四十四年七月，河大决沛县，漫昭阳湖，由沙河至二洪，浩渺无际，运道淤塞百馀里。督理河漕尚书硃衡循览盛应期所凿新河遗迹，请开南阳、留城上下。总河都御史潘季驯不可。衡言：“是河直秦沟，有所束隘。伏秋黄水盛，昭阳受之，不为壑也。”乃决计开浚，身自督工，重惩不用命者。给事中郑钦劾衡故兴难成之役，虐民幸功。朝廷遣官勘新旧河孰利。给事中何起鸣勘河还，言：“旧河难复有五，而新河之难成者亦有三。顾新河多旧堤高阜，黄水难侵，睃而通之，运道必利。所谓三难者，一以夏村迤北地高，恐难接水，然地势高低，大约不过二丈，一视水平加深，何患水浅。一以三河口积沙深厚，水势湍急，不无阻塞，然建坝拦截，岁一挑浚之，何患沙壅。一以马家桥筑堤，微山取土不便，又恐水口投埽，势必不坚，然使委任得人，培筑高厚，无必不可措力之理。开新河便。”下廷臣集议，言新河已有次第，不可止。况百中桥至留城白洋浅，出境山，疏浚补筑，亦不全弃旧河，群议俱合。帝意乃决。时大雨，黄水骤发，决马家桥，坏新筑东西二堤。给事中王元春、御史黄襄皆劾衡欺误，起鸣亦变其说。会衡奏新旧河百九十四里俱已流通，漕船至南阳出口无滞。诏留衡与季驯详议开上源、筑长堤之便。
隆庆元年正月，衡请罢上源议，惟开广秦沟，坚筑南长堤。五月，新河成，西去旧河三十里。旧河自留城以北，经谢沟、下沽头、中沽头、金沟四闸，过沛县，又经庙道口、湖陵城、孟阳、八里湾、谷亭五闸，而至南阳闸。新河自留城而北，经马家桥、西柳庄、满家桥、夏镇、杨庄、硃梅、利建七闸，至南阳闸合旧河，凡百四十里有奇。又引鲇鱼诸泉及薛河、沙河注其中，而设坝於三河之口，筑马家桥堤，遏黄水入秦沟，运道乃大通。未几，鲇鱼口山水暴决，没漕艘。帝从衡请，自东邵开支河三道以分泄之，又开支河於东邵之上，历东沧桥以达百中桥，凿豸里沟诸处为渠，使水入赤山湖，由之以归吕孟湖，下境山而去。
衡召入为工部尚书，都御史翁大立代，上言：“漕河资泉水，而地形东高西下，非湖潴之则涸，故漕河以东皆有柜；非湖泄之则溃，故漕河以西皆有壑。黄流逆奔，则以昭阳湖为散漫之区；山水东突，则以南阳湖为潴蓄之地。宜由回回墓开通以达鸿沟，令谷亭、湖陵之水皆入昭阳湖，即浚鸿沟废渠，引昭阳湖水沿渠东出留城。其湖地退滩者，又可得田数千顷。”大立又言：“薛河水湍悍，今尽注赤山湖，入微山湖以达吕孟湖，此尚书衡成绩也。惟吕孟之南为邵家岭，黄流填淤，地形高仰，秋水时至，翕纳者小，浸淫平野，夺民田之利。微山之西为马家桥，比草创一堤以开运道，土未及坚而时为积水所撼，以寻丈之址，二流夹攻，虑有倾圮。宜凿邵家岭，令水由地浜沟出境山以入漕河，则湖地可耕，河堤不溃。更於马家桥建减水闸，视旱涝为启闭，乃通漕长策也。”并从之。
三年七月，河决沛县，茶城淤塞，粮艘二千馀皆阻邳州。大立言：“臣按行徐州，循子房山，过梁山，至境山，入地浜沟，直趋马家桥，上下八十里间，可别开一河以漕。”即所谓泇河也。请集廷议，上即命行之。未几，黄落漕通，前议遂寝。时淮水涨溢，自清河至淮安城西淤三十馀里，决礼、信二坝出海，宝应湖堤多坏。山东诸水从直河出邳州。大立以闻。其冬，自淮安板闸至清河西湖嘴开浚垂成，而里口复塞。督漕侍郎赵孔昭言：“清江一带黄河五十里，宜筑堰以防河溢；淮河高良涧一带七十馀里，宜筑堰以防淮涨。”帝令亟浚里口，与大立商筑堰事宜，并议海口筑塞及宝应月河二事。
