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坐落于北京城中心地带，建校历史最为悠久的北京大学，由于校长蒋梦麟、文学院院长胡适等名流均赴庐山参加政府会议，各项善后工作落到了北大秘书长兼历史系教授郑天挺身上。随着北平沦陷，日军进城，一些骨气与民族气节都呈“五短身材”状的文人、学者纷纷“下水”，开始与日寇狼狈为奸，企图阻止师生南下，局势异常严峻。面对危局，郑天挺顾不得夫人新丧，子女年幼的悲痛与托累，全部身心用于保护校产和组织师生安全转移中来。他先是决定向经济困难的滞校学生每人发款20元，促其迅速离校，尔后想方设法使北大教授及其家属安全撤离。对此，郑天挺回忆说：“蒋梦麟校长等离北平后久无来信，对学校下步如何处理，大家都不清楚，只能临时应付。日寇进城、形势更加恶化，当时教职工到校者寥寥可数，多数同仁都想早离危城，但又无路费。当时我仍每天到校办公，解决职工教授生活、安全、校产保护等问题。未走教授如孟森、汤用彤、罗常培、邱椿、毛子水、陈雪屏等也多次开会，建议给低薪职工每人发30元维持费。并表示全力协助我共同支撑、维持学校局面。当时大家也常为我的安全忧虑。”＇9＇
撤离北平十几年后的1948年，北大中文系教授罗常培对郑天挺的倾心竭力仍念念不忘：大家在凄凉惨痛的氛围中仍旧主张镇定应变，共维残局，“但是自从七二九以后大家的精神实在已经逐渐涣散了。城陷的那天，逵羽（南按：樊际昌，时为北大教务长）就避入了德国医院。上午十时我到第二院巡视只碰见了郑毅生（南按：郑天挺）、章矛尘（廷谦）、梁实秋和潘光旦。十一时到第一院，听说卢吉忱曾经来过一会儿，后来连工友的影儿都不见了。到了八月七日平津试行通车，海道可航，于是逵羽便首先离开了北平。第二天河边率日军入城，分驻天坛，旃坛寺和铁狮子胡同等处，人心更加浮动。八月九日毅生、树人、公超、端升和我在欧美同学会晤谈，一部分同仁便主张早离危城。于是十一日清晨公超、树人、实秋和姚从吾就陪同胡适之太太离平赴津。在张皇失措中从吾还给胡太太丢了一只箱子。同仁既然纷纷南下，北大的重担几乎完全压在毅生一人的肩头。”而“八月二十五日日本宪兵四人到第二院校长室检查，由毅生独自支应，后来周作人闻讯赶到，用日语和日宪兵驳辩，那时他还站在北大同仁的立场说话。过了两天日人又到图书馆索取中俄画界地图并且请孟心史（南按：孟森）先生给他们解释，这时的情势已经越逼越紧了。”＇10＇
关于罗常培所说日人强行索地图事，北大教授钱穆在他的回忆中就具体细节有过这样的补充：“日本军队进北平，闻心史曾在北大图书馆发现一旧地图，于中俄两国蒙古边疆问题有新证据之发现。遂派人特访心史，于其宅前并曾摄一像而去。而心史不久以病进医院。双十节后，北大同仁陆续离北平南下。余赴医院与心史话别，不谓心史竟已不起。”＇11＇
北大同仁南撤后，一代史学大师孟森于1938年去世，身后没有像样的财产传给亲属，只有《清初三大疑案考实》等名著供后世学人追思纪念。当年他发现的那张旧地图为日本人掠去“收藏研究”，从此再也没有面世。
9月3日，大批日军进驻北大第一院和灰楼新宿舍，于门口挂上了各分队、小队的日文牌号。在如此严峻纷乱的局势中，郑天挺仍每天到校负责料理校产与未能脱身教授们的生活，直到10月18日，地方维持会将保管北京大学的布告挂在北大二院门口，郑天挺才和在平全体职员合摄一影，又于二院门前地方维持会的布告底下单独拍了一张小照，算是与他恪守的岗位作了最后告别。
11月17日，郑天挺与罗常培、陈雪屏、罗膺中、魏建功、邱椿、赵乃抟、周作人（南按
：经济系，非鲁迅之弟）、王霖之、周濯生、包尹辅等北大教授，最后一批离开沦陷的北平，转道南下长沙。正如罗常培所说：“北平沦陷后的北大残局就这样暂时结束了！”＇12＇
