贼分其党摇天动别为一营，而合八营二十余万众，分屯桐城之练潭、石井、陶冲。总兵官牟文绶、刘良佐击败之挂车河。
当是时，陕寇聚漳、宁，分犯岷、洮、秦、楚、应、皖，群盗遍野。总理卢象升既改督宣、大，代以王家祯，祖宽关外兵亦北归。未几，上复以熊文灿代家祯，专抚贼。贼益狂逞，盘牙江北，南都震惊。七月擢可法右佥都御史，巡抚安庆、庐州、太平、池州四府，及河南之光州、光山、固始、罗田，湖广之蕲州、广济、黄梅，江西之德化、湖口诸县，提督军务，设额兵万人。贼已东陷和州、含山、定远、六合，犯天长、盱眙，趋河南。可法奏免被灾田租。冬，部将汪云凤败贼潜山，京军复连破老回回舒城、庐江，贼遁入山。时监军佥事汤开远善击贼，可法东西驰御，贼稍稍避其锋。十一年夏，以平贼逾期，戴罪立功。
可法短小精悍，面黑，目烁烁有光。廉信，与下均劳苦。军行，士不饱不先食，未授衣不先御，以故得士死力。连败贼英山、六合，顺天王乞降。十二年夏，丁外艰去。服阕，起户部右侍郎兼右佥都御史。代硃大典总督漕运，巡抚凤阳、淮安、扬州，劾罢督粮道三人，增设漕储道一人，大浚南河，漕政大厘。拜南京兵部尚书，参赞机务。因武备久弛，奏行更新八事。
十七年四月朔，闻贼犯阙，誓师勤王。渡江抵浦口，闻北都既陷，缟衣发丧。会南都议立君，张慎言、吕大器、姜曰广等曰：“福王由崧，神宗孙也，伦序当立，而有七不可：贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司也。潞王常讠芳，神宗侄也，贤明当立。”移牒可法，可法亦以为然。凤阳总督马士英潜与阮大铖计议，主立福王，咨可法，可法以七不可告之。而士英已与黄得功、刘良佐、刘泽清、高杰发兵送福王至仪真，于是可法等迎王。五月朔，王谒孝陵、奉先殿，出居内守备府。群臣入朝，王色赧欲避。可法曰：“王毋避，宜正受。”既朝，议战守。可法曰：“王宜素服郊次，发师北征，示天下以必报仇之义。”王唯唯。明日再朝，出议监国事。张慎言曰：“国虚无人，可遂即大位。”可法曰：“太子存亡未卜，倘南来若何？”诚意伯刘孔昭曰：“今日既定，谁敢复更？”可法曰：“徐之。”乃退。又明日，王监国，廷推阁臣，众举可法、高弘图、姜曰广。孔昭攘臂欲并列，众以本朝无勋臣入阁例，遏之。孔昭勃然曰：“即我不可，马士英何不可？”乃并推士英。又议起废，推郑三俊、刘宗周、徐石麒。孔昭举大铖，可法曰：“先帝钦定逆案，毋复言。”越二日，拜可法礼部尚书兼东阁大学士，与士英、弘图并命。可法仍掌兵部事，士英仍督师凤阳。乃定京营制，如北都故事，侍卫及锦衣卫诸军，悉入伍操练。锦衣东西两司房，及南北两镇抚司官，不备设，以杜告密，安人心。
当是时，士英旦夕冀入相。及命下，大怒，以可法七不可书奏之王。而拥兵入觐，拜表即行。可法遂请督师，出镇淮、扬。十五日，王即位。明日，可法陛辞，加太子太保，改兵部尚书、武英殿大学士。士英即以是日入直，议分江北为四镇。东平伯刘泽清辖淮、海，驻淮北，经理山东一路。总兵官高杰辖徐、泗，驻泗水，经理开、归一路。总兵官刘良佐辖凤、寿，驻临淮，经理陈、杞一路。靖南伯黄得功辖滁、和，驻庐州，经理光、固一路。可法启行，即遣使访大行帝后梓宫及太子二王所在，奉命祭告凤、泗二陵。
