武毫无办法，束手无策，无法取得口供，只得暂时宣布退堂，将杨乃武押入大牢。
次日一早，刘锡彤便呈报杭州知府，因杨乃武涉嫌通奸谋毒，请求革去其举人身份。按清制，革去举人身份需由巡抚上报朝廷具题。杭州知府陈鲁见事关重大，即刻呈报浙江巡抚，由浙江巡抚报告朝廷。吏部接受具题后，研究是否批准革去杨乃武举人身份。
在批文尚未到达之前，杨乃武家人从各种渠道探听消息，得知杨乃武是被葛毕氏诬攀，且在供词中有十月初五日杨乃武亲自交给她砒霜云云。家人就托人赶到杨乃武岳母家，求十月初五日在场的本家亲友为杨乃武作证，证明他初五日在南乡为岳父除灵，举办立继仪式，初六日才回余杭城内，以击破葛毕氏供认的初五日交砒霜的谎言。在岳母家人的努力下，那天参与除灵的监生吴玉琨、过继的詹善政、杨乃武的堂兄增生杨恭治及孙兆行、冯殿贵等人即向余杭知县递交了公禀，联合证明杨乃武初五日在南乡做客，不可能当面交给葛毕氏砒霜。
刘锡彤看到递交上来的公禀呈词，就安排杨乃武与葛毕氏当面对质。葛毕氏惧怕受刑，咬定原供属实。杨乃武拒不承认，还破口大骂，怒斥葛毕氏信口雌黄。刘锡彤见此，认为杨乃武家人是做假证以开脱杨乃武的罪责，对呈递的公禀不再予以理会。
由于朝廷革除杨乃武举人身份的批复还没有下来，不能对杨动刑，虽然杨乃武没有招供，但葛毕氏已将案情供认清晰，按照清律，可以认为案件初审结束。于是，十月二十日，刘锡彤将杨乃武、葛毕氏及相关案卷解至杭州。此时，自沈喻氏报案以来仅九日时间，办案可谓神速，且时限、程序上均符合清律。不过，刘锡彤认为杨乃武亲朋吴玉琨等递交的杨乃武十月初五日不在余杭的证词是伪证，不值得上报，就擅自扣压，没有连同其他卷宗上交杭州知府。而且，为了让上司看到自己办案有力、能力超群，得到上司的赏识提拔，也为了不让上司驳回案子，他在初审报告中谎称试毒的银针已用皂角水擦洗，结果“青黑不去”，与《洗冤录》所载服砒中毒情形一致等等。
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随着刘锡彤把案件上交杭州知府陈鲁，该案初审宣告结束，正式进入二审程序。
杭州知府陈鲁，是军功出身，对文人有些偏见，认为他们终日皓首穷经，无所事事，穷酸风流，只顾聒噪惹事，毫无用处。他见到卷宗，翻阅一遍，认同仵作“中毒而死”的报告，采信了刘锡彤的审问经过，对卷宗陈述的案件经过信以为真，不再细致追查。因主要案犯杨乃武尚未招供，当天下午，陈鲁即亲自督审。此时，朝廷革除杨乃武举人身份的批复已到，杨乃武仍坚不招认，陈鲁就开始动用大刑，诸如杖刑、夹棍、踏杠、跪天平架等毒刑严加逼供。天平架，是将犯人的头发和两手大拇指吊起，高悬空中，像天平一样，犯人全身重量都系于头顶和两指，拇指疼痛难忍，甚至导致头皮脱落。杨乃武被折磨得死去活来，数次死而复苏，最后忍无可忍，孤注一掷，宁愿被斩首也不愿受此皮肉之苦，便含屈招供。
杨乃武与小白菜案 二（3）