四年六月，淮河及鸿沟境山疏浚工竣。大立方奏闻，诸水忽骤溢，决仲家浅，与黄河合，茶城复淤。未几，自泰山庙至七里沟，淮河淤十馀里，其水从硃家沟旁出，至清河县河南镇以合於黄河。大立请开新庄闸以通回船，兼浚古睢河，泄二洪水，且分河自鱼沟下草湾，保南北运道。帝命新任总河都御史潘季驯区画。顷之，河大决邳州，睢宁运道淤百馀里。大立请开泇口、萧县二河。会季驯筑塞诸决，河水归正流，漕船获通。大立、孔昭皆以迟误漕粮削籍，开泇之议不果行。
五年四月，河复决邳州王家口，自双沟而下，南北决口十馀，损漕船运军千计，没粮四十万馀石，而匙头湾以下八十里皆淤。於是胶、莱海运之议纷起。会季驯奏邳河功成。帝以漕运迟，遣给事中雒遵往勘。总漕陈炌及季驯俱罢官。
六年，从雒遵言，修筑茶城至清河长堤五百五十里，三里一铺，铺十夫，设官画地而守。又接筑茶城至开封两岸堤。从硃衡言，缮丰、沛大黄堤。衡又言：“漕河起仪真讫张家湾二千八百馀里，河势凡四段，各不相同。清江浦以南，临清以北，皆远隔黄河，不烦用力。惟茶城至临清，则闸诸泉为河，与黄相近。清河至茶城，则黄河即运河也。茶城以北，当防黄河之决而入；茶城以南，当防黄河之决而出。防黄河即所以保运河，故自茶城至邳、迁，高筑两堤，宿迁至清河，尽塞缺口，盖以防黄水之出，则正河必淤，昨岁徐、邳之患是也。自茶城秦沟口至丰、沛、曹、单，创筑增筑以接缕水旧堤，盖以防黄水之入，则正河必决，往年曹、沛之患是也。二处告竣，故河深水束，无旁决中溃之虞。氵市县之窑子头至秦沟口，应筑堤七十里，接古北堤。徐、邳之间，堤逼河身，宜於新堤外别筑遥堤。”诏如其议，以命总河侍郎万恭。
万历元年，恭言：“祖宗时造浅船近万，非不知满载省舟之便，以闸河流浅，故不敢过四百石也。其制底平、仓浅，底平则入水不深，仓浅则负载不满。又限浅船用水不得过六拏，伸大指与食指相距为一拏，六拏不过三尺许，明受水浅也。今不务遵行，而竞雇船搭运。雇船有三害，搭运有五害，皆病河道。请悉遵旧制。”从之。
恭又请复淮南平水诸闸，上言：“高、宝诸湖周遭数百里，西受天长七十馀河，徒恃百里长堤，若障之使无疏泄，是溃堤也。以故祖宗之法，偏置数十小闸於长堤之间，又为令曰：“但许深湖，不许高堤”，故设浅船浅夫取湖之淤以厚堤。夫闸多则水易落而堤坚，浚勤则湖愈深而堤厚，意至深远也。比年畏修闸之劳，每坏一闸即堙一闸，岁月既久，诸闸尽堙，而长堤为死障矣。畏浚浅之苦，每湖浅一尺则加堤一尺，岁月既久，湖水捧起，而高、宝为盂城矣。且湖漕勿堤与无漕同，湖堤勿闸与无堤同。陈瑄大置减水闸数十，湖水溢则泻以利堤，水落则闭以利漕，最为完计。积久而减水故迹不可复得，湖且沉堤。请复建平水闸，闸欲密，密则水疏，无涨懑患；闸欲狭，狭则势缓，无啮决虞。”尚书衡覆奏如其请。於是仪直、江都、高邮、宝应、山阳设闸二十三，浚浅凡五十一处，各设捞浅船二，浅夫十。