可法去，士英、孔昭辈益无所惮。孔昭以慎言举吴┑钌希蔚吨鹕餮浴？煞ǔ凼杞猓渍炎涠螽‘不用。可法祭二陵毕，上疏曰：“陛下践阼初，祗谒孝陵，哭泣尽哀，道路感动。若躬谒二陵，亲见泗、凤蒿莱满目，鸡犬无声，当益悲愤。愿慎终如始，处深宫广厦，则思东北诸陵魂魄之未安；享玉食大庖，则思东北诸陵麦饭之无展；膺图受箓，则念先帝之集木驭朽，何以忽遘危亡；早朝晏罢，则念先帝之克俭克勤，何以卒隳大业。战兢惕厉，无时怠荒，二祖列宗将默佑中兴。若晏处东南，不思远略，贤奸无辨，威断不灵，老成投簪，豪杰裹足，祖宗怨恫，天命潜移，东南一隅未可保也。”王嘉答之。
得功、泽清、杰争欲驻扬州。杰先至，大杀掠，尸横野。城中恟惧，登陴守，杰攻之浃月。泽清亦大掠淮上。临淮不纳良佐军，亦被攻。朝命可法往解，得功、良佐、泽清皆听命。乃诣杰。杰素惮可法，可法来，杰夜掘坎十百，埋暴骸。旦日朝可法帐中，辞色俱变，汗浃背。可法坦怀待之，接偏裨以温语，杰大喜过望。然杰亦自是易可法，用己甲士防卫，文檄必取视而后行。可法夷然为具疏，屯其众于瓜洲，杰又大喜。杰去，扬州以安，可法乃开府扬州。
六月，大清兵击败贼李自成，自成弃京师西走。青州诸郡县争杀伪官，据城自保。可法请颁监国、登极二诏，慰山东、河北军民心。开礼贤馆，招四方才智，以监纪推官应廷吉领其事。八月出巡淮安，阅泽清士马。返扬州，请饷为进取资。士英靳不发，可法疏趣之。因言：“迩者人才日耗，仕途日淆，由名心胜而实意不修，议论多而成功少。今事势更非昔比，必专主讨贼复仇。舍筹兵筹饷无议论，舍治兵治饷无人才。有摭拾浮谈、巧营华要者，罚无赦！”王优诏答之。
初，可法虞杰跋扈，驻得功仪真防之。九月朔，得功、杰构兵，曲在杰。赖可法调剂，事得解。北都降贼诸臣南还，可法言：“诸臣原籍北土者，宜令赴吏、兵二部录用，否则恐绝其南归之心。”又言：“北都之变，凡属臣子皆有罪。在北者应从死，岂在南者非人臣？即臣可法谬典南枢，臣士英叨任凤督，未能悉东南甲疾趋北援，镇臣泽清、杰以兵力不支，折而南走。是首应重论者，臣等罪也。乃因圣明继统，钅未钺未加，恩荣叠被。而独于在北诸臣毛举而概绳之，岂散秩闲曹，责反重于南枢、凤督哉。宜摘罪状显著者，重惩示儆。若伪命未污，身被刑辱，可置勿问。其逃避北方、俳徊而后至者，许戴罪讨贼，赴臣军前酌用。”廷议并从之。
杰居扬州，桀骜甚。可法开诚布公，导以君臣大义。杰大感悟，奉约束。十月，杰帅师北征。可法赴清江浦，遣官屯田开封，为经略中原计。诸镇分汛地，自王家营而北至宿迁，最冲要，可法自任之，筑垒缘河南岸。十一月四日，舟次鹤镇，谍报我大清兵入宿迁。可法进至白洋河，令总兵官刘肇基往援。大清兵还攻邳州，肇基复援之，相持半月而解。
时自成既走陕西，犹未灭，可法请颁讨贼诏书，言：
