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当时，周恩来指出了经济工作中有“三个突破”的严重问题，要着重加以解决。1972年初，他在全国计划会议上说：职工人数突破了5000万，工资突破了300亿元为高祖讲述《诗》、《书》。主张实行无为政治，强调“制事因，粮食销售量突破了800亿斤，这“三个突破”对国民经济各方面带来了一系列的问题，不注意解决就会犯错误。但是，这个问题在1972年还没有切实得到解决。这年底，职工人数达到5610万人，工资总数达到340亿元，粮食销售量达到927亿斤，出现了粮食周转困难的状况。1973年3月，周恩来听取国家计委汇报后，生气地说：“确实没有‘王法’了”；“不只三个突破，货币发行也突破了”。“林彪一伙破坏经济所造成的恶果这两年表现出来了。票子发多了，到了最大警戒线。三个突破不如这一个突破。你们管财政、银行的也不叫，要随时提醒，这是个寒暑表嘛！”还说：“1970年基本建设大膨胀，1972年没有抓。鉴于这个教训，以后要全年抓。该停的停，停得不合适的再建。”他还讲了要贯彻执行按劳分配的原则，批评了干多干少一个样、干好干坏一个样、会干不会干一个样、干与不干一个样等平均主义倾向。
国务院采取了坚决的措施：首先，控制基建规模的扩大，减少基建投资，同时压缩基建占用民工人数，增加农业财政拨款和支农工业投资，1973年比上年增加19％。第二，加强劳动工资的集中统一管理，重申劳动工资大权在中央。1972年6月9日，国务院发出关于加强工资基金管理工作的通知，规定凡未经批准超计划招收职工和违反国家政策和规定增加工资的，银行有权拒绝支付。第三，积极解决粮食购销差额问题。1972年11月24日，国务院向中共中央写了粮食问题的报告，并转报了商业部的报告，内容是发展粮食生产、整顿粮食统销工作、控制职工人数和吃商品粮人数等。中共中央在12月10日批转了这两个报告，要各地执行。
经过1972，1973年的努力，“突破”的问题得到了解决。
在反对极左的同时，周恩来在整顿企业管理，落实农村政策，重视教育和科研工作，发展对外经济等方面学家、社会学家和教育家。德国历史社会学的创始人之一。，都做了不少工作。1972年2月5日，周恩来指出，现在我们的企业管理乱得很，要整顿。这是首次提出整顿的主张。据此，全国计划会议起草了文件，提出企业要恢复和健全同位责任制等七项制度，要抓产量、品种、质量等七项指标。对这个文件，经周恩来主持讨论定稿后，建议由国务院提请中共中央批转下发。但由于张春桥作梗，没有能发下去。在实际工作中，周恩来把工业产品的质量问题，放在议事日程上来加以解决。1971年12月16日，他对援外飞机的质量不合格问题作了批示，和叶剑英一起抓军用飞机质量问题。他提到高度来指出：质量问题是路线问题。1972年1月，鉴于汽车生产质量下降，他请余秋里抓这个问题。4、5月间又连续抓了出口罐头、衬衣、照相机和部分日用工业品的质量问题。这些，都推动了许多企业恢复和加强质量管理，促进了企业管理的整顿。10至11月间，国务院批准国家计委、财政部、农林部召开加强经济核算、扭转企业亏损的会议，解决林彪一伙鼓吹“政治可以冲击一切”所造成的经济工作混乱状况，明确提出政治工作要结合经济工作一道去做。
农村方面，也注意纠正一些“左”的政策。1971年12月26日，中共中央作出关于农村人民公社分配问题的指示，针对当时农村在极左思潮影响下，普遍存在分配不兑现，劳动计酬上的平均主义等严重挫伤农民生产积极性的状况，要求各地不要硬搬照套大寨的管理办法，坚持各尽所能、按劳分配的原则，强调农业要全面发展，不能把多种经营当作资本主义去批判，规定了有利于集体增产个人增收、减轻农民负担和使分配兑现的一些具体政策，以促进农业生产的发展。