恭又言：“清江浦河六十里，陈瑄浚至天妃祠东，注於黄河。运艘出天妃口入黄穿清特半饷耳。后黄涨，逆注入口，清遂多淤。议者不制天妃口而遽塞之，令淮水勿与黄值。开新河以接淮河，曰“接清流勿接浊流，可不淤也”。不知黄河非安流之水，伏秋盛发，则西拥淮流数十里，并灌新开河。彼天妃口，一黄水之淤耳。今淮、黄会於新闸开河口，是二淤也。防一淤，生二淤，又生淮、黄交会之浅。岁役丁夫千百，浚治方毕，水过复合。又使运艘迂八里浅滞而始达於清河，孰与出天妃口者之便且利？请建天妃闸，俾漕船直达清河。运尽而黄水盛发，则闭闸绝黄，水落则启天妃闸以利商船。新河口勿浚可也。”。乃建天妃庙口石闸。
恭又言：“由黄河入闸河为茶城，出临清板闸七百馀里，旧有七十二浅。自创开新河，汶流平衍，地势高下不甚相悬，七十浅悉为通渠。惟茶、黄交会间，运盛之时，正值黄河水落之候，高下不相接，是以有茶城黄家闸之浅，连年患之。祖宗时，尝建境山闸，自新河水平，闸没泥淖且丈馀。其闸上距黄家闸二十里，下接茶城十里，因故基累石为之，可留黄家闸外二十里之上流，接茶城内十里之下流，且挟二十里水势，冲十里之狭流，蔑不胜矣。”乃复境山旧闸。
恭建三议，尚书衡覆行之，为运道永利。而是时，茶城岁淤，恭方报正河安流，回空船速出。给事中硃南雍以回空多阻，劾恭隐蔽溺职。帝切责恭，罢去。
三年二月，总河都御史傅希挚请开泇河以避黄险，不果行。希挚又请浚梁山以下，与茶城互用，淤旧则通新而挑旧，淤新则通旧而挑新，筑坝断流，常通其一以备不虞。诏从所请。工未成，而河决崔镇，淮决高家堰，高邮湖决清水潭、丁志等口，淮城几没。知府邵元哲开菊花潭，以泄淮安、高、宝三城之水，东方刍米少通。
明年春，督漕侍郎张翀以筑清水潭堤工钜不克就，欲令粮船暂由圈子田以行。巡按御史陈功不可。河漕侍郎吴桂芳言：“高邮湖老堤，陈瑄所建。后白昂开月河，距湖数里，中为土堤，东为石堤，首尾建闸，名为康济河。其中堤之西，老堤之东，民田数万亩，所谓圈子田也。河湖相去太远，老堤缺坏不修，遂至水入圈田，又成一湖。而中堤溃坏，东堤独受数百里湖涛，清水潭之决，势所必至。宜遵弘治间王恕之议，就老堤为月河，但修东西二堤，费省而工易举。”帝命如所请行之。是年，元哲修筑淮安长堤，又疏盐城石达口下流入海。
五年二月，高邮石堤将成，桂芳请傍老堤十数丈开挑月河。因言：“白昂康济月河去老堤太远，人心狃月河之安，忘老堤外捍之力。年复一年，不加省视，老、中二堤俱坏，而东堤不能独存。今河与老堤近，则易於管摄。”御史陈世宝论江北河道，请於宝应湖堤补石堤以固其外，而於石堤之东复筑一堤，以通月河，漕舟行其中。并议行。其冬，高邮湖土石二堤、新开漕河南北二闸及老堤加石、增护堤木城各工竣事。桂芳又与元哲增筑山阳长堤，自板闸至黄浦亘七十里，闭通济闸不用，而建兴文闸，且修新庄诸闸，筑清江浦南堤，创板闸漕堤，南北与新旧堤接。板闸即故移风闸也。堤、闸并修，淮、扬漕道渐固。