自三月以来，大仇在目，一矢未加。昔晋之东也，其君臣日图中原，而仅保江左；宋之南也，其君臣尽力楚、蜀，而仅保临安。盖偏安者，恢复之退步，未有志在偏安，而遽能自立者也。大变之初，黔黎洒泣，绅士悲哀，犹有朝气。今则兵骄饷绌，文恬武嬉，顿成暮气矣。河上之防，百未经理，人心不肃，威令不行。复仇之师不闻及关、陕，讨贼之诏不闻达燕、齐。君父之仇，置诸膜外。夫我即卑宫菲食，尝胆卧薪，聚才智精神，枕戈待旦，合方州物力，破釜沉舟，尚虞无救。以臣观庙堂谋画，百执事经营，殊未尽然。夫将所以能克敌者，气也；君所以能御将者，志也。庙堂志不奋，则行间气不鼓。夏少康不忘出窦之辱，汉光武不忘爇薪之时。臣愿陛下为少康、光武，不愿左右在位，仅以晋元、宋高之说进也。
先皇帝死于贼，恭皇帝亦死于贼，此千古未有之痛也。在北诸臣，死节者无多；在南诸臣，讨贼者复少。此千古未有之耻也。庶民之家，父兄被杀，尚思穴胸断豆，得而甘心，况在朝廷，顾可漠置。臣愿陛下速发讨贼之诏，责臣与诸镇悉简精锐，直指秦关，悬上爵以待有功，假便宜而责成效，丝纶之布，痛切淋漓，庶海内忠臣义士，闻而感愤也。
国家遘此大变，陛下嗣登大宝，与先朝不同。诸臣但有罪之当诛，曾无功之足录。今恩外加恩未已，武臣腰玉，名器滥觞。自后宜慎重，务以爵禄待有功，庶猛将武夫有所激厉。兵行最苦无粮，搜括既不可行，劝输亦难为继。请将不急之工程，可已之繁费，朝夕之燕衎，左右之进献，一切报罢。即事关典礼，亦宜概从节省。盖贼一日未灭，即有深宫曲房，锦衣玉食，岂能安享！必刻刻在复仇雪耻，振举朝之精神，萃万方之物力，尽并于送将练兵一事，庶人心可鼓，天意可回。
可法每缮疏，循环讽诵，声泪俱下，闻者无不感泣。
比大清兵已下邳、宿，可法飞章报。士英谓人曰：“渠欲叙防河将士功耳。”慢弗省。而诸镇逡巡无进师意，且数相攻。明年，是为大清顺治之二年，正月，饷缺，诸军皆饥。顷之，河上告警。诏良佐、得功率师扼颍、寿，杰进兵归、徐。杰至睢州，为许定国所杀。部下兵大乱，屠睢旁近二百里殆尽。变闻，可法流涕顿足叹曰：“中原不可为矣。”遂如徐州，以总兵李本身为提督，统杰兵。本身者，杰甥也。以胡茂顺为督师中军，李成栋为徐州总兵，诸将各分地，又立杰子元爵为世子，请恤于朝。军乃定。杰军既还，于是大梁以南皆不守。土英忌可法威名，加故中允卫胤文兵部右侍郎，总督兴平军，以夺可法权。胤文，杰同乡也，陷贼南还，杰请为己监军。杰死，胤文承士英旨，疏诮可法。士英喜，故有是命，驻扬州。二月，可法还扬州。未至，得功来袭兴平军，城中大惧。可法遣官讲解。乃引去。
时大兵已取山东、河南北，逼淮南。四月朔，可法移军驻泗州，护祖陵。将行，左良玉称兵犯阙，召可法入援。渡江抵燕子矶，得功已败良玉军。可法乃趋天长，檄诸将救盱眙。俄报盱眙已降大清，泗州援将侯方岩全军没。可法一日夜奔还扬州。讹传定国兵将至，歼高氏部曲。城中人悉斩关出，舟楫一空。可法檄各镇兵，无一至者。二十日，大清兵大至，屯班竹园。明日，总兵李栖凤、监军副使高岐凤拔营出降，城中势益单。诸文武分陴拒守。旧城西门险要，可法自守之。作书寄母妻，且曰：“死葬我高皇帝陵侧。”越二日，大清兵薄城下，砲击城西北隅，城遂破。可法自刎不殊，一参将拥可法出小东门，遂被执。可法大呼曰：“我史督师也。”遂杀之。扬州知府任民育，同知曲从直、王缵爵，江都知县周志畏、罗伏龙，两淮盐运使杨振熙，监饷知县吴道正，江都县丞王志端，赏功副将汪思诚，幕客卢渭等皆死。
