”
4月19rì，朝廷复电台湾巡抚唐景崧，正式告诉他割台一事，并给他解释了割台的苦衷：“台湾虽重，比之京师则台为轻。倘敌人乘胜直攻大沽，则京师危在旦夕。台湾弧悬海外，终久不能据守。……不可因一时义愤，遂忘以前所陈种种患害于不顾也”
21rì，台北商民鸣锣罢市，拥入巡抚衙门，哭声震天。唐景崧电奏光绪皇上，请求保住台湾。他在电报中说：“祖宗缔造之艰，史册俱在，传至二百余年，失自皇上之手，天下后世，谓皇上为何君？他rì更何以见祖宗于地下？臣为祖宗守土，惟有与台为存亡，不敢奉皇上之诏。”
为了保全台湾，一些官绅希望依靠欧美列强向rì本施加压力，清廷先后向英、法、德提出将台湾归他们保护，但列强不愿与开罪rì本，都拒绝了。特别是德国zhèngfǔ斥责清廷是在鼓动台湾民变，破坏协定，向清廷提出jǐng告，如果中rì再开战，不仅台湾不能保，而且割地赔款会更多。李鸿章也认为，rì本方面态度强硬，如果收回台湾将导致重开战端，危及京畿和辽沈。已经被战争吓破胆的清廷反复权衡，最终决心放弃台湾。5月20rì，下令“署台湾巡抚布政使唐景崧，著即开缺来京陛见；其台省大小文武官员，并著饬令陆续内渡。”而李鸿章也专门向伊藤博文拍了电报，称“rì本自应派遣水陆各军，以资弹压，保持平安。”
清zhèngfǔ已经决定放弃台湾，但台湾的官绅百姓却不甘心就此成为rì本人的顺民，但今后该何去何从，上到名为最高军政长官的唐景崧，下至普通百姓，其实每个人的心里都没有什么底，也不知该如何处置。
唐景崧现在也是进退两难，布政使顾肇熙和台湾兵备道陈文騄已经借机逃回大陆，二、三把手的出逃更弄得岛内人心惶惶，大批官员也开始纷纷出逃。但他走不了，朝廷让他守在台湾办理交接，但这可能么？
而两江总督张之洞却给他拍了封电报，让他尽力守住台湾两、三个月，哪怕手中有一府一城之地，就能引起列强出兵干涉，最终rì本人不得不放弃台湾。而且法国人也表示愿意租借台湾之地，又让他心底燃起一丝希望。
经过一番商议，陈季同向唐景崧提出拯救台湾的新计划：仿照西方惯例，宣布台湾自主，成立一个临时抗rì政权，由义军和和守台清军联合作战，领导台湾军民抗rì保台。这样就能够名正言顺地进行抵抗，又免得将清zhèngfǔ牵扯进来，同时还可以争取到列强的支持。
在台湾一些留台官员和台湾绅商的支持下，5月25rì，台湾民Z主国正式成立。台湾绅商林维源、林朝栋、丘逢甲等人共推唐景崧为民Z国总统，以台湾巡抚署为总统府；改国号为“水清”，寓永远隶于清朝之意。
这一天，台北绅民数千人，在丘逢甲等人的带领下，在唐景崧的衙门前，举行台湾民Z国总统就职典礼。唐景崧从内衙走出，先向běijīng行九叩大礼，然后转身南向，接受丘逢甲和台北民众的两跪六叩大礼，并接过了丘逢甲献上的国玺和总统大印。这时，炮台上升起了台湾民Z国国旗，井鸣礼炮11响，在台的外**舰和船只也升旗鸣炮表示祝贺。
随后唐景崧宣布台湾民Z国的内阁任命台北时期zhèngfǔ组织：
大总统：唐景崧，军务大臣：李秉瑞，内务大臣：俞明震，外务大臣：陈季同，义军总兵：李惟义，团练指挥使：丘逢甲，游说使：姚文栋，议长：林维源，台中镇守使：林朝栋，台南镇守使：刘永福。
台湾总统唐景崧当天向清廷电告此事，并称自己不情愿当这个总统的，是被台民强留下来的，等台湾事稍定，如果能够脱身，一定赴京请罪。
由台湾人自发组织的抵抗战争就此开始。
1895年5月10rì，即烟台换约后的第二天，rì本zhèngfǔ为以武力割占台湾，下了一道命令：“兹将海军军令部部长桦山资纪晋升为大将，任命其为台湾总督兼军务司令官，即rì赴台。”