就在北平沦陷的7月29日下午，日军窜入北京城西北郊树木参天、荷花飘香的清华园进行骚扰。随即又数次以参观为名，将窃取的大批珍贵图书、仪器设备用卡车装运出校园。因梅贻琦在南京未归，局势越来越恶化，代理校务的叶企孙与陈岱孙等几位教授会商决定，尽快组织师生及其家属撤退，同时决定由校秘书处事务科长毕正宣与汪健君、施廷镛、陈传绪、傅任敢等五人留守，组成“清华大学保管委员会”，以保护校园与校产。骄狂的日军见此情形，索性派遣牟田口等部队侵入学校公开搜查，强占部分校舍，劫掠校产，直至把“校产保管委员会”人员驱逐出校。自此，“清华园内，遂不复有我人之足迹矣。”＇13＇
据时为清华大学文学院院长兼哲学系主任冯友兰回忆：在炮火连天，北平危急，人心惊恐之际，除了逃难的人群，还有四处张罗准备男欢女爱，以成百年之好者。此种做法虽与整个北方硝烟弥漫、家破国亡的氛围极不谐调，但那些痴男情女们却不管这些，由着自己的性子继续在情思的梦境中生活。就在北平失守的这天，清华一位教员正在城中举行婚礼，特邀冯友兰主婚。想不到当天晚上城门关闭，这对痴男怨女在清华园预备的新房已无法进入，只有坐看北平沦陷，扼腕叹息。
从北平沦陷到清华师生南迁的这段时间，整个清华园在一阵大乱过后渐渐沉寂下来，几乎成了真空。冯友兰回忆说：“我们参加校务会议的这几个人，还住在清华，说的是要保护学校。我在图书馆内对图书馆的工作人员说，中国一定会回来，要是等中国回来，这些书都散失了，那就不好，只要我人在清华一天，我们就要保护一天。有一次，夜里我和吴有训在学校里走，一轮皓月当空，四周一点声音都没有，吴有训说：‘可怕，可怕，静得怕人！’。”此情此景，使冯友兰想起了黄仲则的两句诗：“如此星辰非昨夜，为谁风露立中霄”，几近溘然泪下。后来日本军队正式进入北京城，开始到处接管搜查，冯友兰等几个留守教授觉得在政权已经失掉，保管已经没有意义了，事实上是替日本保管，等他们来接收。于是大家决定南迁，“南迁的人和留守的人，都痛哭而别。”＇14＇
冯友兰与吴有训二人一起离平南下，到达郑州时，冯突然建议上馆子吃一顿黄河鲤鱼，因为这一别，不知道什么时候才能回来，有机会先吃一顿再说。正在这时，意外碰到了清华的同事熊佛西，于是三人一同去馆子吃了一顿黄河鲤鱼，算是了了一桩心愿。当时熊佛西喜欢养狗，他面带忧戚地对冯、吴二人说：“北平有许多人都离开了，狗没法带，只好抛弃了。那些狗，虽然被抛弃了，可是仍守在门口，不肯他去。”冯听罢，满目凄然，道：“这就是所谓丧家之狗，我们都是丧家之狗呵！”＇15＇
◎别了，北总布胡同三号
就在北大、清华、南开、北平大学、北平师范大学等校师生纷纷南下西行之际，众多与这些学府无缘的知识分子在沦陷的北平茫然四顾，不知命运维系何处。按照南京政府的迁移纲要，
鉴于时局危殆，政府资金短缺，除天津南开大学之外，整个华北地区包括燕京、辅仁在内的著名私立大学、私立文化科研机构，一概弃之不顾。这些学校和机构是存是亡，是死是活，除了自己设法寻找门径求得一线生路，只有听天由命，看阎王爷以及身边手捧鬼录的助手们兴趣如何了。此时，著名建筑学家梁思成、林徽因夫妇所服务的中国营造学社，正是一所民办机构，自然属于中央政府“弃之不顾”之列。
尽管政府无力顾及，但梁思成和刘敦桢这两根支撑中国营造学社“宏大架构”的支柱，曾在7月16日于清华、北大潘光旦、查良钊等教授和文化名人致南京国民政府要求抗日公开呼吁书上签过自己的名字，且这批名单已被日本特务机关密切关注，他们自然不能留在已沦陷的北平。在内外交困，险象环生的大混乱、大动荡的危难时刻，梁思成于匆忙中来到中山公园内营造学社总部，找老社长朱启钤和同仁商量对策。商量的结果是：在如此混乱的局势下，中国营造学社已无法正常工作，只好宣布暂时解散，各奔前程，是死是活，各自保重。老社长朱启钤因年老体衰不愿离开北平，学社的遗留工作以及学社未来的希望，都托付给梁思成负责。此时令众人最担心和放心不下的是，学社同仁工作的成果——大量的调查资料、测稿、图版及照相图片等如何处置。为了不使这批珍贵文化资料落入日本侵略者之手，朱启钤、梁思成、刘敦桢等决定暂存入天津英租界英资银行地下仓库，“所定提取手续，由朱启钤、梁思成和一位林行规律师共同签字才行”，＇16＇三人缺一，不能开启。