两个案犯已经招供，余下的就是追查证据——砒霜的来源。陈鲁询问杨乃武，杨乃武无从作答，追问急了，想起十月初去杭州路经仓前镇时，曾见到一家标着“钱记爱仁堂”的药铺，便随口供认：十月初三日假称毒老鼠，买了钱宝生药铺内红砒四十文交给葛毕氏。陈鲁见毒品来源已经查明，认为案情已经大白，立即命刘锡彤去仓前镇缉捕“钱记爱仁堂”药铺的老板“钱宝生”，获取罪证。
按清制，证人证词是定案的核心要件，会影响最后的结案。刘锡彤完全知道此点，立即着手准备传证人“钱宝生”到案作证，但又担心“钱宝生”不愿前来，或者来了也不予配合。因为清代证人必须与犯人一样被关入牢房，随时准备上堂作证，尤其是卖毒药给人还应承担刑事责任。刘锡彤就事先让其幕僚、仓前镇人章浚即章抡香以同乡的名义写信给“钱宝生”，叮嘱他尽管前来作证，不必害怕。“钱宝生”来到县衙后，刘锡彤并未把他直接交给陈鲁，而是带入自己的花厅里密谈。“钱宝生”说自己虽是“钱记爱仁堂”药铺的老板，但名字不叫“钱宝生”，而叫“钱坦”，也叫“钱鹿鸣”，药店里也从没有进过砒霜，更不认识杨乃武。刘锡彤以为钱坦怕作证人，就反复给他保证，说只要能作证，本县决不追究其卖砒霜的罪责，不会把他送到杭州府作证。但钱坦依然犹豫不决，拒绝作证，刘锡彤一时也无计可施。
钱坦有个同父异母的弟弟钱垲，得知兄长被传到县衙，以为哥哥吃了官司，急忙四处联系，设法为其开脱。他知道秀才陈竹山与刘知县关系密切，就拜托陈竹山为钱坦说项。陈竹山一贯好事，就与钱垲一起来到县衙，刚巧刘锡彤正在衙门内堂苦口婆心地劝导钱坦，不便闯入，就坐在外间等候。这时，门丁沈彩泉进来，陈竹山就向他要了杨乃武的供词翻看。
不一会，钱坦退出，陈竹山上前询问他经过，钱坦将刘知县强令他供认卖砒霜给杨乃武的经过详述一番。陈竹山本来就对街巷传闻信以为真，又看到杨乃武的供词，更坚信谋毒情事，就将杨乃武供词中有关细节告诉钱坦，说杨乃武假称买砒是为毒鼠，卖主不知道他意欲害人，不会受罚，即便卖砒有罪，也不过枷杖而已，如果拒不作证，杨乃武已经招供，一旦被查实，就是包庇杀人嫌犯，将与之同罪，被处死刑。钱坦被陈竹山一顿开导敲打，惊出一身虚汗，便照杨乃武的口供供认，承认自己就是“钱宝生”，十月初三日曾卖砒霜与杨乃武，并在证词上具结画押。
刘锡彤得到钱坦具结，又怕钱坦反悔，亲笔写下“此案与钱坦无干”的保证，让钱坦放心回家，并即刻将具结呈递杭州知府陈鲁。
在刘锡彤取证期间，杭州知府陈鲁也没闲着。他恐葛毕氏误供，对其严刑拷打。葛毕氏又信口乱供，供认八月二十四日与丈夫争吵，哭闹，实因杨乃武来自己屋内调笑，被丈夫撞见，丈夫迁怒、殴打自己。陈鲁又讯问葛品连的母亲沈喻氏等证人。沈喻氏在告状时原本没有说出谁毒死儿子，现在见葛毕氏供出杨乃武，虽将信将疑，但为替儿子报仇，明知与事实有很大出入，也胡编乱造，说儿子猝死后，自己盘问葛毕氏，葛毕氏说出了与杨乃武通奸谋毒的实情，与其原递证词迥异，前后矛盾，也照样画押具结。王心培、沈体仁等人不知底细，一看法堂威严，都想尽早脱离干系，都随沈喻氏乱供一气。
陈鲁得到刘锡彤递交的“钱宝生”的供词，又加上杨乃武和葛毕氏主犯的供认，认为此案葛毕氏与杨乃武通奸谋毒本夫，淫恶蔑伦，铁证如山，应按律问罪。同治十二年十一月初六日，杭州知府陈鲁作出判决，以因奸同谋杀死亲夫罪判处葛毕氏凌迟处死，以起意杀死他人亲夫罪判杨乃武斩立决，并准备上报按察司核准。