5月13rì上午，rì本zhèngfǔ从东京致电美国驻běijīng公使田贝并转给清zhèngfǔ，要求派员去台湾办理交割手续。其电文如下：“rì本朝廷业已派水师提督子爵桦山资纪作为台湾、澎湖等岛巡抚，并授以钦差大臣之职，准其按照马关所立条约之第五款末节办理一切事宜。该抚约于两礼拜之内赴任。抵任时，即行办理特委事件。rì本zhèngfǔ即希中国zhèngfǔ立派钦差大臣一员或数员进行交割。
给事中谢隽杭上奏，指名要李鸿章父子亲赴台湾交割。谢隽杭的奏折这样写道：“此事即系李鸿章、李经方主谋，岂有功届垂成，反自逍遥事外之理？且该大臣等即能定割地请和之策，自必具有用夷变夏之才。请旨饬派李鸿章、李经方等迅速亲赴台湾，依限交割。”军机处认为谢隽杭的奏折极有道理，反正你们父子惹下的麻烦，屁股还得你们自己擦，总不能让别人再背上“卖国”的骂名吧，反正你们父子怎么也洗不脱“卖国贼”的名声了。
5月18rì朝廷将谕旨电寄李经方：“著派二品顶戴前出使大臣李经方前往台湾，与rì本派出大臣商办事件。钦此。”李经方接到这个谕旨大吃一惊，心想如果此次去台湾，非但事情难办妥，而且恐怕连xìng命也会不保，还是装病不去为妙，便请父代奏请个病假。
李鸿章写了一个奏折，致电běijīng说：“李经方自马关随同回津后，因忧劳成疾，回南方就医。商交台湾事体繁重，似未便令对情形隔膜、资浅望轻之员搪塞外人，必至贻误。李经方实不胜任，请旨收回成命，另行简派。”
然而，李鸿章非但代奏无效，还吃到一番训斥。光绪帝下谕旨说道：“李鸿章身膺重任，当将此事妥筹结局，岂得置身事外？现倭使将次到台，仍著李经方迅速前往，毋得畏难退避。倘因迁延贻误，唯李经方是问！李鸿章也不能辞其咎！钦此。”
李鸿章读毕这个上谕，深知严旨不可违抗，便一面上奏朝廷，要求命科士达同往襄助；一面打电报给在上海的儿子说：“赴台交割之事万难辞退，俟各员到齐后刻rì前往。”这两份电报发出后，想到如李经方如果登上台湾岛，非得给人活活打死不可，李鸿章为其子的安全计，想出一个在澎湖交割的办法。当天又给伊藤博文发了一份电报，全文如下：“台湾主权已经交给rì本，rì本自应派遣水陆各军以资弹压，保守平安。李经方拟即前往澎湖，与rì本特派大员会晤。”
伊藤博文收到李鸿章的电报，读后知道中国大员是害怕去台湾有危险，便想出一个办法，让中国大员先来长崎，然后乘rì本船一同到台湾。5月22rì，伊藤的复电到天津，其中说：“如中国特派大员先来长崎，带同rì本国家船只前往，以资护卫，更为稳妥。”
李鸿章认为这个办法虽能确保安全，但会招致议论，本来自己被看做倭党，如果这样做，更要被骂为卖国贼了。他想来想去，最后想出一个办法——在台湾海口会晤。23rì李鸿章的办法得到朝廷的批准。
5月30rì，李经方偕道员马建忠，顾问科士达，外文翻译伍光建，rì文翻译卢永铭、陶大均，文官张柳、黄正，武官吕文经、高轩chūn等，还有jǐng卫40名，登上德国商船“公义”号，从上海启航。6月1rì凌晨“公义”号驶抵淡水海面，由rì舰“千代田”号护送至基隆以东海面的三貂澳附近，在rì本大员乘坐的“横滨丸”右舷抛锚。是rì下午4时30分，李经方派陶大均前往“横滨丸”，告知中国特派大员到达，并商定会商时间。
6月2rì上午，李经方带领rì文翻译卢永铭、陶大均坐小船登上“横滨丸”。桦山资纪等人亲自在甲板上迎接，然后引其进入专门准备好的舱室内。