六年，总理河漕都御史潘季驯筑高家堰，及清江浦柳浦湾以东加筑礼、智二坝，修宝应、黄清等八浅堤，高、宝减水闸四，又拆新庄闸而改建通济闸於甘罗城南。明初运粮，自瓜、仪至淮安谓之里河，自五坝转黄河谓之外河，不相通。及开清江浦，设闸天妃口，春夏之交重运毕，即闭以拒黄。岁久法驰，闸不封而黄水入。嘉靖末，塞天妃口，於浦南三里沟开新河，设通济闸以就淮水。已又从万恭言，复天妃闸。未几又从御史刘光国言，增筑通济，自仲夏至季秋，隔日一放回空漕船。既而启闭不时，淤塞日甚，开硃家口引清水灌之，仅通舟。至是改建甘罗城南，专向淮水，使河不得直射。
十年，督漕尚书凌云翼以运船由清江浦出口多艰险，乃自浦西开永济河四十五里，起城南窑湾，历龙江闸，至杨家涧出武家墩，折而东，合通济闸出口。更置闸三，以备清江浦之险。是时漕河就治，淮、扬免水灾者十馀年。初，黄河之害漕也，自金龙口而东，则会通以淤。迨塞沙湾、张秋闸，漕以安，则徐、氵市间数被其害。至崔镇高堰之决，黄、淮交涨而害漕，乃在淮、扬间，湖溃则败漕。季驯以高堰障洪泽，俾堰东四湖勿受淮侵，漕始无败。而河漕诸臣惧湖害，日夜常惴惴。
十三年从总漕都御史李世达议，开宝应月河。宝应汜光湖，诸湖中最湍险者也，广百二十馀里。槐角楼当其中，形曲如箕，瓦店翼其南，秤钩湾翼其北。西风鼓浪，往往覆舟。陈瑄筑堤湖东，蓄水为运道。上有所受，下无所宣，遂决为八浅，汇为六潭，兴、盐诸场皆没。而淮水又从周家桥漫入，溺人民，害漕运。武宗末年，郎中杨最请开月河，部覆不从。嘉靖中，工部郎中陈毓贤、户部员外范韶、御史闻人诠、运粮千户李显皆以为言，议行未果。至是，工部郎中许应逵建议，世达用其言以奏，乃决行之。浚河千七百馀丈，置石闸三，减水闸二，筑堤九千馀丈，石堤三之一，子堤五千馀丈。工成，赐名弘济。寻改石闸为平水闸。应逵又筑高邮护城堤。其后，弘济南北闸，夏秋淮涨，吞吐不及，舟多覆者。神宗季年，督漕侍郎陈荐於南北各开月河以杀河怒，而溜始平。
十五年，督漕侍郎杨一魁请修高家堰以保上流，砌范家口以制旁决，疏草湾以杀河势，修礼坝以保新城。诏如其议。一魁又改建古洪闸。先是，汶、泗之水由茶城会黄河。隆庆间，浊流倒灌，稽阻运船，郎中陈瑛移黄河口於茶城东八里，建古洪、内华二闸，漕河从古洪出口。后黄水发，淤益甚。一魁既改古洪，帝又从给事中常居敬言，令增筑镇口闸於古洪外，距河仅八十丈，吐纳益易，粮运利之。
工部尚书石星议季驯、居敬条上善后事宜，请分地责成：接筑塔山缕堤，清江浦草坝，创筑宝应西堤，石砌邵伯湖堤，疏浚里河淤浅，当在淮、扬兴举；察复南旺、马踏、蜀山、马场四湖，建筑坎河滚水坝，加建通济、永通二闸，察复安山湖地，当在山东兴举。帝从其议。未几，众工皆成。
十九年，季驯言：“宿迁以南，地形西ＡＨ，请开缕堤放水。沙随水入，地随沙高，庶水患消而费可省。”又请易高家堰土堤为石，筑满家闸西拦河坝，使汶、泗尽归新河。设减水闸於李家口，以泄沛县积水。从之。十月，淮湖大涨，江都淳家湾石堤、邵伯南坝、高邮中堤、硃家墩、清水潭皆决。郎中黄日谨筑塞仅竣，而山阳堤亦决。
二十一年五月，恒雨。漕河泛溢，溃济宁及淮河诸堤岸。总河尚书舒应龙议：筑堽城坝，遏汶水之南，开马踏湖月河口，导汶水之北。开通济闸，放月河土坝