二十一年五月，恒雨。漕河泛溢，溃济宁及淮河诸堤岸。总河尚书舒应龙议：筑堽城坝，遏汶水之南，开马踏湖月河口，导汶水之北。开通济闸，放月河土坝以杀汹涌之势。从其奏。数年之间，会通上下无阻，而黄、淮并涨，高堰及高邮堤数决害漕。应龙卒罢去。建议者纷纷，未有所定。
杨一魁代应龙为总河尚书，力主分黄导淮。治逾年，工将竣，又请决湖水以疏漕渠，言：“高、宝诸湖本沃壤也，自淮、黄逆壅，遂成昏垫。今入江入海之路即浚，宜开治泾河、子婴沟、金湾河诸闸及瓜、仪二闸，大放湖水，就湖疏渠，与高、宝月河相接。既避运道风波之险，而水涸成田，给民耕种，渐议起科，可充河费。”命如议行。时下流既疏，淮水渐帖，而河方决黄堌口。督漕都御史褚鈇恐泄太多，徐、邳淤阻，力请塞之。一魁持不可，浚两河口至小浮桥故道以通漕。然河大势南徙，二洪漕屡涸，复大挑黄堌下之李吉口，挽黄以济之，非久辄淤。
一魁入掌部事。二十六年，刘东星继之，守一魁旧议，李吉口淤益高。岁冬月，即其地开一小河，春夏引水入徐州，如是者三年，大抵至秋即淤。乃复开赵家圈以接黄，开泇河以济运。赵家圈旋淤，泇河未复，而东星卒。於是凤阳巡抚都御史李三才建议自镇口闸至磨儿庄仿闸河制，三十里一闸，凡建六闸於河中，节宣汶、济之水，聊以通漕。漕舟至京，不复能如期矣。东星在事，开邵伯月河，长十八里，阔十八丈有奇，以避湖险。又开界首月河，长千八百馀丈。各建金门石闸二，漕舟利焉。
三十二年，总河侍郎李化龙始大开泇河，自直河至李家港二百六十馀里，尽避黄河之险。化龙忧去，总河侍郎曹时聘终其事，疏叙泇河之功，言：“舒应龙创开韩家庄以泄湖水，而路始通。刘东星大开良城、侯家庄以试行运，而路渐广。李化龙上开李家港，凿都水石，下开直河口，挑田家庄，殚力经营，行运过半，而路始开，故臣得接踵告竣。”因条上善后六事，运道由此大通。其后每年三月开泇河坝，由直河口进，九月开召公坝入黄河，粮艘及官民船悉以为准。
四十四年，巡漕御史硃堦请修复泉湖，言：“宋礼筑坝戴村，夺二汶入海之路，灌以成河，复导洙、泗、洸、沂诸水以佐之。汶虽率众流出全力以奉漕，然行远而竭，已自难支。至南旺，又分其四以南迎淮，六以北赴卫，力分益薄。况此水夏秋则涨，冬春而涸，无雨即夏秋亦涸。礼逆虑其不可恃，乃於沿河昭阳、南旺、马踏、蜀山、安山诸湖设立斗门，名曰水柜。漕河水涨，则潴其溢出者於湖，水消则决而注之漕。积泄有法，盗决有罪，故旱涝恃以无恐。及岁久禁驰，湖浅可耕，多为势豪所占，昭阳一湖已作籓田。比来山东半年不雨，泉欲断流，按图而索水柜，茫无知者。乞敕河臣清核，亟筑堤坝斗门以广蓄储。”帝从其请。
方议浚泉湖，而河决徐州狼矢沟，由蛤鳗诸湖入泇河，出直口，运船迎溜艰险。督漕侍郎陈荐开武河等口，泄水平溜。后二年，决口长淤沙，河始复故道。总河侍郎王佐加筑月坝以障之。至泰昌元年冬，佐言：“诸湖水柜已复，安山湖且复五十五里，诚可利漕。请以水柜之废兴为河官殿最。”从之。