待双方落座，桦山资纪便开口说道：“我这次奉命来台，以为和约批准，交接十分容易，不料到淡水后派小兵轮进口，清兵开炮阻挡。因而转道基隆，又遭清兵炮击，不得已暂泊三貂澳。不得已只能采用武力，现在我国陆军1万多人已经开始登陆，数rì内即可攻取基隆。”
李经方说道：“我奉命来此与阁下办理台湾交接事宜，究竟如何处置，还先听听贵方的要求。”
桦山资纪看了一眼李经方：“那等我军攻克基隆，大家再一起去台北办理交接事宜。”
李经方怎么也不肯亲自登岸，于是双方讨价半天，他在“横滨丸”上匆匆与桦山资纪办理了交割手续，当夜就乘“公义”号客船返回，宝岛台湾就这样被满清zhèngfǔ轻率地舍弃掉了。
5月29rì，rì本近卫师团避开台湾防守严密的基隆、淡水等地，并炮击金包里附近海岸，造成将要登陆的假象，突然袭击了位于基隆东北的偏僻渔村澳底。澳底附近只有清军两营人马，而且大多是唐景崧刚刚从广东招募不久的“广勇”，根本没有经过什么训练，双方刚一接触，清军立即溃散，rì军在澳底顺利登陆。
随即rì军即越过三貂岭，直扑基隆侧后。
经过rì军海陆军数rì围攻，6月3rì，防卫严密的基隆要塞随即失陷，rì军转而向台北北部的狮球岭进攻。
林朝栋闻听台北告急，立即率栋军五营前往增援。
6月4rì，清军溃兵逃入台北，唐景崧等人逃往淡水，清军溃兵将藩库抢劫一空，随后在街头任意劫掠，并纵火烧毁藩库和总统府衙。
6rì，唐景崧等人乘外轮逃往厦门，9rì，丘逢甲下令解散台勇，匆忙内渡广东，刚刚成立的台湾mínzhǔ国主要官员一逃而空。
台北数rì内即告失守，形势急转直下。
林朝栋带兵行至新竹，即接到台北失守的消息，感到大势已去，不禁仰天长叹：“吾尽力守台，朝廷未必容我，若拼死奋勇杀敌，倭人必视我族人如仇寇，何必如此！”遂给属下支付了所带饷银，后连夜带着一营亲兵乘船返回厦门。
三、张謇
由于乙未战争的原因，作为世界樟脑主产地的台湾生产几乎停止，造成樟脑价格的暴涨，原本在台湾一担只卖十六两白银的樟脑在香港市场上涨到了一百四十多两，到了九月初，林铄将手中囤积的三万多担樟脑处理完之后，台湾的形势已经一发不可收拾。
虽然自己手中的资产暴增到了四百多万两白银，可是林铄并不觉得怎么开心，彰化沦陷的消息还是让他觉得十分失落。
此时正好原来台湾按察使陈仅如从台湾内渡时将隶属台湾商务局“驾时”、“斯美”等四艘轮船驶回厦门，林朝栋出面，从陈季同手上暂借了两艘客轮，其后又在厦门的德国宝记洋行雇了两艘轮船，这些商船挂着德国国旗赶到梧栖，从台湾陆续接回了大约7000多名愿随林家内渡的义勇。rì本人也默许了林家的行动，对他们来说少一些乱民对他们维持台湾的统治很有好处，当然前提是得交出手上的武器。
但这些人的安置成了大问题，林朝栋找到了赋闲在家的刘铭传，重病之中的刘铭传写了封信请已经回任两江的刘坤一加以照顾。在刘坤一的支持下，栋军得以重建，编制为五营，其余数千被裁汰人员刘坤一特准林家在两江购置山林荒地进行垦植。
光绪二十三年二月，两江总督刘坤一在南京总督署衙西花厅内召见从台湾撤回的栋军统领林朝栋。
“请坐吧！”在林朝栋行过礼后，刘坤一说道，由于腿脚不好，他斜靠在一张长榻上面，其长子刘能纪则侍立在身后。
“是！”林朝栋后退一步，依旧恭敬地站在那，他也从来没见过大过巡抚的官儿，老头子很客气，这反而让他觉得有点手足无措。
“坐下来才好多说会儿话，你是省三临终前托付过来的，今后也算是老夫的人，不必这么拘束！”刘坤一拿着一根竹筒做的水烟杆咕噜噜地吸了两口，随后说道。
“是！”林朝栋这才小心地坐在一旁一张红木