作为官僚，陈鲁也关心自己的考成，对人命案也不敢太过草率，被上司挑出毛病。他见证人所供葛品连死时症状“口鼻流血”与尸检记录的“七窍流血”不符，就责令刘锡彤奏明情况。刘锡彤并不重新勘验以明真相，而是将证人供词中的“口鼻流血”一律改为“七窍流血”，以消除案中破绽。卷宗呈交陈鲁后，陈鲁又审核一遍，才将案件上交。
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杨乃武与小白菜案 二（4）
至此，杨毕案的二审结案。
杨乃武与小白菜案 三（1）
二审期间，杨乃武家人想尽一切办法营救杨乃武。妻子小杨詹氏日夜痛哭，双目尽肿，而恰恰又是刚刚分娩，行动不便，只能干着急。唯有杨乃武的姐姐杨淑英即叶杨氏四处托人打听县、府审讯情况，跑到仓前镇询问钱坦母亲和爱仁堂伙计，都说没有卖过砒霜。叶杨氏知道弟弟确系蒙冤，即准备上省告状，拼死挽救弟弟性命。可按照清制，女子不能越级呈递状词，家人商定后，就让过继给杨乃武岳母的詹善政作报告，到省里向臬司、藩司、抚台衙门投状告冤。
清朝审级制度分成四级，即县级、府级、按察司、巡抚或总督。死刑案件应由低到高，逐级审理，最终由巡抚或总督上报朝廷备案。知府陈鲁的二审必须确定案情及罪刑才能上报，由按察司进行三审。按察司的最高长官称按察使，也称臬司、臬台，是职掌全省的专职审判机构，有审核各府上报案件的权力。此时，浙江按察司按察使是蒯贺荪，出身举人，不像陈鲁那样蔑视读书人，知道一旦中举，将可能考中进士，入仕做官，前途无量。接到杭州知府呈交的案卷后，蒯贺荪觉得因奸谋毒与举人的身份不相称，很有些疑问。他审阅了杭州府的结案报告，调阅了全部卷宗，并组织了两次审问。杨乃武、葛毕氏均已心灰意冷，照前供述。蒯贺荪见案犯所供无异，叫来初审的刘锡彤和二审的陈鲁询问审判经过，并追问审讯是否有可疑之处。刘锡彤和陈鲁二人信誓旦旦地说，此案铁证如山，绝无冤屈。蒯贺荪见此，就召案犯、证人画押通过，将案件上报浙江巡抚。三审就此草草结束，按察使蒯贺荪根本没有起到审核把关的作用。
按清制，死刑案件由按察使审核后，尚需报该省巡抚或总督审问。当时闽浙一个总督，衙门设在福州，杭州城内没有总督，只有巡抚，所以本案就由浙江巡抚负责四审。
浙江巡抚杨昌浚在当地很有政声，深受百姓拥戴。收到案件后，为把案子办得扎实，他认真阅读卷宗，亲自审讯案犯、证人，但杨、毕二人早已屈打成招，料想难以翻案，便依样画供。杨昌浚见此，并不草率结案，而决定别辟蹊径，委派候补知县郑锡滜微服到余杭私访，探听民间议论，看是否与案犯所供相符，必定能水落石出。
郑锡滜到余杭后，人生地不熟，打算依靠知县刘锡彤，暗访案犯和证人家属。刘锡彤见上面来人，自然要好好表现，设宴款待。觥筹交错中，郑锡滜告诉刘锡彤此行目的。刘锡彤立即嘱咐陈竹山给钱坦施加压力，警告钱坦按原供交待。如此，郑锡滜几天的微服私访，所得的只是一些专为他准备的假情报，却自认为暗访很有效果，回到杭州向巡抚杨昌浚禀报该案确实“无冤无滥”，并汇报了暗访过程。杨昌浚对暗访结果深信不疑，对郑锡滜的办事能力大加赞赏，并加以提拔，去掉了其“候补”，推荐他到外地做了知县。