天启元年，淮、黄涨溢，决里河王公祠，淮安知府宋统殷、山阳知县练国事力塞之。三年秋，外河复决数口，寻塞。是年冬，浚永济新河。自凌云翼开是河，未几而闭。总河都御史刘士忠尝开坝以济运，已复塞。而淮安正河三十年未浚。故议先挑新河，通运船回空，乃浚正河，自许家闸至惠济祠长千四百馀丈，复建通济月河小闸，运船皆由正河，新河复闭。时王家集、磨儿庄湍溜日甚，漕储参政硃国盛谋改浚一河以为漕计，令同知宋士中自泇口迤东抵宿迁陈沟口，复氵斥骆马湖，上至马颊河，往回相度。乃议开马家洲，且疏马颊河口淤塞，上接氵加流，下避刘口之险，又疏三汊河流沙十三里，开滔庄河百馀丈，浚深小河二十里，开王能庄二十里，以通骆马湖口，筑塞张家等沟数十道，束水归漕。计河五十七里，名通济新河。五年四月，工成，运道从新河，无刘口、磨儿庄诸险之患。明年，总河侍郎李从心开陈沟地十里，以竟前工。
崇祯二年，淮安苏家嘴、新沟大坝并决，没山、盐、高、泰民田。五年，又决建义北坝。总河尚书硃光祚浚骆马湖，避河险十三处，名顺济河。六年，良城至徐塘淤为平陆，漕运愆期，夺光祚官，刘荣嗣继之。
八年，骆马湖淤阻，荣嗣开河徐、宿，引注黄水，被劾，得重罪。侍郎周鼎继之，乃专力于泇河，浚麦河支河，筑王母山前后坝、胜阳山东堤、马蹄厓十字河拦水壩，挑良城闸抵徐塘口六千馀丈。九年夏，泇河复通，由宿迁陈沟口合大河。鼎又修高家堰及新沟漾田营堤，增筑天妃闸石工，去南旺湖彭口沙礓，浚刘吕庄至黄林庄百六十里。而是时黄、淮涨溢日甚，倒灌害漕。鼎在事五年，卒以运阻削职。继之者侍郎张国维，甫莅任，即以漕涸被责。
十四年，国维言：“济宁运道自枣林闸溯师家庄、仲家浅二闸，岁患淤浅，每引泗河由鲁桥入运以济之。伏秋水长，足资利涉。而挟沙注河，水退沙积，利害参半。旁自白马河汇邹县诸泉，与泗合流而出鲁桥，力弱不能敌泗，河身半淤，不为漕用。然其上源宽处正与仲家浅闸相对，导令由此入运，较鲁桥高下悬殊，且易细流为洪流，又减沙渗之患，而济仲家浅及师庄、枣林，有三便。”又言：“南旺水本地脊，惟藉泰安、新泰、莱芜、宁阳、汶上、东平、平阴、肥城八州县泉源，由汶入运，故运河得通。今东平、平阴、肥城淤沙中断，请亟浚之。”复上疏运六策：一复安山湖水柜以济北闸，一改挑沧浪河从万年仓出口以利四闸，一展浚汶河、陶河上源以济邳派，一改道沂河出徐塘口以并利邳、宿，其二即开三州县淤沙及改挑白马湖也。皆命酌行。国维又浚淮、扬漕河三百馀里。当是时，河臣竭力补苴，南河稍宁，北河数浅阻。而河南守臣壅黄河以灌贼。河大决开封，下流日淤，河事益坏，未几而明亡矣。
张廷玉》明史》志第六十二 河渠四
志第六十二 河渠四
○运河下 海运
江南运河，自杭州北郭务至谢村北，为十二里洋，为塘栖，德清之水入之。逾北陆桥入崇德界，过松老抵高新桥，海盐支河通之。绕崇德城南，转东北，至小高阳桥东，过石门塘，折而东，为王湾。至皁林，水深者及丈。过永新，入秀水界，逾陡门镇，北为分乡铺，稍东为绣塔。北由嘉兴城西转而北，出杉青三闸，至王江泾镇，松江运艘自东来会之。北为平望驿，东通莺脰湖，湖州运艘自西出新兴桥会之。北至松陵驿，由吴江至三里桥，北有震泽，南有黄天荡，水势澎湃，夹浦桥屡建。北经苏州城东鲇鱼口，水由ＢＣ塘入之。