周恩来还努力恢复文教科技部门的正常工作。他说：“否定一切，不一分为二，这是极左思潮，不是毛泽东思想”。“那些把书都烧了的，还不是受极左思潮的影响？”“极左思潮不肃清，破坏艺术质量的提高。”1972年7月1日，他会见美籍华人物理学家杨振宁时，对于杨振宁提出的我国应加强基础理论学习和研究的建议，表示赞同。不久，他对北京大学校长周培源说：要把北大理科办好，提高基础理论水平，这是我给你的任务，有什么障碍就要扫除，有什么钉子就要拔掉。9月，他写信给张文裕、朱光亚，强调科学院必须把基础科学和理论研究抓起来；同时，又要把理论研究和科学实践结合起来，这件事不能再迟了。10月，他针对当时正常升学制度已被“文革”破坏的情况提出，有发展前途的青年，“中学毕业后，不需要专门劳动两年，可以直接上大学”。这是“文化大革命”以来对教育提出的富有胆识的主张，是后来恢复我国大学招生制度的先声。他还在恢复出版事业，加强气象工作，重视外语教学，学习文化科学知识等方面，都提出了重要的意见。他多次批评姚文元分管的新华社的工作，提议把新华社的原负责人、老干部朱穆之从干校调回来，参与领导，得到毛泽东的同意。
在对外经济方面，周恩来努力为改善和发展对外经济交流和对外贸易创造条件。1973年1月，经毛泽东、周恩来批准，我国从日本、美国、联邦德国、法国、意大利、荷兰、瑞士等国进口了一批技术先进的成套设备和单机，其中包括13套大化肥、四套大化纤、三套石油化工、一个烷基苯厂、43套综合采煤机组、三个大电站、武钢1．7米轧机二国际和保加利亚共产党创始人之一。1883年在俄国参加最，以及透平压缩机、燃汽轮机、工业汽轮机制造工厂等，总额43亿美元（后来实际对外签约成交39．6亿美元）；这是新中国成立以来第二批大规模引进，打破了西方国家对中国封锁、禁运的局面。这些引进项目到1979年底绝大部分建成投产，在我国后来的经济建设中发挥了积极作用。
这段周恩来主持中央日常工作期间，由于在一定程度上抵制和纠正了“文化大革命”“左”倾错误，因此，国民经济逐步回升。1973年，我国国民经济各项主要指标都完成或超额完成了计划，成为第一个五年讨划以来增长最快的一年，财政情况也是好的。
在外交方面，我国也打开了新的局面。1971年10月25日，联合国大会以压倒多数恢复了中国在联合国的一切合法权利。1972年2月，美国总统尼克松访华，中美发表了联合公报。9月，中日两国政府发表联合声明，实现了邦交正常化。
周恩来主持中央日常工作后，用了很大力气来对大量的被打击迫害的党内外干部恢复名誉和安排工作。1972年4月24日，《人民日报》经周恩来审查同意，发表了《惩前毖后，治病救人》的社论。社论强调要严格区分两类不同性质的矛盾惯使之成为自然。宣称自由、平等的共和政体是唯一合理的，要坚持团结——批评——团结的方针，“经过长期革命斗争锻炼的老干部，是党的宝贵财富”，“干部还是老中青，老的都靠边站，都是年轻的，不行”。9月30日前后，周恩来几次约谈两报一刊（即《人民日报》、《解放军报》和《红旗》杂志）国庆社论的内容，强调要继续落实干部政策、知识分子政策。这期间，他建议在毛泽东处召开一次会议，谈中共“十大”的筹备工作问题，并提议朱德、董必武、许世友等参加。1973年8月中共“十大”期间，周恩来分别参加中央直属机关、国家机关和天津、上海、江苏等小组的讨论，在发言中强调要抓好生产，落实干部政策，要相信绝大多数干部是好的和比较好的，要扩大教育面，缩小打击面，对犯错误的干部实行“惩前毖后，治病救人”的方针。10月，他同中央主管组织工作的纪登奎谈了解放干部和安排工作问题，之后中央组织部提出了一个几百人的名单，周恩来主持中央政治局会议连续讨论，解放干部。他在延安参观“七大”会址时，提出应陈列朱德、董必武、任弼时、陈毅、贺龙的照片；当1972年12月毛泽东问到谭震林的情况后，周恩来立即写信给有关负责人，说谭震林是好同志，“应该让他回来”。这几年中，周恩来常常利用各种纪念日举行活动，通过在报纸上发表参加人员名单的办法，解放了一批又一批干部。或者，他提出名单建议一批同志参加党和国家的一些重要会议，报请毛泽东批准，使不少同志从而获得解放。一些冤案如贺龙、“杨（成武）、余（立金）、傅（崇碧）”等相继平反。限于客观情况一时还不可能平反的，在周恩来的推动和后来邓小平等的支持下，中共中央作出决定：除与林彪集团有关的审查对象和其他极少数人外，对绝大多数关押受审者均予释放。
国外有些人是这样评论的：“由于周，林死后的接班真空才得以暂时填补。长期的接班斗争，在周的谨慎的战略指导下，才避免让‘四人帮’接了班。由于周的经验和在中央的连续领导，那些被侮辱的干部和高级文职人员能够在‘文化大革命’的后遗症中比较容易地恢复工作。”
