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紧接着，傅斯年以沾沾自喜外加几分自负的心情，向三人剖析了史语所与清华的优劣：
清华到底是个学校，此则是一纯粹研究机关。
清华到底在一处（北平），此则无所不在。
清华各种关系太多，此则究竟是个小小自己的园地。
所以在清华不便派人长期在外时，可由我们任之。……清华有感觉不便者，我们成之，如此而已！＇4＇
早在史语所成立之初，傅斯年就以中央研究院历史语言研究所筹备处的名义撰写了《历史语言研究所工作之旨趣》一文，明确提出：“历史学不是著史；著史每多多少少带点古世中世的意味，且每取伦理家的手段，作文章家的本事。近代的历史学只是史料学，利用自然科学供给我们的一切工具，整理一切可逢着的史料，所以近代史学所达到的范域，自地质学以至目下新闻纸，而史学外的达尔文论正是历史方法之大成。”文中，傅斯年以其渊博的学识和天才的构想，概括地提出了历史学与语言学研究的三个标准：
（一）凡能直接研究材料，便进步；凡间接的研究前人所研究或前人所创造之系统，而不繁丰细密的参照所包含的事实，便退步。
（二）凡一种学问能扩张他所研究的材料便进步，不能的便退步。
（三）凡一种学问能扩充他作研究时应用工具的，则进步，不能的，则退步。实验学家之相竞如斗宝一般，不得其器，不成其事，语言学和历史学亦复如此。
在三条标准中，傅氏特别强调：“一分材料出一分货，十分材料出十分货，没有材料便不出货。”“我们不是读书的人，我们只是上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西！”
最后，傅斯年以他惯有的“大炮”性格振臂高呼：
一、把些传统的或自造的“仁义礼智”和其它主观，同历史学和语言学混在一气的人，绝对不是我们的同志！
二、要把历史学语言学建设得和生物学地质学等同样，乃是我们的同志！
三、我们要科学的东方学之正统在中国！＇5＇
同陈寅恪一样，作为学术“大鳄”的傅斯年，尽管游学欧洲七年，却是为学问而学问，没有弄到一顶硕士或博士帽子，但凭其出众的学识与大气磅礴的组织能力，受到学术界普遍的钦佩与尊重，李济在后来的回忆中说道：“以历史语言研究所为大本营在中国建筑‘科学的东方学正统’，这一号召是具有高度的鼓舞性的，举起这面大旗领首向前进的第一人，是年富力强的傅斯年。那时他的年龄恰过三十不久，意气丰盛，精神饱满，浑身都是活力；不但具有雄厚的国学根柢，对于欧洲近代发展的历史学、语言学、心理学、哲学以及科学都有彻底的认识。他是这一运动理想的领导人，他唤醒了中国学者最高的民族意识，在很短的时间内就聚集了不少运用现代学术工具的中年及少年学者。”
＇6＇
对这一辉煌的科学发展前景，极富理性与科学眼界的李济没有因为傅斯年的大呼小叫而陶醉，反而为之担心并提出警告：“口号是喊响了，热忱是鼓起来了，如何实行？若是这进一步的问题不能圆满解决，口号将止于口号，热忱终要消散的。”＇7＇
傅斯年毕竟非等闲之辈，亦不愧是胡适盛赞的“人间最稀有的一个天才”，＇8＇他同样意识到了这一点，因而在处理各项事务时，较之中山大学时代更加谨慎、务实和富有远见。经过一年的筹备经验及各方面的反复磨合，到1929年6月，在傅斯年主持的所务会议上，正式决定把全所的工作范围由原来预设的九个组，压缩为历史、语言、考古三个组，通称一组、二组、三组。主持各组工作的分别是陈寅恪、赵元任、李济“三大主任”。后又增设第四组——人类学组，由留美的“海龟”吴定良博士主持工作。这一体制，直到史语所迁往台湾都未变更（南按：其中有一段时间，人类学组从史语所分出，成立人类体质学研究所筹备处，但终未正式独立建所）。
万事俱备，只欠东风，中央研究院历史语言研究所就要鸣锣开张了。当三个组的人员各就各位后，傅斯年以非凡的处事能力与人脉关系，很快为第一组找到了内阁大库档案，指定了汉简与敦煌材料的研究范围；为第三组划定了安阳与洛阳的调查。二组的语言调查工作也相应地开展起来。