北至枫桥，由射渎经浒墅1111关，过白鹤铺，长洲、无锡两邑之界也。锡山驿水仅浮瓦砾。过黄埠，至洛社桥，江阴九里河之水通之。西北为常州，漕河旧贯城，入东水门，由西水门出。嘉靖末防倭，改从南城壕。江阴，顺塘河水由城东通丁堰，沙子湖在其西南，宜兴钟溪之水入之。又西，直渎水入之，又西为奔牛、吕城二闸，常、镇界其中，皆有月河以佐节宣，后并废。其南为金坛河，溧阳、高淳之水出焉。丹阳南二十里为陵口，北二十五里为黄泥坝，旧皆置闸。练湖水高漕河数丈，一由三思桥，一由仁智桥，皆入运。北过丹徒镇有猪婆滩，多软沙。丹徒以上运道，视江潮为盈涸。过镇江，出京口闸，闸外沙堵延袤二十丈，可藏舟避风，由此浮於江，与瓜步对。自北郭至京口首尾八百馀里，皆平流。历嘉而苏，众水所聚，至常州以西，地渐高仰，水浅易泄，盈涸不恒，时浚时壅，往往兼取孟渎、德胜两河，东浮大江，以达扬泰。
洪武二十六年尝命崇山侯李新开溧水胭脂河，以通浙漕，免丹阳输挽及大江风涛之险。而三吴之粟，必由常、镇。三十一年浚奔牛、吕城二坝河道。
永乐间，修练湖堤。即命通政张琏发民丁十万，浚常州孟渎河，又浚兰陵沟，北至孟渎河闸，六千馀丈，南至奔牛镇，千二百馀丈。已，复浚镇江京口、新港及甘露三港，以达於江。漕舟自奔牛溯京口，水涸则改从孟渎右趋瓜洲，抵白塔，以为常。
宣德六年从武进民请，疏德胜新河四十里。八年，工竣。漕舟自德胜北入江，直泰兴之北新河。由泰州坝抵扬子湾入漕河，视白塔尤便。於是漕河及孟渎、德胜三河并通，皆可济运矣。
正统元年，廷臣上言：“自新港至奔牛，漕河百五十里，旧有水车卷江潮灌注，通舟溉田。请支官钱置车。”诏可。然三河之入江口，皆自卑而高，其水亦更迭盈缩。八年，武进民请浚德胜及北新河。浙江都司萧华则请浚孟渎。巡抚周忱定议浚两河，而罢北新筑坝。白塔河之大桥闸以时启闭，而常、镇漕河亦疏浚焉。
景泰间，漕河复淤，遂引漕舟尽由孟渎。三年，御史练纲言：“漕舟从夏港及孟渎出江，逆行三百里，始达瓜洲。德胜直北新，而白塔又与孟渎斜直，由此两岸横渡甚近，宜大疏淤塞。”帝命尚书石璞措置。会有请凿镇江七里港，引金山上流通丹阳，以避孟渎险者。镇江知府林鹗以为迂道多石，坏民田墓多，宜浚京口闸、甘露坝，道里近，功力省。乃从鹗议。浙江参政胡清又欲去新港、奔牛等坝，置石闸以蓄泉。亦从其请。而浚德胜河与凿港之议俱寝。然石闸虽建，蓄水不能多，漕舟仍入孟渎。
天顺元年，尚宝少卿凌信言，粮艘从镇江里河为便。帝以为然，命粮储河道都御史李秉通七里港口，引江水注之，且浚奔牛、新港之淤。巡抚崔恭又请增置五闸。至成化四年，闸工始成。於是漕舟尽由里河，其入二河者，回空之艘及他舟而已。定制，孟渎河口与瓜、仪诸港俱三年一浚。孟渎宽广不甚淤，里河不久辄涸，则又改从孟渎。
弘治十七年，部臣复陈夏港、孟渎远浮大江之害，请亟浚京口淤，而引练湖灌之。诏速行。正德二年复开白塔河及江口、大桥、潘家、通江四闸。十四年从督漕都御史臧凤言，浚常州上下里河，漕舟无阻者五十馀载。