同治十二年（1873年）十二月二十日，杨昌浚根据审问和暗访结果，完成了结案报告，认为该案证据确凿，维持原判，上报朝廷。四审审结。
杨昌浚审结后，准备把该案上报朝廷。按清制，所有的死刑案件最后一审通过后都必须由巡抚或总督上报朝廷，由朝廷批准后执行。
杨乃武与葛毕氏一案，从一开始就得到人们的关注。同治十一年创刊的《申报》从该案发生的第二个月起就开始跟踪报道，本省民众及在京的浙江官员知晓在本乡文人中竟发生此类事情，无不惊愕，开始关注此事。
杨乃武从家人口中得知浙江巡抚即将把该案递交给朝廷审核，心知如果错过此次机会，将永无翻身之机，就在狱中写了一篇亲笔申诉状，陈述了自己实因葛毕氏诬陷而被拘捕，审判官刑讯逼供而屈打成招的事实。在供诉状中，杨乃武列出案件审判存在的八条疑问，例如为何不让自己与钱宝生当面对质；倘自己与葛毕氏通奸，当不会令葛毕氏迁居等等。同时，为了让朝廷相信自己确实是被诬攀，可以更好地翻案，杨乃武捏造了不少攻击葛毕氏的文字，又增添了两个无中生有的情节：一是葛毕氏与余杭县衙役及里书何春芳有私情，曾被葛品连发觉并殴打；二是余杭县令刘锡彤的儿子刘子翰及其好友民壮阮德在葛品连死后，曾向杨乃武勒索讹诈，被杨乃武拒绝后，串通其父恃权蓄意谋害。杨乃武委托家人将此呈诉材料向各衙门申诉，但都没有引起浙江巡抚和臬司等地方官员的重视。
杨乃武与小白菜案 三（2）
杨乃武的家人始终没有放弃营救杨乃武的行动。姐姐杨淑英即叶杨氏一直在为弟弟奔波劳碌，不怕抛头露面；妻子詹彩凤即小杨詹氏虽然刚分娩不久，也带着襁褓中的孩子去杭州各衙门哭诉冤情。同治十三年（1874年）四月，叶杨氏带着杨乃武在狱中写的申诉材料，叫上杨乃武岳母家的长工王廷南、王阿木，从上海乘轮船，历经二十余天赶到北京。他们先去拜访了一位在京的同乡官僚，经他指点，知道应该向都察院递交申诉材料。都察院是清朝设置的中央监察机关，负责参预和监督司法审判工作，有权对全国上下大小官吏的一切违法犯罪活动纠察弹劾，对重大刑事案件也有权会同刑部、大理寺共同审理。
在递交申诉材料时，却意外发生了一个小插曲。因为清廷规定女子不能至都察院递交申诉材料，叶杨氏就和王廷南、王阿木商量，确定由王廷南进都察院递交材料。当时，已经将递交人情况报告给都察院，正准备递交，走到都察院门前，王廷南心里发怵，突然变卦，借口说自己目力不济，要王阿木代替自己递交。王阿木只得声称自己就是王廷南，递交了申诉材料。
都察院接受呈词后，以叶杨氏、王廷南、王阿木等人越级上告，违反律制，派人将其押送回乡，责令以后不准再告，同时，下文给浙江巡抚，要求复审此案，务必查出漏洞和可疑之处。浙江巡抚杨昌浚接到都察院命令，认为既为无可置疑的铁案，很是不屑，就将该案交给原审结案的杭州知府陈鲁审查。
陈鲁虽认定此案已经案情大白，铁证如山，但上级命令又不敢违抗，就又另外传讯了地保王林、房东王心培等证人。几个证人见犯人早已供认，也胡乱供认以免沾惹是非。陈鲁见与原审无异，仍旧按照原审判决再次上报浙江巡抚杨昌浚，杨昌