为了消除李济担心的“口号将止于口号”这一形式主义的疾痼，富有学术远见的傅斯年于史语所筹备阶段的1928年8月12日，便指派时任中山大学副教授、史语所通信员董作宾，悄悄赶往安阳殷墟，对甲骨出土地进行调查并收集甲骨了。
所谓甲骨文，即刻在龟甲和兽骨上的一种古老文字，其作用就像远古的先民“结绳纪事”一样，属于一种“纪录文字”。当这些龟甲和兽骨上的文字未被识读之前，只是被当做不值钱的药材出现在大小药店。而一旦上面的古文字被确认，天下震惊，中华远古文明的大门轰然洞开。
据记载，光绪二十五年（1899）秋，时任国子监祭酒，也就是相当于皇家大学校校长的山东烟台福山人王懿荣得了疟疾，京城一位老中医给他开了一剂药方，里面有一味中药叫“龙骨”，王氏派家人到宣武门外菜市口一家老字号中药店——达仁堂按方购药。待把药买回之后，王懿荣亲自打开查看，忽然发现“龙骨”上刻有一种类似篆文的刻痕，凭着自己渊博的学识和金石方面深邃的造诣，他当即意识到这颇像篆文的刻痕，可能是一种年代久远的古文字，且刻写的时间要早于自己以往研究古代青铜器皿上的文字。这一意外发现，王氏既惊且喜，于是又派家中跑堂的伙计迅速赶到达仁堂把带有文字的“龙骨”全部购买回来，加以鉴别研究，同时注意在京城各药铺及“龙骨”出现的场所大肆收购。由于王懿荣在天下儒林中所具有的特殊地位，其收购、研究甲骨文的举动在圈内逐渐传开。不久，消息灵通，颇具生意眼光的山东潍县古董商范维卿携带刻有文字的甲骨12片，进京拜见王懿荣。王氏一见视若珍宝，将此物全部收购下来。此后，又有一位古董商赵执斋见搞这种东西有利可图，不知从那个地沟里弄了数百片带字甲骨跑到京城王府售卖，王祭酒悉数认购，并发出信息让古董商继续搜寻，多多益善。唯利是图的古董商闻风而动，采取许多年后侵华日军“打枪的不要，悄悄地进村”的战略战术，四处搜索追寻，在不长的时间里，王氏就收购了有字甲骨约1500片，并作了相关研究。正是得益于这一千载难逢的历史的机缘，王懿荣不仅作为认定商代文字第一人，确认了甲骨文世之无匹的学术价值，同时开创了甲骨文研究的先河，揭开了中国商代历史研究的序幕。
继王懿荣之后，1912年2月，著名古器物与古文字学家罗振玉，按照世间流传和自己调查的线索，委托他的弟弟罗振常到河南安阳访求甲骨。罗振常不负所望，在安阳小屯逗留50余日，不仅弄清了甲骨出土地的准确位置，而且搜求甲骨多达1．2万片，分两次装箱通过火车运往北京。罗振玉一见如此丰盛的收获，大喜过望，遂着手对这批甲骨进行了深入细致的研究。经过一番努力，罗氏从《史记？项羽本纪》“洹水南殷墟上”的记载中得到启示，认为出土甲骨文的安阳之地，就是历史记载中商朝的“武乙之都”。再后来，罗振玉又在其所著《〈殷墟书契考释〉自序》中，确定了小屯为“洹水故墟，旧称亶甲，今证之卜辞，则是徙于武乙去于帝乙”的晚商武乙、文丁、帝乙三王时的都城。这个考释，无论是当时还是之后，都被学术界认为是一项了不起的具有开创性的重大学术研究成果。
如果说罗振玉通过对甲骨文的释读和研究使湮灭日久的殷商的历史之门露出了一道缝隙，让学界同仁得以管窥远古庙堂之间的些许影像，那么，王国维则把这扇封闭了三千余年的殷商王朝的大门彻底撞开了。王氏通过对甲骨文的研究、考订，使商代先公先王的名号和世系基本上得到了确认，并在整体上建立了殷商历史的体系。为此，王国维作为“新史学的开山”登上了甲骨学研究的第一座奇峰。所著的《殷卜辞中所见先公先王考》和《续考》，为甲骨学研究和发展作出了划时代的贡献，从而直接引发了古代史，尤其是殷商史作为可靠信史研究的革命性突破。
正是鉴于已经面世的辉煌的研究成果，傅斯年才决定派34岁的河南南阳人董作宾前往安阳进行调查，为科学的田野考古发掘作准备。意想不到的是，这一举动遭到了不少老派学者的反对。此时跳水而死的王国维，僵尸不能复活，自然无话可说。但以罗振玉为首的大部分金石学和古器物学家认为，自王懿荣时代始，经过世间近三十年对甲骨文的挖掘、搜集，地下所埋藏的珍品已全部被发现，可谓“宝藏一空矣”，如今“再进一步搜集是徒劳无益的，而且这种企图也是愚蠢的”。＇9＇骨血里流淌着梁山好汉精神基因的傅斯年闻听，不但不吃这一套，反而认为罗振玉等人是愚不可及的，所言纯是没有学术眼光和不懂“概率”这一新兴科学理念的谬论。在傅斯年的强力坚持下，正在南阳探亲休假的董作宾开始了对殷墟科学发掘具有历史性决定意义的安阳之行。