万历元年又渐涸，复一浚之。岁贡生许汝愚上言：“国初置四闸：曰京口，曰丹徒，防三江之涸；曰吕城，曰奔牛，防五湖之泄。自丹阳至镇江蓄为湖者三：曰练湖，曰焦子，曰杜墅。岁久，居民侵种，焦、杜二湖俱涸，仅存练湖，犹有侵者。而四闸俱空设矣。请浚三湖故址通漕。”总河傅希挚言：“练湖已浚，而焦子、杜墅源少无益。”其议遂寝。未几，练湖复淤浅。
五年，御史郭思极、陈世宝先后请复练湖，浚孟渎。而给事中汤聘尹则请於京口旁别建一闸，引江流内注，潮长则开，缩则闭。御史尹良任又言：“孟渎渡江入黄家港，水面虽阔，江流甚平，由此抵泰兴以达湾头、高邮仅二百馀里，可免瓜、仪不测之患。，至如京口北渡金山而下，中流遇风有漂溺患，宜挑甘露港夹岸洲田十馀里，以便回泊。”御史林应训又言：“自万缘桥抵孟渎，两厓陡峻，雨潦易圮，且江潮涌沙，淤塞难免。宜於万缘桥、黄连树各建闸以资蓄泄。”又言：“练湖自西晋陈敏遏马林溪，引长山八十四溪之水以溉云阳，堤名练塘，又曰练河，凡四十里许。环湖立涵洞十三。宋绍兴时，中置横埂，分上下湖，立上、中、下三闸。八十四溪之水始经辰溪冲入上湖，复由三闸转入下湖。洪武间，因运道涩，依下湖东堤建三闸，借湖水以济运，后乃渐堙。今当尽革侵占，复浚为湖。上湖四际夹阜，下湖东北临河，原埂完固，惟应补中间缺口，且增筑西南，与东北相应。至三闸，惟临湖上闸如故，宜增建中、下二闸，更设减水闸二座，界中、下二闸间。共革田五千亩有奇，塞沿堤私设涵洞，止存其旧十三处，以宣泄湖水。冬春即闭塞，毋得私启。盖练湖无源，惟藉潴蓄，增堤启闸，水常有馀，然后可以济运。臣亲验上湖地仰，八十四溪之水所由来，惧其易泄；下湖地平衍，仅高漕河数尺，又常惧不盈。诚使水裕堤坚，则应时注之，河有全力矣。”皆下所司酌议。
十三年，镇江知府吴捴谦复言：“练湖中堤宜饬有司春初即修，以防冲决，且禁势豪侵占。”从之。十七年浚武进横林漕河。
崇祯元年，浚京口漕河。五年，太常少卿姜志礼建《漕河议》，言：“神庙
初，先臣宝著《漕河议》，当事采行，不开河而济运者二十馀年。后复佃湖妨运，岁累畚锸。故老有言，“京口闸底与虎丘塔顶平”，是可知挑河无益，蓄湖为要也。今当革佃修闸，而高筑上下湖围埂，蓄水使深。且漕河闸座非仅京口、吕城、新闸、奔牛数处而已，陵口、尹公桥、黄泥坝、新丰、大犊山节节有闸，皆废去，并宜修建。而运道支流如武进洞子河、连江桥河、扁担河，丹阳简桥河、陈家桥河、七里桥河、丁议河、越渎河，胜村溪之大坝头，丹阳甘露港南之小闸口，皆应急修整。至奔牛、吕城之北，各设减水闸。岁十月实以土，商民船尽令盘坝。此皆旧章所当率由。近有欲开九曲河，使运船竟从泡港闸出江，直达扬子桥，以免瓜洲启闸稽迟者，试而后行可也。回空粮艘及官舫，宜由江行，而於河庄设闸启闭。数役并行，漕事乃大善矣。”议不果行。
江漕者，湖广漕舟由汉、沔下浔阳，江西漕舟出章江、鄱阳而会於湖口，暨南直隶宁、太、池、安、江宁、广德之舟，同浮大江，入仪真通江闸，以溯淮、扬入闸河。瓜、仪之间，运道之咽喉也。洪武中，饷辽卒者，从仪真上淮安，由盐城泛海；饷梁、晋者，亦从仪真赴淮安，盘坝入淮。江口则设坝置闸，凡十有三。浚扬子桥河至黄泥湾