可法初以定策功加少保兼太子太保，以太后至加少傅兼太子太傅，叙江北战功加少师兼太子太师，擒剧盗程继孔功加太傅，皆力辞，不允。后以宫殿成，加太师，力辞，乃允。可法为督师，行不张盖，食不重味，夏不箑，冬不裘，寝不解衣。年四十余，无子，其妻欲置妾。太息曰：“王事方殷，敢为儿女计乎！”岁除遣文牒，至夜半，倦索酒。庖人报殽肉已分给将士，无可佐者，乃取盐鼓下之。可法素善饮，数斗不乱，在军中绝饮。是夕，进数十觥，思先帝，泫然泪下，凭几卧。比明，将士集辕门外，门不启，左右遥语其故。知府民育曰：“相公此夕卧，不易得也。”命鼓人仍击四鼓，戒左右毋惊相公。须臾，可法寤，闻鼓声，大怒曰：“谁犯吾令！”将士述民育意，乃获免。尝孑处铃阁或舟中，有言宜警备者，曰：“命在天。”可法死，觅其遗骸。天暑，众尸蒸变，不可辩识。逾年，家人举袍笏招魂，葬于扬州郭外之梅花领。其后四方弄兵者，多假其名号以行，故时谓可法不死云。
可法无子，遗命以副将史德威为之后。有弟可程，崇祯十六年进士。擢庶吉士。京师陷，降贼。贼败，南归，可法请置之理。王以可法故，令养母。可程遂居南京，后流寓宜兴，阅四十年而卒。
任民育，字时泽，济宁人。天启中乡举，善骑射。真定巡抚徐标请于朝，用为赞画，理屯事。真定失，南还。福王时，授亳州知州。以才擢扬州知府，可法倚之。城破，绯衣端坐堂上，遂见杀，阖家男妇尽赴井死。
从直，辽东人，与其子死东门。缵爵，鄞人，工部尚书佐孙。志畏，亦鄞人，进士，年少好气，数遭杰将士窘辱，求解职。会伏龙至，可法命代之。伏龙，新喻人。故梓潼知县，受代甫三日。振熙，临海人。道正，余姚人。志端，孝丰人。思诚，字纯一，贵池人。
渭，字渭生，长洲诸生，可法出镇淮、扬，谓等伏阙上书，言：“秦桧在内，李纲居外，宋终北辕。”不纳。居礼贤馆久，可法才渭。渭方岁贡，当得官，不受职，而拟授昆山归昭等二十余人为通判、推官、知县。甫二旬，城陷，渭监守钞关，投于河。昭死西门，从死者十七人。
时同守城死者，又有遵义知府何刚、庶吉士吴尔壎。而扬州诸生殉养者，有高孝缵、王士琇、王缵、王绩、王续等。又有武生戴之籓、医者陈天拔、画士陆愉、义兵张有德、市民冯应昌、舟子徐某，并自尽。他妇女死节者，不可胜纪。
何刚，字悫人，上海人。崇祯三年举于乡。见海内大乱，慨然有济世之志。交天下豪俊，与东阳许都善，语之曰：“子所居天下精兵处，盍练一旅以待用。”都诺而去。
十七年正月，入都上书，言：“国家设制科，立资格，以约束天下豪杰。此所以弭乱，非所以戡乱也。今日救生民，匡君国，莫急于治兵。陛下诚简强壮英敏之士，命知兵大臣教习之，讲韬钤，练筋骨，拓胆智，时召而试之。学成优其秩，寄以兵柄，必能建奇功。臣读戚继光书，继光数言义乌、东阳兵可用。诚得召募数千，加之训练，准继光遗法，分布河南郡县，大寇可平。”因荐都及钱塘进士姚奇胤、桐城诸生周岐、陕西诸生刘湘客、绛州举人韩霖。帝壮其言，即擢刚职方主事，募兵金华。而都作乱已前死，霖亦为贼用，刚不知，故并荐之。