◎从殷墟到龙山
董作宾到达安阳后，通过实地调查得知，小屯地下埋藏的有字甲骨，并不像罗振玉等人所说的已被挖尽，他从当地农民盗掘甲骨留下的坑痕作出判断，殷墟规模庞大，地下遗物十分丰富，且遗址破坏严重，有组织的科学发掘已到了刻不容缓的紧要关头。董氏在写给傅斯年的报告中颇为焦虑地宣称：“迟之一日，即有一日之损失，是则由国家学术机关以科学方法发掘之，实为刻不容缓之图。”＇10＇
傅斯年得知安阳殷墟地下宝藏既丰且富的报告，惊喜交加，马上筹措经费，购置设备，调配人员，在中央研究院院长蔡元培大力支持下，组成了以董作宾为首的殷墟发掘团，开往安阳小屯进行田野考古发掘。其成员有李春昱、赵芝庭、王湘、张锡晋等，另外还有一名董作宾的同乡同学，时任河南省教育厅秘书的郭宝钧。这次以寻找甲骨文为主要目的有组织的殷墟发掘，自1928年10月7日开始，至31日结束，前后共进行了24天，发掘土坑40个，揭露面积280平方米，掘获石、蚌、龟、玉、铜、陶等器物近3000余件，获甲骨854片，其中有字甲骨784片，另有人、猪、羊等骨架出土。董作宾作为本次发掘的主持人，手抄有字甲骨392片，并作了简单的考释，这个成果与他前期的调查报告，共同在后来史语所创办的《安阳发掘报告》中作为首篇文章刊载。此次发掘与著述的问世，“不仅结束了旧的古物爱好者‘圈椅研究的博古家时代’，更重要的是为有组织的发掘这著名的废墟铺平了道路。”＇11＇
当然，早年毕业于北京大学国学门，未受过西方近代考古学正规训练的董作宾，所带领的发掘队员皆是一群土包子书生，且将发掘的主要精力用在寻找带字甲骨上，其它器物甚少顾及，这样就出现了一些疏漏甚至笑话。许多年之后，已成为著名考古学家的夏鼐说道：“我在1935年参加殷墟发掘时，还听说过一个关于董作宾1928年主持初次发掘时‘挖到和尚坟’的故事。书斋中出来的董作宾，从来没有看见过出土的骷髅头，只从笔记小说中知道死人身上头发是最不易腐朽的。所以，他发掘到一座时代不明的古墓时，便认为头上无发的墓主人一定是一位和尚。骷髅头狰狞可怕，所以仍被埋起来。到了李济、梁思永主持发掘时才注意到人骨标本的采集，并且用科学的采集方法和保存方法。”＇12＇
或许正是由于以上的缺憾，没有喝过洋墨水的董作宾感到惶恐不安，并有中途换将，由周身散发着海腥味的大字号“海龟”李济出任第二次发掘主持的因缘。按照蔡元培后来的说法：“董先生到了那里，试掘了一次，断其后来大有可为。为时虽短，所得颇可珍重，而于后来主持之任，谦让未遑。其时，适李济先生环游返国，中央研究院即托其总持此业，以李先生在考古学上之学问与经验，若总持此事，后来的希望无穷。承他不弃，答应了我们，即于本年（1929年）二月到了安阳，重开工程。”＇13＇
对于这段记载，李济的弟子，后来成为美国哈佛大学人类学系主任的考古学家张光直，对其所作的补充注释是：“33岁的李济先生在那时的学术界已经有了相当的声望。据说傅斯年先生在物色考古组主任与安阳殷墟主持者的时候，最后的两个候选人是李济先生与著名的金石学家马衡先生。当时48岁的马衡先生是北京大学国学门考古学研究室主任和故宫博物院副院长，是中国传统金石学最优秀的代表。在这两位候选人中，蔡元培先生最后选定了代表科学考古的李济先生。夏鼐先生说：‘后来证明这选择是明智的’，这就是因为李济先生把殷墟发掘领导到一个新的方向上去，也就是把中国考古学带到了一个新的方向上去。”＇14＇
张光直所言大体不差，只是不够深入和全面，具体细节上与事实亦有出入，如当时的马衡并未出任故宫博物院副院长，只是此前曾出任过故宫博物院理事与下属的古物馆副馆长，另外还有一个挂名的故宫维持会委员等职。他被拒于史语所大门之外，与蔡元培没有多大关系，完全是傅斯年的把戏。个中原因，除了马衡属于金石学家一派，学术观念陈旧，与西洋的新式科学派学者相比属于不“预流”者，还有一个不可忽视的原因，便是傅斯年与他尊崇的老师胡适，对北京大学极其强大的浙江派或曰法日派这个呼风