这里着重说一下周恩来关心邓小平的安全和努力使他重新出来工作。1969年邓小平下放到江西时，周恩来亲自给中共江西省革命委员会核心小组办公室打电话，要当地加以照顾。正如邓小平在那里劳动的工厂的负责人罗明所说：“保护邓小平绝对安全的问题，是周恩来指示的，我们要不打折扣地执行总理的指示。”1972年1月，毛泽东参加陈毅的追悼会时，对张茜说起邓小平的性质属于人民内部矛盾。在场的周恩来听了十分高兴，暗示陈毅的子女们想办法把这个意思传出去，以制造舆论。
这年8月3日，邓小平写信给毛泽东。14日，毛泽东阅后批给周恩来，称“邓小平同志所犯错误是严重的，但应与刘少奇加以区别”5月。编入《毛泽东农村调查文集》。本文批判了王明等人的，并列举了邓小平历史上的功绩。周恩来立即一方面把毛泽东的批示和邓小平的信印若干份送中央政治局委员传阅，15日又主持中央政治局会议传达了这一批示；另一方面以中共中央的名义通知中共江西省委，宣布邓小平立即解除监督劳动，恢复党组织生活，作一些调查研究活动，并指示将原来的公务员、秘书调到邓小平身边帮助工作。12月18日，周恩来根据毛泽东提议，致信纪登奎、汪东兴，让他们考虑让邓小平重新出来工作的问题，还约他们面谈了这件事。之后，纪、汪根据谈话精神提出了邓小平仍任副总理的建议信。周恩来看了后，又取得毛泽东的同意，终于在1973年3月10日以中共中央名义发出《关于恢复邓小平同志的党的组织生活和国务院副总理的职务的决定》。28日，周恩来、李先念等会见邓小平。次日，周恩来约邓小平到毛泽东那里开会。之后，他又主持中央政治局会议，商定邓小平参加国务院业务组工作，并以副总理身分参加对外活动，遇有重要政策问题，列席中央政治局会议参加讨论。
在“文化大革命”中，周恩来原来甚为健康的身体，由于长期过度紧张、繁忙而急剧衰弱，除得了心脏病而且屡次发作外，1972年5月，医护人员发现周恩来小便中红血球增加，并有细胞变异现象。经专家会诊，确定为膀胱癌。11月，医生向叶剑英、李先念等报告，认为周恩来要特别注意休息。这个报告送给了毛泽东，毛泽东阅后批道：应当休息、节劳，不可大意。但周恩来万机待理，不可能真正地得到休息。因治疗一再延宕，到1973年1月5日，大量便血。3月9日，周恩来主持中央政治局会议，根据毛泽东的意见，说明了便血的情况，向政治局请假两星期，并提议在自己去玉泉山检查身体期间，政治局会议和报告由叶剑英主持和签署，还建议抓紧解放干部的工作。10日，他致信毛泽东报告会议情况，毛泽东批：同意。3月10日到24日，周恩来到玉泉山进行检查治疗。10日晚，做了第一次手术。4月9日，周恩来专门约邓小平、卓琳谈话。5月20日，他主持中央工作会议的全体会，在讲话中特别表示欢迎邓小平出席这次会议，说对于中央恢复邓小平职务，“绝大多数同志都是满意的”。12月12日，周恩来到毛泽东处参加中央政治局会议，毛泽东在谈话中提出八大军区司令员对调和邓小平参加军委任总参谋长的建议。接着，周恩来忙于八大军区司令员对调的部署，主持中央政治局会议和陪同毛泽东接见参加中央军委会议的人员。22日，他起草了中共中央关于决定邓小平为中央政治局委员、中央军委委员，参加中央和军委领导工作的通知，并于当日主持中央政治局会议通过。1974年1月18日，周恩来主持中央政治局会议。会议提议军委成立以叶剑英牵头，有王洪文、张春桥、邓小平、陈锡联参加的五人小组，讨论处理军委的大事和紧急作战事项。20日，中央政治局会议正式向毛泽东提出这一建议，毛泽东表示同意。至此，邓小平接替周恩来的格局已经有了初步的安排。
周恩来领导的批判极左思潮的斗争，使江青反革命集团十分恐惧。他们不断地进行阻挠。1972年8月，周恩来针对江青一伙大搞“空头政治”，造成不敢抓业务、不重视业务的严重情况，指出：无产阶级政治挂帅要挂在业务上。这个指示传达后，江青一伙就追查来源，并阻挠它的贯彻执行。9月底，周恩来约人谈两报一刊国庆社论的内容，社论起草人根据周恩来的意见，两次写进批判极左思潮的内容，都被姚文元勾掉。10月14日，《人民日报》根据周恩来8、9月间两次批判极左思潮的讲话精神，发表了一整版批无政府主义的文章。张春桥、姚文元称这版文章是“毒草”，在上海组织批判。这年秋，在周恩来提议下，召开“文