正当中国营造学社同仁紧锣密鼓地处理各种繁杂事务之时，梁思成突然收到了署名“东亚共荣协会”请柬，邀请他出席会议并发表对“东亚文化共荣圈”的看法。梁思成深知日本人己经注意到自己的身份和在北平文化界中的影响，要想不做和日本人“共荣”的汉奸，就必须立即离开北平。于是，他与爱妻林徽因一面联系可结伴流亡的清华大学教授，一面尽快收拾行李，准备第二天出城。
正在这时，清华大学物理系教授赵忠尧突然来到梁家，神色紧张地对梁说自己刚从外地潜回北平，有约50毫克放射性镭还在清华实验室的保险柜中，这是自己从英国剑桥大学卡文迪许实验室学成归国时，卢瑟福博士出于对中国的好意而特别赠给的。为了这一份全世界都禁运的极其珍贵的高能物理材料，赵忠尧历尽无数艰难险阻，终于把它带回祖国。如今北平沦陷，日军已进入清华园，如果这个东西落到日本人之手，后果不堪设想。为此，赵忠尧想起梁思成这位“铁杆”校友有一辆雪佛兰牌小轿车，决定找梁帮忙，一同进入清华园，抢救出这份关乎国家民族未来发展的科学珍宝。
梁思成听罢，立即答应冒险一试。黄昏时分，梁、赵二人开车出城，冒着被日本军队和随日本人来到中国的高丽浪人打劫的危险，一路狂奔驶入清华园，进入显然是被日军骚扰过，散乱不堪，人去楼空的实验室，在特殊伪装的角落将盛装镭的铅筒启出。二人借着朦胧的夜色，驱车驶出已变得阴森恐怖的清华园，躲过日军的盘查，伴着咚咚的心跳，返回城中。
赵忠尧在一个偏僻的胡同下车后，携带这份珍宝悄然隐入夜幕不见踪影。梁思成将车开回家中，顾不上吃饭，与林徽因一道收拾家什。仓皇中，除了必需携带的几箱资料和工作用品，生活方面只带了几个铺盖卷和一些随身换洗的衣服，其它所有的东西包括梁思成心仪的小轿车，不管贵重与否，只好采取国民政府对待营造学社的政策，一概“弃之不顾”了。国破家亡，英雄末路，心中自有说不出的凄楚与怆然。在休息的空当，林徽因拿出纸笔，给她的美国好友费慰梅写了一封告别信：“思成和我已经为整理旧文件和东西花费了好几个钟头了。沿着生活的轨迹，居然积攒了这么多杂七杂八！看着这堆往事的遗存，它们建立在这么多的人和这么多的爱之中，而当前这些都正在受到威胁，真使我们的哀愁难以言表。特别是因为我们正凄惨地处在一片悲观的气氛之中，前途渺茫……”＇17＇
1937年9月5日凌晨，梁思成夫妇携带两个孩子和孩子的外婆，与清华大学教授金岳霖及另外两位教授走出了自己的住所——北总布胡同三号院大门。众人行色匆匆，许多往事已来不及细想与回忆，时间的分针秒针走过心头犹如针刺，临上车的一瞬，多愁善感的林徽因，心像被什么东西拽了一把，一阵酸痛袭过，泪水夺眶而出。她知道，这一别，不知何时才能回到心爱的故园。尽管此前医生曾经有所警告，说她的身体难以承受千里奔徙的颠簸流离之苦，但林徽因只有面对严酷的现实，无奈中悲壮地答道：“我的寿命是由天的了！”
天地茫茫，江山苍黄，不只是林徽因的寿命由天决定，一旦离开了与生命相伴了十几年的居所，梁家五口的命运之舟也只有随波逐流，听阴曹地府的阎王爷，甚或哪个主事的判官、小鬼来打发处置了。
这个时候北平的情形是：东面有日本傀儡冀东防共自治政府伪军万余人驻守；北面的热河集结着大量日本关东军；西北面的察哈尔有伪蒙军约4万人驻防。三面受困的北平只剩下向南的一条通道——平汉铁路。而这条紧挨卢沟桥的交通大动脉，由于战争爆发被切断，流亡的路，只有从北平乘车到天津，转水路绕道南下。许多年后，梁、林夫妇的儿子、当时只有5岁的梁从诫道出了凄风苦雨中离别北平的情形：
临行的那天应是一个特别悲凉的场面，但我什么都不记得了，倒记住了在去天津的火车上，坐满了全副武装的日本兵，我们竟然和他们挤在一节车厢里。爹爹闭着眼在那里假寐，我却极有兴趣地在那里观察日本兵手里的“真枪”，一个日本兵冲我笑笑，还招招手。我就挨了过去。他让我摸摸他的枪，正在我十分兴奋的当儿，只听见背后一声怒吼：“小弟，回来！！”一回头，爹爹正怒不可遏地瞪着我。我不知道自己做错了什么，吓得半死，不敢再看那个日本兵，赶紧挤回妈妈身边。就这样，我们告别了北总布胡同三号。＇18＇
到达天津后，梁思成一家和清华的金岳霖等稍事休整，然后乘圣经号轮船到青岛，再由济南、郑州、汉口，最后到达长沙。在天津